Génotypage
MLST/ MLVA, solutions de typage/traçage microbien
GenoScreen vous propose de caractériser plus précisément vos microorganismes (caractérisation de la sous-espèce ou de la souche) à l’aide de méthodes de biologie moléculaire standardisées et validées de type MLST ou MLVA (dont MIRU-VNTR)
MultiLocus Sequencing Typing (MLST)
Le typage par séquençage MLST (MultiLocus Sequencing Typing) est la technique de référence pour discriminer différentes souches. Cette méthode est basée sur le séquençage de « gènes de ménage » (house-keeping genes) codant pour des protéines essentielles de la bactérie. Ces séquences ont la particularité de présenter un polymorphisme stable dans le temps et suffisant pour distinguer des souches entre elles.
Cette méthode permet la caractérisation d’un microorganisme dont le genre (ou l’espèce) est connue, pour identifier l’espèce (ou la sous-espèce) grâce au séquençage de 7 gènes de ménage.
Le MLST par GenoScreen
L’offre de service MLST de GenoScreen est une offre complète réalisée à partir d’ADN extrait ou de thermolysat. Elle intègre la réalisation des PCRs, le séquençage sur séquenceur capillaire, l’analyse des séquences et l’assignation de la souche.
Règne / Kingdom | Classe / Class | Ordre / Order | Espèce / Species |
---|---|---|---|
Animalia | Myxozoa | Multivalvulida | Kudoa septempunctata |
Animalia | Rhabditophora | Plagiorchiida | Clonorchis sinensis |
Bacteria | Actinobacteria | Actinomycetales | Corynebacterium diphtheriae |
Bacteria | Actinobacteria | Actinomycetales | Cutibacterium acnes |
Bacteria | Actinobacteria | Actinomycetales | Mycobacterium abscessus complex |
Bacteria | Actinobacteria | Actinomycetales | Mycobacterium spp. |
Bacteria | Actinobacteria | Actinomycetales | Rhodococcus equi |
Bacteria | Actinobacteria | Actinomycetales | Streptomyces spp. |
Bacteria | Alpha Proteobacteria | Rhizobiales | Bartonella bacilliformis |
Bacteria | Alpha Proteobacteria | Rhizobiales | Bartonella henselae |
Bacteria | Alpha Proteobacteria | Rhizobiales | Bartonella washoensis |
Bacteria | Alpha Proteobacteria | Rhizobiales | Brucella spp. |
Bacteria | Alpha Proteobacteria | Rhizobiales | Candidatus Liberibacter solanacearum |
Bacteria | Alpha Proteobacteria | Rhizobiales | Sinorhizobium spp. |
Bacteria | Alpha Proteobacteria | Rickettsiales | Anaplasma phagocytophilum |
Bacteria | Alpha Proteobacteria | Rickettsiales | Orientia tsutsugamushi |
Bacteria | Alpha Proteobacteria | Rickettsiales | Wolbachia spp. |
Bacteria | Bacilli | Bacillales | Bacillus cereus |
Bacteria | Bacilli | Bacillales | Bacillus licheniformis |
Bacteria | Bacilli | Bacillales | Bacillus subtilis |
Bacteria | Bacilli | Bacillales | Macrococcus canis |
Bacteria | Bacilli | Bacillales | Macrococcus caseolyticus |
Bacteria | Bacilli | Bacillales | Paenibacillus larvae |
Bacteria | Bacilli | Bacillales | Staphylococcus aureus |
Bacteria | Bacilli | Bacillales | Staphylococcus epidermidis |
Bacteria | Bacilli | Bacillales | Staphylococcus haemolyticus |
Bacteria | Bacilli | Bacillales | Staphylococcus hominis |
Bacteria | Bacilli | Bacillales | Staphylococcus pseudintermedius |
Bacteria | Bacilli | Lactobacillales | Carnobacterium maltaromaticum |
Bacteria | Bacilli | Lactobacillales | Enterococcus faecalis |
