Prestations complémentaires en Sanger

Primer walking

Cette méthode de séquençage est particulièrement indiquée pour :

 

 

Principe

L’utilisation de plusieurs amorces permet d’obtenir des séquences chevauchantes aboutissant à la reconstitution du produit complet. Pour le séquençage d’un insert, une amorce universelle est utilisée pour obtenir un fragment de la séquence du vecteur et le début de l’insert.

 

Le design d’une amorce spécifique peut ensuite être réalisé sur la séquence obtenue et permettre d’obtenir la suite. Si la séquence d’intérêt est connue, l’ensemble des réactions de séquençage peut être réalisée simultanément. Cette prestation peut être réalisée en simple ou double sens.

 

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Détection de mutations

Le séquençage Sanger peut être utilisé pour vérifier :

Principe

Cette application est notamment utilisée couramment pour le contrôle de TILLING (Targeting Induced Local Lesions in Genomes) sur les plantes, ou pour la vérification de mutations sur des gènes d’intérêt.

Nous pouvons designer des amorces spécifiques pour cibler une mutation et la vérifier par comparaison à une séquence de référence fournie.

Si plusieurs mutations/positions sont à vérifier sur une même zone du génome, nous pouvons également éditer un rapport de variance détaillé par rapport à un gène de référence.

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Le séquençage Long read – Un allié de taille pour améliorer la précision de vos analyses génomiques

Le séquençage long read, aussi appelé Single Molecule Sequencing (SMS), est le cœur du séquençage de 3^ème génération.

Porté par les technologies Oxford Nanopore Technologies (ONT) et Pacific Biosciences (PacBio) cette 3^ème génération permet le séquençage de longs fragments d’ADN ou d’ARN (théoriquement infini) alors que les technologies short-reads limitaient la lecture à des fragments de taille maximale de 600pb.

GenoScreen vous propose, par l’utilisation de ces 2 technologies, de répondre encore plus précisément à vos besoins en génomique et en métagénomique. En effet, en plus de l’accès à la technologie PacBio, GenoScreen a été certifié prestataire de service par Oxford Nanopore Technologies depuis 2022.

Les avantages du séquençage Long-read en génomique

Résoudre les régions répétées et faciliter l’assemblage des génomes

Les séquences d'ADN contiennent souvent des régions répétées qui posent des défis pour les techniques de séquençage traditionnelles. Le séquençage long read permet de lire à travers ces répétitions, fournissant ainsi une meilleure résolution des régions génomiques complexes.

Détecter les variants structuraux

Les variants structuraux sont des variants de grande taille, comme des inversions, des duplications ou encore des translocations pour les génomes eucaryotes, qui vont modifier la topologie du génome et peuvent avoir des effets phénotypiques importants.

Améliorer la résolution taxonomique dans les études de métagénomique

En métabarcoding, il est essentiel d'identifier précisément les espèces présentes dans un échantillon. Le séquençage long read permet de lire des séquences plus longues, ce qui augmente la précision de l'identification taxonomique en utilisant des régions génétiques spécifiques. Certaines espèces peuvent présenter des séquences génétiques similaires dans ces régions. Le séquençage long read permet de distinguer plus efficacement ces espèces proches en lisant des fragments plus longs de leur ADN comme par exemple la séquence complète du gène codant l’ARN ribosomique 16S, marqueur classique utilisé en métabarcoding.

Faciliter les analyses de transcriptomiques et d’épigénétiques

Le séquençage long read présente également l'avantage de détecter nativement les modifications épigénétiques dans les génomes, en mettant en évidence des marqueurs de méthylation au niveau de certains nucléotides. De plus, cette technologie permet d’identifier les isoformes des transcrits générés par l’épissage alternatif lors d’analyses transcriptomiques, sans nécessiter de traitements spécifiques préalables des échantillons.

