L’arrivée sur le marché de la nouvelle génération de technologies de séquençage (NGS) a révolutionné les approches moléculaires de description de la diversité et composition taxonomique en microorganismes d’un échantillon. En effet, elles étaient jusqu’à présent basées sur l’analyse des gènes ARNr16S et ARNr18S/28S par amplification PCR puis clonage et séquençage Sanger. Ces approches étaient longues et très fastidieuses et ne permettaient d’observer souvent que les microorganismes majoritaires de l’échantillon.
Désormais, les approches dites de métagénomique ciblée ou de profilage microbien réalisées sur les séquenceurs NGS remplacent les anciennes méthodes et génèrent une quantité de séquences par échantillon qu’il n’était pas possible d’envisager auparavant.
L’offre GenoScreen - Métagénomique ciblée
Notre méthodologie se base toujours sur l’analyse ciblée de gènes ubiquitaires (ARNr16S, ARNr18S/28S, ITS1&2) qui sont désormais simplement étudiés sur des régions plus courtes afin de s’adapter à ces nouvelles générations de séquenceur.
Au-delà de la taxonomie, nos équipes développent des analyses plus poussées : bêta diversité, arbres phylogénétiques…
Metabiote : la référence en métagénomique ciblée
GenoScreen a développé une méthodologie de métagénomique standardisée et optimisée, qui concentre tous les savoir-faire de nos équipes. Metabiote® permet de limiter les biais méthodologiques et par conséquent d’effectuer des comparaisons de composition et diversité microbienne sur des cohortes d’échantillons.
- Limitation des biais de PCR lors des préparations moléculaires
- Répétabilité et reproductibilité des résultats expérimentaux garantis
- Intégration de contrôles de qualité tout au long du processus
- Analyse automatisée complète de vos données
- Protocole conforme aux normes GCLP
L’avantage GenoScreen
- Pionnière des technologies NGS en France
- 10 années d’expérience dans les analyses de métagénomique ciblée
- Maîtrise de nombreuses matrices initiales (selles, écouvillons cutanés etc.)