MLST/ MLVA, solutions de typage/traçage microbien

GenoScreen vous propose de caractériser plus précisément vos microorganismes (caractérisation de la sous-espèce ou de la souche) à l’aide de méthodes de biologie moléculaire standardisées et validées de type MLST ou MLVA (dont MIRU-VNTR).

MultiLocus Sequencing Typing (MLST)

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Le typage par séquençage MLST (MultiLocus Sequencing Typing) est la technique de référence pour discriminer différentes souches. Cette méthode est basée sur le séquençage de « gènes de ménage » (house-keeping genes) codant pour des protéines essentielles de la bactérie.

Ces séquences ont la particularité de présenter un polymorphisme stable dans le temps et suffisant pour distinguer des souches entre elles.

Cette méthode permet la caractérisation d’un microorganisme dont le genre (ou l’espèce) est connue, pour identifier l’espèce (ou la sous-espèce) grâce au séquençage de 7 gènes de ménage.

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Le MLST par GenoScreen

L’offre de service MLST de GenoScreen est une offre complète réalisée à partir d’ADN extrait ou de thermolysat. Elle intègre la réalisation des PCRs, le séquençage sur séquenceur capillaire, l’analyse des séquences et l’assignation de la souche.

Multiple Loci VNTR Analysis (MLVA)

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Le MLVA (Multiple Loci VNTR Analysis) est une méthode d’analyse génétique du polymorphisme des motifs VNTR (Variable Number of Tandem Repeats) basée sur leur dénombrement. Lors d’une première étape, chaque locus VNTR ciblé est amplifié par PCR avec des amorces spécifiques des régions flanquantes. Les fragments obtenus sont ensuite séparés en fonction de leur taille par électrophorèse sur séquenceur capillaire. Le génotypage de chaque locus et la compilation des résultats obtenus pour chaque échantillon permet d’assigner à la souche un code numérique spécifique à une sous-espèce.  

La méthode MLVA permet la caractérisation d’un microorganisme dont l’espèce est connue, pour identifier, a minima, la sous-espèce grâce au typage d’allèles et comparaison aux banques de données MLVA. Cette méthode ne nécessite pas d’étape de séquençage ADN et est plus discriminante que la méthode MLST. Elle permet ainsi de différencier des sous-espèces proches (espèces clonales).

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Le MLVA par GenoScreen

L’offre de service MLVA de GenoScreen est une offre complète réalisée à partir d’ADN extrait ou de thermolysat. Elle intègre la réalisation des PCRs, l’électrophorèse sur séquenceur capillaire, l’analyse des données obtenues et l’assignation de la souche.

L'analyse peut être réalisée sur la base d’un schéma de typage personnalisé selon vos besoins, en lien avec les données disponibles pour votre espèce.