A partir d’un panel complet de technologies et de services en génomique, GenoScreen propose une variété de solutions d’identification de microorganismes par séquençage d’ADN et de comparaison aux bases de données internationales. Puissantes et précises, ces solutions identifient et caractérisent très précisément les microorganismes d’intérêt : identification à l’espèce, à la sous-espèce ou à la souche, typage, traçage et antibiorésistance.
L’identification et la caractérisation
Pour une identification à l'espèce, les régions de l’ADN ribosomique interrogées sont adaptées à chaque micro-organisme.
En complément, d’autres cibles génomiques (gènes rpoB, gyrB…) sont utilisées pour affiner l’identification et l’adapter à votre demande (discrimination au sein d’un groupe d’espèces partageant la même séquence d’ADN ribosomique, par exemple).
GenoScreen peut aussi mobiliser ses savoir-faire en séquençage de génome complet (WGS) pour une caractérisation plus précise des souches : évaluation de la virulence et de la résistance aux antibiotiques, comparaisons génomiques sur le souchier…
Le typage et le traçage microbien
Notre solution caractérise précisément tout microorganisme à la sous-espèce ou à la souche à l’aide de méthodes moléculaires standardisées et validées de type MLST (MultiLocus Sequencing Typing) ou MLVA (Multiple Loci VNTR Analysis).
Les schémas de typage publics sont utilisés comme référence pour ces analyses (PubMLST, MLST.org et MicrobesGenotyping). L’analyse peut aussi être réalisée sur la base d’un schéma de typage personnalisé.
GenoScreen, leader mondial du génotypage de la tuberculose
Grâce à un savoir-faire technologique de pointe, GenoScreen est aujourd’huile leader mondial pour le génotypage et le traçage des souches du complexe Mycobacterium tuberculosis, agent responsable de la tuberculose.
La solution MIRU-VNTR développée par nos équipes est utilisée par de nombreux centres de soins et équipes de recherche sous forme de kit ou de prestation de service. L’approche complémentaire par spoligotypage est également possible, afin d'identifier des sous-espèces.
Nous proposons des kits et des formations pour l'implémentation et l'usage optimisé de la méthode MIRU-VNTR sur séquenceurs Applied Biosystems® et QIAGEN®, directement dans vos laboratoires hospitaliers ou de recherche.
L'antibiorésistance
GenoScreen réalise des antibiogrammes moléculaires par séquençage ciblé de gènes connus pour être associés à la résistance aux antibiotiques ou par séquençage de génome complet. Les séquences sont comparées aux banques de données publiques accessibles ou aux informations disponibles dans la littérature.
Le séquençage en profondeur NGS permet de détecter la présence de variants minoritaires pouvant conférer la résistance (hétérorésistance).
La solution Deeplex® Myc-TB développée par GenoScreen est une innovation majeure pour l’identification, la caractérisation et la surveillance épidémiologique de la tuberculose à des fins de recherche.
Deeplex® Myc-TB constitue un test tout-en-un permettant l’identification à l’espèce des mycobactéries, le génotypage et la prédiction de la résistance aux antibiotiques pour les souches du complexe Mycobacterium tuberculosis.