Cette technique repose sur la variation d’un seul nucléotide à une position donnée (Single Nucleotide Polymorphism) pouvant notamment entraîner des modifications d'expression de gènes. En proposant des analyses pouvant porter sur le génome entier, GenoScreen vous accompagne afin de repérer des associations inconnues génotype-phénotype ou pour cibler des variations génétiques déjà connues.
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Dans quels contextes pratiquer un génotypage de SNPs ?
En raison de leur présence sur tout type de génome, le génotypage de SNPs peut avoir un intérêt dans de nombreux domaines d'application. Habituée à intervenir sur des problématiques très diversifiées, notre équipe pourra vous assister dans le choix de la meilleure technique pour répondre à vos besoins.
aide à la sélection
variétale
diversité génétique, surveillance environnementale
certaines pathologies dans le cadre d'études cliniques ou pré-cliniques, pathogénicité, virulence, antibiorésistance
Les offres GenoScreen
Nos prestations s'adaptent à vos besoins. Nous pouvons utiliser les essais déjà disponibles dans les bases de données, ou identifier et cibler des SNPs d'intérêt à partir de données de séquençage (avec ou sans génome de référence).
Génotypage par qPCR
La qPCR permet d’identifier des variations génétiques comme les SNPs en amplifiant spécifiquement des séquences d’ADN. Ce génotypage repose sur des méthodes comme les sondes TaqMan, qui offrent une discrimination précise des allèles, ou la PCR compétitive KASPar, plus économique pour les analyses à grande échelle ou récurrentes.
Ces deux méthodes d'identification des variantions génétiques opérées par GenoScreen vous seront proposés selon la finalité et la récurrence de votre projet. Notre équipe peut également vous accompagner pour l'élaboration d'un kit de génotypage.
Une approche flexible à vos besoins
Nous prévoyons avec vous l'ensemble des étapes nécessaires pour mener à bien votre projet, quelles que soient vos contraintes de nombre d'échantillons ou de cibles, de délai et de coût.
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Génotypage par séquençage
Ces technologies sont utilisées couramment dans des projets de génétique de populations, biologie de la conservation ou d’écologie. Il n’est pas nécessaire d’avoir accès à un génome de référence pour effectuer l’analyse.
Les données obtenues peuvent être utilisées pour identifier des SNPs en tant que marqueurs génétiques, faire des analyses de structure des populations et/ou phylogénétiques.
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Sanger
En raison de sa fiabilité et de sa précision, le séquençage Sanger reste la méthode de référence lorsqu'il s'agit de vérifier des résultats incertains de qPCR ou confirmer des mutations observées par séquençage haut débit.