Génotypage des microsatellites

Cette technique repose sur l'amplification de courtes séquences d'ADN composées de motifs répétés de quelques nucléotides. Les marqueurs microsatellites, de par leur polymorphisme, permettent d'étudier la diversité génétique au sein d'une espèce ou d'une population. GenoScreen a développé une expertise de près de 20 ans dans l’étude et l’analyse des microsatellites, permettant le développement de marqueurs sur plus de 500 espèces.

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Dans quels contextes pratiquer un génotypage de microsatellites ?

Le génotypage de microsatellites est particulièrement utile pour étudier la diversité génétique et comprendre la structure des populations, notamment dans des contextes de conservation de la biodiversité ou de suivi de la reproduction. 

Les offres GenoScreen

 

 

Utilisation de données existantes

Les marqueurs microsatellites étant des outils moléculaires de référence, de nombreuses publications et travaux antérieurs sont aujourd’hui disponibles, sur lesquels nous pouvons nous appuyer pour répondre à vos besoins. De même, nous pouvons utiliser des données existantes sur des espèces proches (cross-amplification) ou issues de séquençage haut débit.

Lorsque des marqueurs sont déjà disponibles pour votre espèce d’intérêt, nous pouvons reprendre les conditions d’amplification développées ou en mettre au point de nouvelles pour, par exemple, regrouper des marqueurs de publications différentes ou en utiliser uniquement une partie. Plusieurs cas de figures sont possibles :

Features

Développement de multiplexes

(plusieurs couples d’amorces)

A partir de publications / marqueurs déjà publiés

Cross amplification

A façon

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Développement de marqueurs de novo

GenoSat^® - L’offre GenoScreen

Geno Sat^® est une solution standardisée pour tout type d’espèce eucaryote, simple et modulable. Depuis 2009, notre solution a déjà été utilisée sur plus de 500 espèces différentes dans le cadre d’études phylogéniques, d’analyses de biodiversité ou de programmes de conservation. Cette solution permet : 

• la production de banques de microsatellites par séquençage haut débit,
• le développement de marqueurs polymorphes d’intérêt
• le génotypage de populations

Pricing

Geno Sat®

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À partir d’1 µg d’ADN génomique, et en s’appuyant sur la technologie de séquençage haut débit Illumina MiSeq, GenoSat® permet d’obtenir dans un délai de 2 mois des couples d’amorces validés bioinformatiquement encadrant les microsatellites identifiés pour vos espèces.

Geno Sat® Pack

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Cette solution modulable vous permet à la fois de valider biologiquement un lot de couples d’amorces (après validation in silico), et d’étudier le polymorphisme des couples amplifiés avec succès.

Geno Sat® Pack +

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La solution Geno Sat® Pack + est notre offre la plus complète permettant l’optimisation de multiplexes et/ou le génotypage de larges populations à partir des marqueurs microsatellites polymorphes d’intérêt.

 

Découvrez la liste des espèces analysées avec Geno Sat^® ci-dessous :

 

Analyse de fragments

Equipés de séquenceurs capillaires ABI 3730XL, nous pouvons répondre rapidement à vos besoins d’analyse de fragments (microsatellites, SSR, STR…) à partir de vos produits PCR marqués fournis en plaque 96 puits.

Nous proposons des tarifs dégressifs selon le nombre de plaques réceptionnées par lot et migrées avec le même marqueur de taille.

Il est également possible de nous envoyer des plaques prêtes à être migrées selon le même principe, comprenant déjà le mélange Hi-Di Formamide + marqueur de taille avec votre échantillon.

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