La solution de typage MIRU-VNTR de GenoScreen est utilisée par de nombreux centres de soins, CNR et équipes de recherche à travers le monde, sous forme de kits ou de prestation de service.
MIRU-VNTR, une référence mondiale
Le typage MIRU-VNTR
L’analyse MIRU-VNTR (Mycobacterial Identification Repetitiv Unit-VNTR) est un schéma d’analyse MLVA (Multiple Loci VNTR Analysis) spécifique à Mycobacterium tuberculosis. Il permet de génotyper la souche en dénombrant les copies de VNTR présentes dans 24 loci identifiés. Les loci VNTR ciblés sont amplifiés par PCR avec un jeu d’amorces spécifiques des régions flanquantes de chaque locus. Les fragments ainsi obtenus sont étudiés par électrophorèse capillaire. Cette méthode est la référence mondiale de typage de Mycobacterium tuberculosis, adoptée par les CDC américains et européens et les centres de référence de plus de 30 pays.
La solution MIRU-VNTR de GenoScreen est devenue la référence mondiale de la méthode MIRU-VNTR (tests réalisés par le RIVM 3, 4). Elle se décline en une gamme de kits exclusifs adaptés à chaque étape de l’analyse MIRU (Calibration, validation et typage). Cette solution complète est optimisée pour produire les meilleurs résultats possible avec une approche standardisée, tout en assurant une très haute reproductibilité.
En savoir plus sur nos kits MIRU-VNTR
MIRU-VNTR Hypervariable, un schéma adapté aux souches de la lignée Beijing
Les souches de M. tuberculosis identifiées comme appartenant à la lignée dite « Beijing » ne peuvent pas être discriminées en utilisant les 24 loci standards. Les sous-lignées composant cette famille sont identifiées grâce à l’analyse MIRU d’un set de 4 loci VNTR hypervariables supplémentaires 1, 2.
La solution MIRU-VNTR de GenoScreen se décline aussi en une gamme dédiée à cette analyse ciblée complémentaire. Les kits MIRU-VNTR Hypervariable (calibration, validation et typage) permettent de réaliser ce typage spécifique, tout en bénéficiant de la même qualité de résultats et de reproductibilité que notre solution MIRU-VNTR.
En savoir plus sur nos kits MIRU-VNTR Hypervariable
L’expertise de GenoScreen
Grâce à un savoir-faire technologique de pointe, GenoScreen est aujourd’hui leader mondial pour le génotypage et le traçage des souches du complexe Mycobacterium tuberculosis, agent responsable de la tuberculose.
Sous forme de kits ou de prestations de services, nos solutions s’adaptent à toutes les problématiques :
- Recherche : structure de la population des souches, évolution, comparaison des propriétés de virulence,
- Santé publique : contrôle de la tuberculose et surveillance épidémiologique,
- Essais cliniques : distinction entre rechute et infection exogène en cas d'échec de traitement,
- Gestion clinique : détection de contamination croisée, discrimination de souches proches (complexité clonale).
La gamme MIRU, une offre complète
Nous proposons des kits et des formations pour l'implémentation et l'usage de la méthode MIRU-VNTR sur séquenceurs Applied Biosystems®.
| MIRU-VNTR | Kit de calibration | 1 calibration de séquenceur capillaire Applied Biosystems® et du logiciel GeneMapper® |
|---|---|---|
| Kit de validation | 1 validation des paramétrages du séquenceur capillaire Applied Biosystems® et du logiciel GeneMapper® | |
| Kit de typage 24 marqueurs conformément au standard international. | 100 réactions (PCR + migration sur séquenceur capillaire Applied Biosystems®) | |
| MIRU-VNTR hypervariable | Kit de calibration | 1 calibration de séquenceur capillaire Applied Biosystems® et du logiciel GeneMapper® |
| Kit de validation | 1 validation des paramétrages du séquenceur capillaire Applied Biosystems® et du logiciel GeneMapper® | |
| Kit de typage de seconde ligne (4 marqueurs) adapté aux souches de la lignée Beijing | 50 réactions (PCR + migration sur séquenceur capillaire Applied Biosystems®) | |
| Typage MIRU-VNTR en service | Schéma standard ou personnalisé selon vos attentes | À partir d’ADN extrait (50 ng) ou 50 µL de thermolysat, sur séquenceur capillaire Applied Biosystems® |
Kit de calibration
La calibration du logiciel d’analyse et du séquenceur capillaire est une étape préliminaire indispensable à l’utilisation du kit MIRU-VNTR de GenoScreen. Nous recommandons une calibration de chaque séquenceur et lors de chaque changement de capillaires.