Bacteria | Bacilli | Lactobacillales | Enterococcus faecium |
Bacteria | Bacilli | Lactobacillales | Lactobacillus salivarius |
Bacteria | Bacilli | Lactobacillales | Melissococcus plutonius |
Bacteria | Bacilli | Lactobacillales | Pediococcus pentosaceus |
Bacteria | Bacilli | Lactobacillales | Streptococcus agalactiae |
Bacteria | Bacilli | Lactobacillales | Streptococcus anginosus |
Bacteria | Bacilli | Lactobacillales | Streptococcus bovis complex |
Bacteria | Bacilli | Lactobacillales | Streptococcus canis |
Bacteria | Bacilli | Lactobacillales | Streptococcus dysgalactiae |
Bacteria | Bacilli | Lactobacillales | Streptococcus equinus complex |
Bacteria | Bacilli | Lactobacillales | Streptococcus faecalis |
Bacteria | Bacilli | Lactobacillales | Streptococcus gallolyticus |
Bacteria | Bacilli | Lactobacillales | Streptococcus gordonii |
Bacteria | Bacilli | Lactobacillales | Streptococcus mitis |
Bacteria | Bacilli | Lactobacillales | Streptococcus mutans |
Bacteria | Bacilli | Lactobacillales | Streptococcus oralis |
Bacteria | Bacilli | Lactobacillales | Streptococcus pneumoniae |
Bacteria | Bacilli | Lactobacillales | Streptococcus pyogenes |
Bacteria | Bacilli | Lactobacillales | Streptococcus salivarius |
Bacteria | Bacilli | Lactobacillales | Streptococcus suis |
Bacteria | Bacilli | Lactobacillales | Streptococcus thermophilus |
Bacteria | Bacilli | Lactobacillales | Streptococcus uberis |
Bacteria | Bacilli | Lactobacillales | Streptococcus viridans |
Bacteria | Bacilli | Lactobacillales | Streptococcus zooepidemicus |
Bacteria | Bacteroidetes | Porphyromonadaceae | Porphyromonas gingivalis |
Bacteria | Beta Proteobacteria | Burkholderiales | Achromobacter |
Bacteria | Beta Proteobacteria | Burkholderiales | Bordetella spp. |
Bacteria | Beta Proteobacteria | Burkholderiales | Burkholderia cepacia complex |
Bacteria | Beta Proteobacteria | Burkholderiales | Burkholderia pseudomallei |
Bacteria | Beta Proteobacteria | Burkholderiales | Taylorella spp. |
Bacteria | Beta Proteobacteria | Neisseriales | Neisseria spp. |
Bacteria | Chlamydiae | Chlamydiales | Chlamydiales spp. |
Bacteria | Clostridia | Clostridiales | Clostridioides difficile |
Bacteria | Clostridia | Clostridiales | Clostridium botulinum |
Bacteria | Clostridia | Clostridiales | Clostridium septicum |
Bacteria | Epsilon Proteobacteria | Campylobacterales | Arcobacter spp. |
Bacteria | Epsilon Proteobacteria | Campylobacterales | Campylobacter spp. |
Bacteria | Epsilon Proteobacteria | Campylobacterales | Helicobacter cinaedi |
Bacteria | Epsilon Proteobacteria | Campylobacterales | Helicobacter pylori |
Bacteria | Epsilon Proteobacteria | Campylobacterales | Helicobacter suis |
Bacteria | Flavobacteria | Flavobacteriales | Flavobacterium psychrophilum |
Bacteria | Flavobacteria | Flavobacteriales | Ornithobacterium rhinotracheale |
Bacteria | Flavobacteria | Flavobacteriales | Riemerella anatipestifer |
Bacteria | Flavobacteria | Flavobacteriales | Tenacibaculum spp. |
Bacteria | Gamma Proteobacteria | Aeromonadales | Aeromonas spp. |
Bacteria | Gamma Proteobacteria | Cardiobacteriales | Dichelobacter nodosus |
Bacteria | Gamma Proteobacteria | Enterobacteriales | Citrobacter freundii |
