Génotypage

MLST/ MLVA, solutions de typage/traçage microbien

GenoScreen vous propose de caractériser plus précisément vos microorganismes (caractérisation de la sous-espèce ou de la souche) à l’aide de méthodes de biologie moléculaire standardisées et validées de type MLST ou MLVA (dont MIRU-VNTR).

MultiLocus Sequencing Typing (MLST)

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Le typage par séquençage MLST (MultiLocus Sequencing Typing) est la technique de référence pour discriminer différentes souches. Cette méthode est basée sur le séquençage de « gènes de ménage » (house-keeping genes) codant pour des protéines essentielles de la bactérie.

Ces séquences ont la particularité de présenter un polymorphisme stable dans le temps et suffisant pour distinguer des souches entre elles.

Cette méthode permet la caractérisation d’un microorganisme dont le genre (ou l’espèce) est connue, pour identifier l’espèce (ou la sous-espèce) grâce au séquençage de 7 gènes de ménage.

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Le MLST par GenoScreen

L’offre de service MLST de GenoScreen est une offre complète réalisée à partir d’ADN extrait ou de thermolysat. Elle intègre la réalisation des PCRs, le séquençage sur séquenceur capillaire, l’analyse des séquences et l’assignation de la souche.

Multiple Loci VNTR Analysis (MLVA)

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Le MLVA (Multiple Loci VNTR Analysis) est une méthode d’analyse génétique du polymorphisme des motifs VNTR (Variable Number of Tandem Repeats) basée sur leur dénombrement. Lors d’une première étape, chaque locus VNTR ciblé est amplifié par PCR avec des amorces spécifiques des régions flanquantes. Les fragments obtenus sont ensuite séparés en fonction de leur taille par électrophorèse sur séquenceur capillaire. Le génotypage de chaque locus et la compilation des résultats obtenus pour chaque échantillon permet d’assigner à la souche un code numérique spécifique à une sous-espèce.  

La méthode MLVA permet la caractérisation d’un microorganisme dont l’espèce est connue, pour identifier, a minima, la sous-espèce grâce au typage d’allèles et comparaison aux banques de données MLVA. Cette méthode ne nécessite pas d’étape de séquençage ADN et est plus discriminante que la méthode MLST. Elle permet ainsi de différencier des sous-espèces proches (espèces clonales).

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Le MLVA par GenoScreen

L’offre de service MLVA de GenoScreen est une offre complète réalisée à partir d’ADN extrait ou de thermolysat. Elle intègre la réalisation des PCRs, l’électrophorèse sur séquenceur capillaire, l’analyse des données obtenues et l’assignation de la souche.

L'analyse peut être réalisée sur la base d’un schéma de typage personnalisé selon vos besoins, en lien avec les données disponibles pour votre espèce.

Génotypage de SNP

Cette technique repose sur la variation d’un seul nucléotide à une position donnée (Single Nucleotide Polymorphism) pouvant notamment entraîner des modifications d'expression de gènes. En proposant des analyses pouvant porter sur le génome entier, GenoScreen vous accompagne afin de repérer des associations inconnues génotype-phénotype ou pour cibler des variations génétiques déjà connues.

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Dans quels contextes pratiquer un génotypage de SNPs ?

En raison de leur présence sur tout type de génome, le génotypage de SNPs peut avoir un intérêt dans de nombreux domaines d'application. Habituée à intervenir sur des problématiques très diversifiées, notre équipe pourra vous assister dans le choix de la meilleure technique pour répondre à vos besoins.

Les offres GenoScreen

Nos prestations s'adaptent à vos besoins. Nous pouvons utiliser les essais déjà disponibles dans les bases de données, ou identifier et cibler des SNPs d'intérêt à partir de données de séquençage (avec ou sans génome de référence).

Génotypage par qPCR

La qPCR permet d’identifier des variations génétiques comme les SNPs en amplifiant spécifiquement des séquences d’ADN. Ce génotypage repose sur des méthodes comme les sondes TaqMan, qui offrent une discrimination précise des allèles, ou la PCR compétitive KASPar, plus économique pour les analyses à grande échelle ou récurrentes.

Ces deux méthodes d'identification des variantions génétiques opérées par GenoScreen vous seront proposés selon la finalité et la récurrence de votre projet. Notre équipe peut également vous accompagner pour l'élaboration d'un kit de génotypage.

 

 

Une approche flexible à vos besoins

Nous prévoyons avec vous l'ensemble des étapes nécessaires pour mener à bien votre projet, quelles que soient vos contraintes de nombre d'échantillons ou de cibles, de délai et de coût.

 

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Génotypage par séquençage

 

Ces technologies sont utilisées couramment dans des projets de génétique de populations, biologie de la conservation ou d’écologie. Il n’est pas nécessaire d’avoir accès à un génome de référence pour effectuer l’analyse.

Les données obtenues peuvent être utilisées pour identifier des SNPs en tant que marqueurs génétiques, faire des analyses de structure des populations et/ou phylogénétiques.

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Sanger

En raison de sa fiabilité et de sa précision, le séquençage Sanger reste la méthode de référence lorsqu'il s'agit de vérifier des résultats incertains de qPCR ou confirmer des mutations observées par séquençage haut débit.