Les applications du séquençage Long-read

Explorer la Biodiversité microbienne avec le séquençage Long-read

Chez GenoScreen, notre expertise repose sur l'étude minutieuse des communautés microbiennes par approche métagénomiques. Nous vous proposons une approche novatrice en utilisant le séquençage pleine longueur du gène 16S avec notre approche métagénomique Hi-Res. Cette méthodologie permet une identification taxonomique plus précise, avec la capacité de distinguer les bactéries non seulement jusqu'à l'espèce, mais parfois même jusqu'à la souche pour une résolution sans précédent. Découvrez comment notre technologie avancée peut vous ouvrir de nouvelles perspectives dans l'exploration microbienne.

Le séquençage Long read pour mieux caractériser les génomes

Le séquençage du génome entier (WGS), une démarche fondamentale en génomique, bénéficie grandement des capacités du séquençage long-read. Cette technologie offre la possibilité de séquencer de longs fragments d'ADN, qu'ils soient utilisés de manière isolée en long-read, ou en combinaison avec des lectures courtes (short-reads). Lorsqu'utilisé exclusivement en mode long-read, il devient un outil puissant pour la détection de variations structurelles et la génération d'assemblages continus. Qu'il s'agisse de la circularité pour les bactéries ou de l'échelle chromosomique pour les petits eucaryotes, le séquençage long-read apporte une précision et une résolution accrues. Lorsqu'associé au séquençage short-read, le séquençage long-read permet d’atteindre des sommets de précision. Cette combinaison de lectures courtes et longues permet d'obtenir des assemblages de novo complets et très précis, qui trouvent des applications variées, notamment dans la génération de génomes de référence.

Le Contrôle de Qualité Renforcé avec le Séquençage de Plasmides

Dans le domaine de la biologie moléculaire, les plasmides jouent un rôle central. Ils sont utilisés pour diverses applications, allant de la production de protéines à l'ingénierie des génomes et à la thérapie génique. Assurer l'intégrité des plasmides est primordial, et c'est là que le séquençage long-read entre en jeu. Contrairement aux méthodes traditionnelles de séquençage par méthode Sanger, qui ne vérifient qu'une partie restreinte du plasmide, le séquençage long-read permet une analyse complète et simultanée du backbone et des inserts. Il est donc possible de valider à la fois la structure du plasmide, la bonne insertion ainsi que la séquence de l’insert. Chez GenoScreen, nous vous offrons la possibilité de renforcer votre contrôle de qualité grâce à la technologie de pointe d'Oxford Nanopore Technologies.

Découvrez les applications du long read pour...

L’engagement de GenoScreen : Offrir une expérience client exceptionnelle pour vos besoins en séquençage

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Barcoding moléculaire

Le barcoding moléculaire (DNA barcoding) est une technique de taxonomie moléculaire permettant d’identifier et de caractériser génétiquement un échantillon à partir d’un gène ubiquitaire, appartenant généralement au génome mitochondrial ou chloroplastique (COI, 16S…).

Les applications du barcoding moléculaire

Le barcoding permet notamment :

• D’identifier une espèce à partir d’un échantillon isolé
• De comparer plusieurs échantillons d’une même espèce ou d’espèces proches (phylogénie)

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L’identification par le barcoding moléculaire

GenoScreen propose une prestation complète de barcoding moléculaire et peut prendre en charge vos échantillons dès l’extraction d’ADN.

• Identification de microorganismes isolés
• Identification d’espèces animales ou végétales

Dans le cas ou votre matrice initiale est complexe (assemblage de populations bactériennes par exemple), GenoScreen développe des solutions de metabarcoding par séquençage d’amplicons en NGS, pour obtenir des screenings d’échantillons : faune du sol, flore intestinale, récifs coralliens, etc.

GenoScreen vous offre un service rapide d’identification de vos microorganismes par séquençage d’ADN et comparaison aux bases de données internationales (NCBI ou autre).

