Le barcoding moléculaire (DNA barcoding) est une technique de taxonomie moléculaire permettant d’identifier et de caractériser génétiquement un échantillon à partir d’un gène ubiquitaire, appartenant généralement au génome mitochondrial ou chloroplastique (COI, 16S…).
Les applications du barcoding moléculaire
Le barcoding permet notamment :
- D’identifier une espèce à partir d’un échantillon isolé
- De comparer plusieurs échantillons d’une même espèce ou d’espèces proches (phylogénie)
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L’identification par le barcoding moléculaire
GenoScreen propose une prestation complète de barcoding moléculaire et peut prendre en charge vos échantillons dès l’extraction d’ADN.
- Identification de microorganismes isolés
- Identification d’espèces animales ou végétales
Dans le cas ou votre matrice initiale est complexe (assemblage de populations bactériennes par exemple), GenoScreen développe des solutions de metabarcoding par séquençage d’amplicons en NGS, pour obtenir des screenings d’échantillons : faune du sol, flore intestinale, récifs coralliens, etc.
GenoScreen vous offre un service rapide d’identification de vos microorganismes par séquençage d’ADN et comparaison aux bases de données internationales (NCBI ou autre).
Pour une identification à l'espèce, les régions de l’ADN ribosomique interrogées sont adaptées à votre micro-organisme. En complément, d’autres cibles génomiques (rpoB, gyrB, panC…) peuvent être utilisées pour affiner cette identification et l’adapter à votre demande (par exemple, discrimination au sein d’un groupe d’espèces partageant la même séquence d’ADN ribosomique).
Services d’identification
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Workflow appliqué aux microorganismes isolés
à partir de colonies isolées
16S, 18S, 28S, ITS, ...
reverse
en consensus, puis comparaison
L’extraction de vos échantillons peut être réalisée sur :
- Gélose (boîtes de Petri),
- Culot de culture en milieu liquide,
- Carte FTA ou autre matrice.
L’amplification PCR sur les différentes cibles (16S, 18S, 28S, ITS, …) peut être réalisée à partir d’ADN extrait ou de thermolysat. Nous réaliserons la comparaison de vos séquences nettoyée et assemblée avec la base de données internationale NCBI.
Une fois l’assignation réalisée, vous recevrez :
- Séquences brutes et chromatogrammes (.seq/.ab1)
- Séquences consesus (.txt/.FA)
- Rapport d'analyse avec pourcentages d'homologie et assignation par échantillon
Solutions complémentaires
En complément de l’identification, nous sommes également en mesure de réaliser des arbres phylogénétiques selon vos besoins (comparaison des échantillons entre eux ou au sein d’un panel de séquences de référence).
Selon votre problématique, nous pouvons également vous proposer d’autres cibles plus spécifiques d’un genre en particulier, notamment pour les espèces trop proches génétiquement sur la cible par défaut (exemple sur le genre Bacillus avec la cible panC).
GenoScreen propose également :
- le typage MLST, pour les souches dont l’espèce est connue et dont un schéma de typage est disponible
- le séquençage de génome complet (WGS) pour une caractérisation plus précise de vos microorganismes
GenoScreen vous offre un service rapide d’identification d’espèces par séquençage d’ADN et comparaison aux bases de données internationales (NCBI et/ou BOLD).
Pour une identification à l'espèce, nous utilisons des gènes cibles du génome mitochondrial ou chloroplastique (COI, 16S, CYTB, rbcL, matK…). Nous disposons de couples d’amorces universels mais pouvons également nous adapter à votre projet, en utilisant des amorces plus spécifiques d’un genre ou d’une famille selon la bibliographie.
D’autres gènes cibles peuvent être utilisés pour affiner une identification ou réaliser une étude phylogénétique plus complète.
En complément de l’identification, nous sommes également en mesure de réaliser des arbres phylogénétiques selon vos besoins (comparaison des échantillons entre eux ou au sein d’un panel de séquences de référence).
Matrices d’étude animale et végétale
Nous pouvons travailler à partir d’un large panel de matrices/prélèvements, qu’ils soient invasifs ou non :
Insectes entiers ou pattes/têtes
Poils/plumes
ADN extrait
Feuilles séchées ou fraîches
Sang
Ecouvillons/cartes FTA
Tissus (muscle, organe, nageoire)
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Workflow appliqué aux animaux et végétaux
COI, 16S, CYTB, rbcL, matK, ...
reverse
en consensus, puis comparaison
L’amplification PCR sur les différentes cibles (6S, 18S, 28S, ITS, …) peut être réalisée à partir d’ADN extrait.
Nous réaliserons la comparaison de vos séquences nettoyée et assemblée avec la base de données internationale NCBI (ou Bold).
Une fois l’assignation réalisée, vous recevrez :
- Séquences brutes et chromatogrammes (.seq/.ab1)
- Séquences consesus (.txt/.FA)
- Rapport d'analyse avec pourcentages d'homologie et assignation par échantillon
Solutions complémentaires
En complément de l’identification, nous sommes également en mesure de réaliser des arbres phylogénétiques selon vos besoins (comparaison des échantillons entre eux ou au sein d’un panel de séquences de référence).
GenoScreen propose également le séquençage de génome complet (WGS) pour une caractérisation plus précise de votre espèce.