Bacteria | Gamma Proteobacteria | Enterobacteriales | Cronobacter spp. |
Bacteria | Gamma Proteobacteria | Enterobacteriales | Edwardsiella spp. |
Bacteria | Gamma Proteobacteria | Enterobacteriales | Enterobacter cloacae |
Bacteria | Gamma Proteobacteria | Enterobacteriales | Escherichia spp. |
Bacteria | Gamma Proteobacteria | Enterobacteriales | Klebsiella aerogenes |
Bacteria | Gamma Proteobacteria | Enterobacteriales | klebsiella michiganensis |
Bacteria | Gamma Proteobacteria | Enterobacteriales | Klebsiella oxytoca |
Bacteria | Gamma Proteobacteria | Enterobacteriales | Salmonella spp. |
Bacteria | Gamma Proteobacteria | Enterobacteriales | Yersinia pseudotuberculosis |
Bacteria | Gamma Proteobacteria | Enterobacteriales | Yersinia ruckeri |
Bacteria | Gamma Proteobacteria | Enterobacteriales | Yersinia spp. |
Bacteria | Gamma Proteobacteria | Pasteurellales | Gallibacterium anatis |
Bacteria | Gamma Proteobacteria | Pasteurellales | Haemophilus influenzae |
Bacteria | Gamma Proteobacteria | Pasteurellales | Haemophilus parasuis |
Bacteria | Gamma Proteobacteria | Pasteurellales | Mannheimia haemolytica |
Bacteria | Gamma Proteobacteria | Pasteurellales | Pasteurella multocida |
Bacteria | Gamma Proteobacteria | Pseudomonadales | Acinetobacter baumannii |
Bacteria | Gamma Proteobacteria | Pseudomonadales | Moraxella catarrhalis |
Bacteria | Gamma Proteobacteria | Pseudomonadales | Pseudomonas aeruginosa |
Bacteria | Gamma Proteobacteria | Pseudomonadales | Pseudomonas fluorescens |
Bacteria | Gamma Proteobacteria | Pseudomonadales | Pseudomonas putida |
Bacteria | Gamma Proteobacteria | Thiotrichales | Piscirickettsia salmonis |
Bacteria | Gamma Proteobacteria | Vibrionales | Photobacterium damselae |
Bacteria | Gamma Proteobacteria | Vibrionales | Vibrio cholerae |
Bacteria | Gamma Proteobacteria | Vibrionales | Vibrio parahaemolyticus |
Bacteria | Gamma Proteobacteria | Vibrionales | Vibrio spp. |
Bacteria | Gamma Proteobacteria | Vibrionales | Vibrio tapetis |
Bacteria | Gamma Proteobacteria | Vibrionales | Vibrio vulnificus |
Bacteria | Gamma Proteobacteria | Xanthomonadales | Stenotrophomonas maltophilia |
Bacteria | Gamma Proteobacteria | Xanthomonadales | Xylella fastidiosa |
Bacteria | Mollicutes | Mycoplasmatales | Mycoplasma agalactiae |
Bacteria | Mollicutes | Mycoplasmatales | Mycoplasma bovis |
Bacteria | Mollicutes | Mycoplasmatales | Mycoplasma flocculare |
Bacteria | Mollicutes | Mycoplasmatales | Mycoplasma hominis |
Bacteria | Mollicutes | Mycoplasmatales | Mycoplasma hyopneumoniae |
Bacteria | Mollicutes | Mycoplasmatales | Mycoplasma hyorhinis |
Bacteria | Mollicutes | Mycoplasmatales | Mycoplasma iowae |
Bacteria | Mollicutes | Mycoplasmatales | Mycoplasma pneumoniae |
Bacteria | Mollicutes | Mycoplasmatales | Mycoplasma synoviae |
Bacteria | Mollicutes | Mycoplasmatales | Ureaplasma spp. |
Bacteria | Spirochaetes | Brachyspirales | Brachyspira spp. |
Bacteria | Spirochaetes | Leptospirales | Leptospira spp. |
Bacteria | Spirochaetes | Spirochaetales | Borrelia spp. |
Bacteria | Spirochaetes | Spirochaetales | Treponema pallidum subsp. pallidum |
Chromista | Oomycota | Saprolegniales | Saprolegnia parasitica |
Excavata | Parabasalia | Trichomonadida | Trichomonas vaginalis |