 

Pour une identification à l'espèce, les régions de l’ADN ribosomique interrogées sont adaptées à votre micro-organisme. En complément, d’autres cibles génomiques (rpoB, gyrB, panC…) peuvent être utilisées pour affiner cette identification et l’adapter à votre demande (par exemple, discrimination au sein d’un groupe d’espèces partageant la même séquence d’ADN ribosomique).

Services d’identification

 

 Téléchargez la fiche produit

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Workflow appliqué aux microorganismes isolés

 

L’extraction de vos échantillons peut être réalisée sur :

• Gélose (boîtes de Petri),
• Culot de culture en milieu liquide,
• Carte FTA ou autre matrice.

 

L’amplification PCR sur les différentes cibles (16S, 18S, 28S, ITS, …) peut être réalisée à partir d’ADN extrait ou de thermolysat. Nous réaliserons la comparaison de vos séquences nettoyée et assemblée avec la base de données internationale NCBI.

 

Une fois l’assignation réalisée, vous recevrez :

• Séquences brutes et chromatogrammes (.seq/.ab1)
• Séquences consesus (.txt/.FA)
• Rapport d'analyse avec pourcentages d'homologie et assignation par échantillon

 

Solutions complémentaires

En complément de l’identification, nous sommes également en mesure de réaliser des arbres phylogénétiques selon vos besoins (comparaison des échantillons entre eux ou au sein d’un panel de séquences de référence).

Selon votre problématique, nous pouvons également vous proposer d’autres cibles plus spécifiques d’un genre en particulier, notamment pour les espèces trop proches génétiquement sur la cible par défaut (exemple sur le genre Bacillus avec la cible panC).

 

GenoScreen propose également :

• le typage MLST, pour les souches dont l’espèce est connue et dont un schéma de typage est disponible
• le séquençage de génome complet (WGS) pour une caractérisation plus précise de vos microorganismes

  

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GenoScreen vous offre un service rapide d’identification d’espèces par séquençage d’ADN et comparaison aux bases de données internationales (NCBI et/ou BOLD).

Pour une identification à l'espèce, nous utilisons des gènes cibles du génome mitochondrial ou chloroplastique (COI, 16S, CYTB, rbcL, matK…). Nous disposons de couples d’amorces universels mais pouvons également nous adapter à votre projet, en utilisant des amorces plus spécifiques d’un genre ou d’une famille selon la bibliographie.

D’autres gènes cibles peuvent être utilisés pour affiner une identification ou réaliser une étude phylogénétique plus complète.

 

En complément de l’identification, nous sommes également en mesure de réaliser des arbres phylogénétiques selon vos besoins (comparaison des échantillons entre eux ou au sein d’un panel de séquences de référence).

 

 

Matrices d’étude animale et végétale

 

Nous pouvons travailler à partir d’un large panel de matrices/prélèvements, qu’ils soient invasifs ou non :

 

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Workflow appliqué aux animaux et végétaux

 

 

L’amplification PCR sur les différentes cibles (6S, 18S, 28S, ITS, …) peut être réalisée à partir d’ADN extrait.

Nous réaliserons la comparaison de vos séquences nettoyée et assemblée avec la base de données internationale NCBI (ou Bold).

 

Une fois l’assignation réalisée, vous recevrez :

• Séquences brutes et chromatogrammes (.seq/.ab1)
• Séquences consesus (.txt/.FA)
• Rapport d'analyse avec pourcentages d'homologie et assignation par échantillon

 

Solutions complémentaires

En complément de l’identification, nous sommes également en mesure de réaliser des arbres phylogénétiques selon vos besoins (comparaison des échantillons entre eux ou au sein d’un panel de séquences de référence).

GenoScreen propose également le séquençage de génome complet (WGS) pour une caractérisation plus précise de votre espèce.

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Séquençage

GenoScreen est l’un des acteurs majeurs proposant des services de séquençage et d’analyse génomique au niveau national et international. Son expertise repose sur la combinaison d’une expérience unique en analyses génomiques, l’utilisation de technologies de pointe, le développement et la mise à disposition d’outils exclusifs en bioinformatique et de services de recherche et développement. GenoScreen vous propose une palette très large de services de séquençage, des techniques les plus classiques au plus avancées.