Génotypage des microsatellites

Cette technique repose sur l'amplification de courtes séquences d'ADN composées de motifs répétés de quelques nucléotides. Les marqueurs microsatellites, de par leur polymorphisme, permettent d'étudier la diversité génétique au sein d'une espèce ou d'une population. GenoScreen a développé une expertise de près de 20 ans dans l’étude et l’analyse des microsatellites, permettant le développement de marqueurs sur plus de 500 espèces.

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Dans quels contextes pratiquer un génotypage de microsatellites ?

Le génotypage de microsatellites est particulièrement utile pour étudier la diversité génétique et comprendre la structure des populations, notamment dans des contextes de conservation de la biodiversité ou de suivi de la reproduction. 

Les offres GenoScreen

 

 

Utilisation de données existantes

Les marqueurs microsatellites étant des outils moléculaires de référence, de nombreuses publications et travaux antérieurs sont aujourd’hui disponibles, sur lesquels nous pouvons nous appuyer pour répondre à vos besoins. De même, nous pouvons utiliser des données existantes sur des espèces proches (cross-amplification) ou issues de séquençage haut débit.

Lorsque des marqueurs sont déjà disponibles pour votre espèce d’intérêt, nous pouvons reprendre les conditions d’amplification développées ou en mettre au point de nouvelles pour, par exemple, regrouper des marqueurs de publications différentes ou en utiliser uniquement une partie. Plusieurs cas de figures sont possibles :

Features

Développement de multiplexes

(plusieurs couples d’amorces)

A partir de publications / marqueurs déjà publiés

Cross amplification

A façon

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Développement de marqueurs de novo

GenoSat^® - L’offre GenoScreen

Geno Sat^® est une solution standardisée pour tout type d’espèce eucaryote, simple et modulable. Depuis 2009, notre solution a déjà été utilisée sur plus de 500 espèces différentes dans le cadre d’études phylogéniques, d’analyses de biodiversité ou de programmes de conservation. Cette solution permet : 

• la production de banques de microsatellites par séquençage haut débit,
• le développement de marqueurs polymorphes d’intérêt
• le génotypage de populations

Pricing

Geno Sat®

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À partir d’1 µg d’ADN génomique, et en s’appuyant sur la technologie de séquençage haut débit Illumina MiSeq, GenoSat® permet d’obtenir dans un délai de 2 mois des couples d’amorces validés bioinformatiquement encadrant les microsatellites identifiés pour vos espèces.

Geno Sat® Pack

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Cette solution modulable vous permet à la fois de valider biologiquement un lot de couples d’amorces (après validation in silico), et d’étudier le polymorphisme des couples amplifiés avec succès.

Geno Sat® Pack +

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La solution Geno Sat® Pack + est notre offre la plus complète permettant l’optimisation de multiplexes et/ou le génotypage de larges populations à partir des marqueurs microsatellites polymorphes d’intérêt.

 

Découvrez la liste des espèces analysées avec Geno Sat^® ci-dessous :

 

Analyse de fragments

Equipés de séquenceurs capillaires ABI 3730XL, nous pouvons répondre rapidement à vos besoins d’analyse de fragments (microsatellites, SSR, STR…) à partir de vos produits PCR marqués fournis en plaque 96 puits.

Nous proposons des tarifs dégressifs selon le nombre de plaques réceptionnées par lot et migrées avec le même marqueur de taille.

Il est également possible de nous envoyer des plaques prêtes à être migrées selon le même principe, comprenant déjà le mélange Hi-Di Formamide + marqueur de taille avec votre échantillon.

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Identification et génotypage

L’identification et le génotypage sont essentiels à la découverte de variations génétiques, notamment dans le cadre de l’étude des populations et des pathologies.

Ces analyses sont précieuses dans de nombreuses problématiques scientifiques :

• Traçabilité alimentaire
• Recherche et validation de biomarqueurs (dépistage et diagnostics, génomique fonctionnelle, modèles de prédiction du trait)
• Étude de la diversité génétique et l'évolution (phylogénie, etc.)
• Identification d'individus (criminels, corps) ou de liens entre individus (test de paternité).
• Sélection génomique (agriculture, élevage)

Génotypage

Vous cherchez à déterminer l’identité d’une variation génétique à une position spécifique ou sur l’ensemble d’un génome, pour un individu ou pour toute une population, GenoScreen vous accompagne et s’engage à trouver avec vous la meilleure solution pour mener à bien votre projet.

Le génotypage Microsatellites SSR (simple sequence repeats)

Sur le génome, il existe des séquences constituées d'unités répétées de 1 à 4 nucléotides appelées microsatellites. Les plus courants sont (A)n, (TC)n, (TAT)n et (GATA)n, les valeurs de n pouvant aller de quelques unités à plusieurs dizaines. On parle de séquences répétées en tandem ou SSR (Simple Sequence Repeats). L'intérêt de ces microsatellites réside dans leur polymorphisme. Celui-ci repose sur la variation du nombre d'unités de répétition, constituant le microsatellite.

Le génotypage de SNP (Single Nucleotide Polymorphisms)

Cette technique repose sur la variation d’une seule paire de nucléotide à une position donnée. Les SNP sont des outils permettant d'identifier des génotypes (reconnaître des personnes, par exemple), à partir d'échantillons de matière organique, ou permettant de contribuer à la construction d'arbres généalogiques d'êtres vivants ou d'espèces.

Selon le nombre de SNP étudié et le nombre d’échantillons, nous pouvons vous proposer plusieurs approches (Taqman/KASPar, Fluidigm, SANGER)