Fungi | Blastocystae | Blastocystida | Blastocystis sp. |
Fungi | Eurotiomycetes | Eurotiales | Aspergillus fumigatus |
Fungi | Saccharomycetes | Saccharomycetales | Candida albicans |
Fungi | Saccharomycetes | Saccharomycetales | Candida glabrata |
Fungi | Saccharomycetes | Saccharomycetales | Candida krusei |
Fungi | Saccharomycetes | Saccharomycetales | Candida tropicalis |
Multiple Loci VNTR Analysis (MLVA)
Le MLVA (Multiple Loci VNTR Analysis) est une méthode d’analyse génétique du polymorphisme des motifs VNTR (Variable Number of Tandem Repeats) basée sur leur dénombrement. Lors d’une première étape, chaque locus VNTR ciblé est amplifié par PCR avec des amorces spécifiques des régions flanquantes. Les fragments obtenus sont ensuite séparés en fonction de leur taille par électrophorèse sur séquenceur capillaire. Le génotypage de chaque locus et la compilation des résultats obtenus pour chaque échantillon permet d’assigner à la souche un code numérique spécifique à une sous-espèce.
La méthode MLVA permet la caractérisation d’un microorganisme dont l’espèce est connue, pour identifier, a minima, la sous-espèce grâce au typage d’allèles et comparaison aux banques de données MLVA. Cette méthode ne nécessite pas d’étape de séquençage ADN et est plus discriminante que la méthode MLST. Elle permet ainsi de différencier des sous-espèces proches (espèces clonales).
Le MLVA par GenoScreen
L’offre de service MLVA de GenoScreen est une offre complète réalisée à partir d’ADN extrait ou de thermolysat. Elle intègre la réalisation des PCRs, l’électrophorèse sur séquenceur capillaire, l’analyse des données obtenues et l’assignation de la souche.
Règne / Kingdom | Classe / Class | Ordre / Order | Espèce / Species |
---|---|---|---|
Bacteria | Actinobacteria | Actinomycetales | Mycobacterium tuberculosis |
Bacteria | Actinobacteria | Actinomycetales | Mycobacterium bovis |
Bacteria | Actinobacteria | Actinomycetales | Mycobacterium avium |
Bacteria | Gamma Proteobacteria | Thiotrichales | Francisella tularensis |
Fungi | Saccharomycetes | Saccharomycetales | Saccharomyces cerevisiae |
L'analyse peut être réalisée sur la base d’un schéma de typage personnalisé selon vos besoins, en lien avec les données disponibles pour votre espèce.
MIRU-VNTR : la solution MLVA pour le typage de Mycobacterium tuberculosis
La solution MIRU-VNTR développée par nos équipes est utilisée par de nombreux centres de soins et équipes de recherche sous forme de kit ou de prestation de service. GenoScreen est le leader mondial pour le génotypage des souches du complexe Mycobacterium tuberculosis, agent responsable de la tuberculose
Découvrez nos solutions MIRU-VNTR
Génotypage de SNP
L’offre GenoScreen
GenoScreen propose des analyses pouvant porter sur le génome entier, afin de repérer des associations inconnues génotype-phénotype ou sur des variations génétiques déjà connues.
Cette technique repose sur la variation d’une seule paire de nucléotide à une position donnée. Les SNP sont des outils permettant d'identifier des génotypes (reconnaître des personnes, par exemple), à partir d'échantillons de matière organique, ou permettant de contribuer à la construction d'arbres généalogiques d'êtres vivants ou d'espèces.