Sanger

Les services de séquençage Sanger GenoScreen s’adaptent à tout type de projets : ampleurs, délais et fréquences de réalisation, pour une lecture comprise entre 100 et 1200 pb.

NGS

GenoScreen propose une gamme complète de services de séquençage nouvelle génération (next-generation sequencing, NGS) en s’appuyant sur les dernières technologies (Illumina, PacBio…). 

• Séquençage de génome complet
• Métagénomique
• Séquençage ciblé/amplicon
• Librairies prêtes à être séquencées “ready-to-load”

NGS - Toute la puissance de la génomique au service des sciences de la vie

Depuis 2008, GenoScreen propose une gamme complète de services de séquençage nouvelle génération (next-generation sequencing, NGS) pour les génomes, métagénomes et transcriptomes.

GenoScreen dispose d’un plateau technologique de pointe et vous propose d’accéder aux dernières technologies (Illumina, PacBio…).

L’offre GenoScreen

• Séquençage de génomes complets (WGS)
  Les nouvelles technologies de séquençage disponibles chez GenoScreen offrent l’opportunité d’analyser l’intégralité de la structure primaire du génome d’un organisme isolé qu’il soit eucaryote, procaryote ou viral. L’analyse des données obtenues permet de caractériser et décrire précisément tout type d’organisme et répond ainsi à une très large diversité de problématiques de recherche.
• Métagénomique
  Les approches moléculaires de métagénomique permettent d’analyser une communauté d’organismes dans sa globalité et d’étudier une niche écologique complexe de façon exhaustive : une approche puissante et innovante, pour caractériser les gènes et donc les fonctions biologiques qui existent dans le milieu et portées par ces microbiomes.
• Séquençage ciblé
  Le séquençage ciblé permet l’analyse spécifique de gènes ciblés ou de régions de gènes sur un grand nombre d’échantillons en parallèle.
  Grâce au séquençage NGS sur les plateformes MiSeq^®, NextSeq500^® ou Hiseq^®, de multiples gènes peuvent être évalués avec un volume de données plus limité, plus facile à gérer et à analyser que le séquençage d’un génome entier.
  
• Transcriptomique
  Le séquençage haut débit du transcriptome (RNA-seq) a révolutionné les analyses quantitatives et qualitatives des organismes procaryotes et eucaryotes. Il permet notamment de réaliser des analyses d’expression différentielle.
  
• Ready to load
  Pour gagner en coût et en réactivité, GenoScreen propose des services de séquençage “Ready to Load”, pour une large gamme de librairies : un véritable accélérateur de recherche et l’occasion de profiter d’un plateau technique de dernière génération et d’une expertise de pointe à des conditions très avantageuses.
  

Les avantages GenoScreen

• Une gamme complète de services NGS
• Expertise et conseil pour le design de chaque analyse
• Expertise unique en microbiologie
• Données de très haute qualité
• Outils exclusifs d’analyse bioinformatique : assemblage, annotations, détection de SNP, etc.
• Délais de livraison courts et garantis

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Séquençage Sanger - La solution génomique bas débit

Le séquençage Sanger est une solution éprouvée d’analyse à bas débit, adaptée aux fragments de toutes tailles, pour une lecture comprise entre 100 et 1200 pb. Les services de séquençage Sanger GenoScreen s’adaptent à tous types de projets : ampleurs, délais et fréquences de réalisation.

Les offres GenoScreen en séquençage Sanger

Métagénomique - Une analyse puissante des communautés d’organismes

Les approches moléculaires de métagénomique permettent d’analyser une communauté d’organismes dans sa globalité et d’étudier une niche écologique complexe de façon exhaustive : une approche puissante et innovante, pour caractériser les gènes et donc les fonctions biologiques qui existent dans le milieu et portées par ces microbiomes.