Le kit de calibration MIRU-VNTR contient : 14 ADN de référence, 1 témoin positif (BCG), 6 master mixes (pour les 24 loci VNTR), et une échelle allélique (ladder).
Il permet de réaliser la calibration d’un séquenceur capillaire Applied Biosystems® 3730, 3500, 3100 ou 3130.
Le kit de validation
Le kit de validation permet de vérifier la bonne calibration du séquenceur et du logiciel dans le temps. Il entre dans le cadre du contrôle qualité des appareils.
Le kit de validation MIRU-VNTR contient : 14 ADN de référence, 1 témoin positif (BCG) et 6 master mixes (pour les 24 loci VNTR).
Il permet de valider la calibration d’un séquenceur capillaire Applied Biosystems® 3730, 3500, 3100 ou 3130.
Le kit de typage 24 loci
Les kits de typages MIRU-VNTR contiennent les réactifs nécessaires pour réaliser le typage MIRU sur 24 loci VNTR, conformément au standard international. Ce kit permet une analyse avec une faible quantité d’ADN et assure un haut taux de reproductibilité des résultats.
Le kit contient : un témoin positif (BCG) et les 6 master mixes permettant l’amplification des 24 loci VNTR ciblés.
Il permet de réaliser 100 tests sur un séquenceur capillaire Applied Biosystems® 3730, 3500, 3100 ou 3130 préalablement calibré.
Liste des loci VNTR ciblés par le typage MIRU-VNTR 24-loci
| Loci | Alias | Loci | Alias | Loci | Alias | Loci | Alias |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 154 | MIRU02 | 1644 | MIRU16 | 2401 | Mtub30 | 3171 | Mtub34 |
| 424 | Mtub04 | 1955 | Mtub21 | 2461 | ETRB | 3192 | Mtub34 |
| 577 | ETRC | 2059 | MIRU20 | 2531 | MIRU23 | 3690 | Mtub39 |
| 580 | MIRU04 | 2163b | QUB11b | 2687 | MIRU24 | 4052 | QUB26 |
| 802 | MIRU40 | 2165 | ETRA | 2996 | MIRU26 | 4156 | QUB4156 |
| 960 | MIRU10 | 2347 | Mtub29 | 3007 | MIRU27 | 4348 | MIRU39 |
Kit de calibration Hypervariable
La calibration du logiciel d’analyse et du séquenceur capillaire est une étape préliminaire indispensable à l’utilisation du kit MIRU-VNTR Hypervariable de GenoScreen. Nous recommandons une calibration de chaque séquenceur et lors de chaque changement de capillaires.
Le kit de calibration MIRU-VNTR Hypervariable contient : 6 ADN de référence, 1 témoin positif (BCG), 1 master mix (pour les 4 loci), et une échelle allélique (ladder).
Il permet de réaliser la calibration d’un séquenceur capillaire Applied Biosystems® 3730, 3500, 3100 ou 3130.
Le kit de validation Hypervariable
Le kit de validation permet de vérifier la bonne calibration du séquenceur et du logiciel dans le temps. Il entre dans le cadre du contrôle qualité des appareils.
Le kit de validation MIRU-VNTR Hypervariable contient : 6 ADN de référence, 1 témoin positif (BCG), et 1 master mix (pour les 4 loci).
Il permet de valider la calibration d’un séquenceur capillaire Applied Biosystems® 3730, 3500, 3100 ou 3130.