Selon le nombre de SNP étudié et le nombre d’échantillons, GenoScreen développe des approches complémentaires et adaptés à chaque objectif (Taqman/KASPar, Fluidigm, SANGER) :
- NGS, pour les études pan-génome, (étude de populations ou d’associations, sélection génomique)
- Fluidigm Biomark, NGS et microarrays pour les génotypages d’un gène (régions candidates)
- PCR en temps réel, séquençage Sanger pour l’analyse des SNP individuels spécifiques (pharmacogénétique, diagnostics)
Dans le cas de découverte de nouveaux SNP, GenoScreen propose des approches RAD-Seq. Cette technologie réduit la complexité des analyses et interroger une fraction (0,1 à 10%) d'un génome sélectionné pour découvrir de nouveaux marqueurs génétiques et/ou génotypiques.
L'analyse des données de séquences haut débit permettent d'identifier une grande quantité de variants génétiques (comme les SNPs).
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Génotypage des microsatellites
Ce type de génotypage s’appuie sur le polymorphisme des microsatellites présents dans le génome.
L’offre GenoScreen
Geno Sat® est une solution standardisée pour tout type d’espèce eucaryote, simple et modulable pour :
- la production de banques de microsatellites par séquençage haut débit,
- le développement de marqueurs polymorphes d’intérêt
- le génotypage de populations
Depuis 2009, notre solution a déjà été utilisée sur plus de 500 espèces différentes dans le cadre d’études phylogéniques, d’analyses de biodiversité ou de programmes de conservation.
Geno Sat®
À partir d’1 µg d’ADN génomique, et en s’appuyant sur la technologie de séquençage haut débit Illumina MiSeq, GenoSat® permet d’obtenir dans un délai de 2 mois des couples d’amorces validés bioinformatiquement encadrant les microsatellites identifiés pour vos espèces.
Geno Sat® pack
Cette solution modulable vous permet à la fois de valider biologiquement un lot de couples d’amorces (après validation in silico), et d’étudier le polymorphisme des couples amplifiés avec succès.
Geno Sat® pack +
La solution Geno Sat® pack + est notre offre la plus complète permettant l’optimisation de multiplexes et/ou le génotypage de larges populations à partir des marqueurs microsatellites polymorphes d’intérêt.
Geno Sat® à la carte
Nous pouvons aussi réaliser chacune des sous-étapes (validation biologique / étude de polymorphisme / mise au point de multiplexes / génotypage de populations avec ou sans analyse) à la demande, y compris à partir de marqueurs déjà publiés.
Espèces analysées avec Geno Sat® (liste non exhaustive)
Règne / Kingdom | Classe / Class | Ordre / Order | Espèce / Species |
---|---|---|---|
Animalia | Actinopterygii | Acipenseriformes | Acipenser gueldenstaedtii |
Animalia | Actinopterygii | Acipenseriformes | Acipenser ruthenus |
Animalia | Actinopterygii | Acipenseriformes | Acipenser stellatus |
Animalia | Actinopterygii | Acipenseriformes | Huso huso |
Animalia | Actinopterygii | Anguilliformes | Gymnothorax chilospilus |
Animalia | Actinopterygii | Batrachoidiformes | Halobatrachus didactylus |
Animalia | Actinopterygii | Characiformes | Brycon insignis |
Animalia | Actinopterygii | Clupeiformes | Engraulis |
Animalia | Actinopterygii | Cypriniformes | Barbus barbus |
Animalia | Actinopterygii | Cypriniformes | Chondrostoma nasus |
