GenoScreen est fière d’être le troisième prestataire de services français certifié par Oxford Nanopore Technologies. Cette certification assure les plus hauts standards de qualité pour les projets de séquençage long-read sur la plateforme de séquençage GridION.
Découvrez comment les solutions développées par GenoScreen se basant sur du séquençage long-read peuvent faciliter la réalisation de vos projets en génomique :
- Caractérisation des souches microbiennes modifiées
Obtenez une analyse précise du contenu de vos souches d’intérêt industriel, médical ou agroalimentaire. Nos analyses ont été spécifiquement étudiées pour la réalisation de dossiers réglementaires de type ANSES/EFSA pour des microorganismes génétiquement modifiés mais peuvent s’adapter à tous vos besoins règlementaires. (https://efsa.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.2903/j.efsa.2021.6506)
- Assemblage de novo complet de la souche parentale et de la souche modifiée.
- Comparaison génétique complète (SNP/Indel/variants structuraux) entre souche parentale et souche modifiée avec description des modifications apportées :
- La position, le nombre de copies des séquences insérées.
- Confirmer les délétions de séquences/gènes.
- Recherche de gènes de résistance à des antibiotiques.
- Recherche de facteurs de virulence.
- Transparence et détail méthodologique de l’extraction d’ADN à l’analyse des données.
- Génération de rapports suivant les recommandations de l’EFSA pour la caractérisation des microorganismes génétiquement modifiés.
- Génération de génomes complets
- La solution GenoRef permet, via un assemblage corrigé manuellement par nos bioinformaticiens, l’obtention de génome de référence de haute qualité pour :
- Un micro-organisme ne disposant d’aucun génome de référence.
- Permettre des analyses comparatives (p.e. recherche de variants) de haute qualité.
- Obtenez une vision claire et complète de vos génomes d’intérêt.
- Caractérisez les différences génomiques entre plusieurs souches proches.
- Un rapport interactif pour obtenir en un clin d’œil une vision complète de la qualité de vos assemblages.
- Détection de variants structurels
Souvent oubliés des études de génomique comparatives se focalisant souvent sur les mutations ponctuelles de type SNV et Indels, les variants structurels (variants de plus de 50 pb) sont pourtant des acteurs majeurs de la variabilité phénotypique entre individus. On retrouve parmi ces variants, les insertions, les délétions, les duplications, les inversions et les translocations. Ces variants peuvent être de taille extrêmement variable et affecter seulement quelques dizaines de paires de bases ou aller jusqu’à impacter des chromosomes entiers.
- Obtenez des résultats précis et complets (comparé à des approches classiques par séquençage short-read).
- En un seul séquençage, obtenez un génome d’une qualité égale à celle d’un génome de référence, caractérisez l’intégralité des variants présents dans votre échantillon (SNV, Indel, Variants structurels).
- Et beaucoup d'autres applications...
Séquençage direct de l’ARN (sans intermédiaire ADNc), Epigénétique, Adaptive sampling, Amplicons de grande taille, etc.