Le kit de typage hypervariable
Le kit de typage MIRU-VNTR hypervariable contient les réactifs nécessaires pour réaliser le typage MIRU sur les 4 loci VNTR additionnels permettant la différenciation des sous-lignées Beijing entre elles. Ce kit permet une analyse avec une faible quantité d’ADN et assure un haut taux de reproductibilité des résultats.
Le kit contient : un témoin positif (BCG) et le master mix permettant l’amplification des 4 loci VNTR ciblés.
Il permet de réaliser 50 tests sur un séquenceur capillaire Applied Biosystems® 3730, 3500, 3100 ou 3130 préalablement calibré.
Liste des loci VNTR ciblés par le typage MIRU-VNTR Hypervariable 3, 4 :
| Loci | 1982 | 3820 | 3232 | 4120 |
|---|
Prestations de services
Nous réalisons aussi des analyses MIRU-VNTR standard et personnalisées sous forme de prestations de services. Nous réalisons ainsi des analyses MIRU sur 9, 12, 15 ou 24 marqueurs VNTR standards et/ou sur les 4 loci dédiés à la lignée Beijing.
Réalisée à partir de 50 ng d’ADN extrait (5 µL à 10 ng/µL) ou de 50 µL de thermolysat, notre prise en charge inclut :
- La réalisation de la/des PCRs (suivant les marqueurs),
- La migration des produits de PCR sur séquenceur capillaire,
- L’analyse des données sur GeneMapper®,
- L’assignation des lignées correspondantes à l’aide de la base de données MIRU-VNTRplus.
Nos formations
GenoScreen a développé un parcours de formation complet autour de la méthode MIRU-VNTR. De la méthodologie à l’analyse des résultats, en passant par l’utilisation des kits et la calibration des séquenceurs, ces formations vous permettront d’implémenter et/ou de réaliser facilement l’analyse MIRU-VNTR en routine dans votre laboratoire.
Parcours de formation MIRU-VNTR :
- Aspects théoriques : principe de la méthode de typage MIRU-VNTR,
- Aspects pratiques : formation à l'utilisation des kits MIRU-VNTR,
- Implémentation : formation à la calibration des séquenceurs Applied Biosystems®,
- Importation & analyse de données : formation à l'utilisation du logiciel GeneMapper®,
- Exploitation des données : formation à l'utilisation de l’outil d’analyse MIRU-VNTRplus.
Découvrez notre offre de formations.
Références
1 Allix-Béguec C, Wahl C, Hanekom M, Nikolayevskyy V, Drobniewski F, Maeda S, Campos-Herrero I, Mokrousov I, Niemann S, Kontsevaya I, Rastogi N, Samper S, Sng LH, Warren RM, Supply P. Proposal of a consensus set of hypervariable mycobacterial interspersed repetitive-unit-variable-number tandem-repeat loci for subtyping of Mycobacterium tuberculosis Beijing isolates. J Clin Microbiol. 2014 Jan;52(1):164-72.
2 Trovato A, Tafaj S, Battaglia S, Alagna R, Bardhi D, Kapisyzi P, Bala S, Haldeda M, Borroni E, Hafizi H, Cirillo DM. Implementation of a Consensus Set of Hypervariable Mycobacterial Interspersed Repetitive-Unit-Variable-Number Tandem-Repeat Loci in Mycobacterium tuberculosis. Molecular Epidemiology. J Clin Microbiol. 2016 Feb;54(2):478-82.
3 de Beer JL, Kremer K, Ködmön C, Supply P, van Soolingen D; Global Network for the Molecular Surveillance of Tuberculosis 2009. First worldwide proficiency study on variable-number tandem-repeat typing of Mycobacterium tuberculosis complex strains. J Clin Microbiol., 2012 Mar;50(3):662-9
4 de Beer JL, Ködmön C, van Ingen J, Supply P, van Soolingen D; Global Network for Molecular Surveillance of Tuberculosis 2010. Second worldwide proficiency study on variable number of tandem repeats typing of Mycobacterium tuberculosis complex. Int J Tuberc Lung Dis., 2014 May;18(5):594-600