Animalia | Actinopterygii | Cypriniformes | Chondrostoma toxostoma |
Animalia | Actinopterygii | Cypriniformes | Gobio gobio |
Animalia | Actinopterygii | Cyprinodontiformes | Aphyosemion bualanum |
Animalia | Actinopterygii | Cyprinodontiformes | Chromaphyosemion splendopleure |
Animalia | Actinopterygii | Perciformes | Apogon |
Animalia | Actinopterygii | Perciformes | Bathygobius soporator |
Animalia | Actinopterygii | Perciformes | Coptodon guineensis |
Animalia | Actinopterygii | Perciformes | Dissostichus eleginoides |
Animalia | Actinopterygii | Perciformes | Epinephelus marginatus |
Animalia | Actinopterygii | Perciformes | Salaria fluviatilis |
Animalia | Actinopterygii | Perciformes | Siganus argenteus |
Animalia | Actinopterygii | Perciformes | Sparisoma viride |
Animalia | Actinopterygii | Perciformes | Sparus aurata |
Animalia | Actinopterygii | Perciformes | Thunnus alalunga |
Animalia | Actinopterygii | Perciformes | Tilapia |
Animalia | Actinopterygii | Perciformes | Tilapia guineensis |
Animalia | Actinopterygii | Perciformes | Trachurus trecae |
Animalia | Actinopterygii | Pleuronectiformes | Platichthys |
Animalia | Actinopterygii | Scorpaeniformes | Scorpaena porcus |
Animalia | Amphibia | Anura | Agalychnis lemur |
Animalia | Amphibia | Anura | Bombina variegata |
Animalia | Amphibia | Anura | Bufo bufo |
Animalia | Amphibia | Anura | Bufo calamita |
Animalia | Amphibia | Anura | Craugastor crassidigitus |
Animalia | Amphibia | Anura | Craugastor fitzingeri |
Animalia | Amphibia | Anura | Dendrobates tinctorius |
Animalia | Amphibia | Anura | Hyalinobatrachium valerioi |
Animalia | Amphibia | Anura | Xenopus laevis |
Animalia | Amphibia | Caudata | Neurergus kaiseri |
Animalia | Amphibia | Urodela | Salamandra lanzai |
Animalia | Amphibia | Urodela | Triturus marmoratus |
Animalia | Arachnida | Ixodida | Dermacentor reticulatus |
Animalia | Arachnida | Ixodida | Hyalomma aegyptium |
Animalia | Arachnida | Scorpiones | Opistophthalmus pallipes |
Animalia | Arachnida | Trombidiformes | Panonychus ulmi |
Animalia | Ascidiacea | Phlebobranchia | Ciona intestinalis type A |
Animalia | Ascidiacea | Phlebobranchia | Ciona intestinalis Type B |
Animalia | Ascidiacea | Stolidobranchia | Botrylloides digense |
Animalia | Ascidiacea | Stolidobranchia | Pyura herdmani |
Animalia | Ascidiacea | Stolidobranchia | Pyura praeputalis |
Animalia | Ascidiacea | Stolidobranchia | Pyura stolonifera |
Animalia | Aves | Accipitriformes | Circus pygargus |
Animalia | Aves | Charadriiformes | Larus |
Animalia | Aves | Columbiformes | Columba malherbii |
Animalia | Aves | Falconiformes | Pandion haliaetus |
Animalia | Aves | Passeriformes | Estrilda astrild |
Animalia | Aves | Passeriformes | Laniarius atrococcineus |
Animalia | Aves | Procellariiformes | Oceanodroma monteiroi |
Animalia | Bivalvia | Cardiida | Donax vittatus |
Animalia | Bivalvia | Cardiida | Monodacna colorata |
Animalia | Bivalvia | Pectinoida | Pecten maximus |
Animalia | Bivalvia | Unionoida | Anodonta woodiana |
Animalia | Bivalvia | Unionoida | Unio crassus |
Animalia | Bivalvia | Veneroida | Corbicula fluminea |
Animalia | Bivalvia | Veneroida | Donacilla cornea |
Animalia | Branchiopoda | Anostraca | Artemia franciscana |
Animalia | Branchiopoda | Anostraca | Artemia parthenogenetica |
Animalia | Branchiopoda | Anostraca | Artemia urmiana |
Animalia | Cephalaspidomorphi | Petromyzontiformes | Lampetra planeri |
Animalia | Cephalopoda | Sepiida | Sepia officinalis |
Animalia | Cestoda | Caryophillidea | Caryophyllaeus |
Animalia | Cestoda | Pseudophyllidea | Diphyllobothrium dentriticum |
Animalia | Cestoda | Pseudophyllidea | Diphyllobothrium latum |
Animalia | Cestoda | Pseudophyllidea | Carcharhinus leucas |
Animalia | Chondrichthyes | Carcharhiniformes | Galeocerdo cuvier |
Animalia | Chondrichthyes | Carcharhiniformes | Carcharodon carcharias |
Animalia | Chondrichthyes | Lamniformes | Amblyraja sp. |
Animalia | Chondrichthyes | Rajiformes | Bathyraja meridionalis |
Animalia | Chondrichthyes | Rajiformes | Squatina squatina |
Animalia | Chondrichthyes | Squatiniformes | Aporrectodea giardi |
Animalia | Clitellata | Opisthopora | Aporrectodea icterica |
Animalia | Clitellata | Opisthopora | Lumbricus castaneus |
Animalia | Clitellata | Opisthopora | Lumbricus rubellus |
Animalia | Clitellata | Opisthopora | Lumbricus terrestris |
Animalia | Clitellata | Opisthopora | Cryptopygus antarcticus |
Animalia | Entognatha | Collembola | Isotomurus maculatus |
Animalia | Entognatha | Collembola | Tullbergia bisetosa |
Animalia | Entognatha | Collembola | Biomphalaria prona |
Animalia | Gastropoda | Basommatophora | Biomphalaria schrami |
Animalia | Gastropoda | Basommatophora | Drepanotrema aeruginosum |
Animalia | Gastropoda | Hygrophila | Indoplanorbis exustus |
Animalia | Gastropoda | Hygrophila | Lymnaea cubensis |
Animalia | Gastropoda | Hygrophila | Lymnea natalensis |
Animalia | Gastropoda | Hygrophila | Littorina saxatilis |
Animalia | Gastropoda | Littorinimorpha | Cyclope neritea |
Animalia | Gastropoda | Neogastropoda | Cepaea hortensis |
Animalia | Gastropoda | Stylommatophora | Tyrrhenaria ceratina |
Animalia | Gastropoda | Stylommatophora | Gibbula pennanti |
Animalia | Gastropoda | Vetigastropoda | Actinopyga echinites |
Animalia | Holothuroidea | Aspidochirotida | Actinopyga equinites |
Animalia | Holothuroidea | Aspidochirotida | Hydra oligactis |
Animalia | Hydrozoa | Anthoathecatae | Millepora platyphylla |
Animalia | Hydrozoa | Anthoathecatae | Lytocarpia brevirostris |
Animalia | Hydrozoa | Leptothecata | Macrorhynchia phoenicea |
Animalia | Hydrozoa | Leptothecata | Constrictotermes cavifrons |
Animalia | Insecta | Blattodea | Embiratermes neotenicus |
Animalia | Insecta | Blattodea | Inquilinitermes inquilinus |
Animalia | Insecta | Blattodea | Isoptera |
Animalia | Insecta | Blattodea | Kalotermes flavicollis |
Animalia | Insecta | Blattodea | Lauraesilpha |
Animalia | Insecta | Blattodea | Reticulitermes grassei/banyulensis |
Animalia | Insecta | Blattodea | Silvestritermes minutus |
Animalia | Insecta | Blattodea | Abax parallelepipedus |
Animalia | Insecta | Coleoptera | Aleochara bilineata |
Animalia | Insecta | Coleoptera | Aleochara bipustulata |
Animalia | Insecta | Coleoptera | Aphaenops cerberus |
Animalia | Insecta | Coleoptera | Ceutorhynchus assimilis |
Animalia | Insecta | Coleoptera | Coccinella septempunctata |
Animalia | Insecta | Coleoptera | Curculio glandium |
Animalia | Insecta | Coleoptera | Dendroctonus micans |
Animalia | Insecta | Coleoptera | Diabrotica virgifera |
Animalia | Insecta | Coleoptera | Hippodamia undecimnotata |
Animalia | Insecta | Coleoptera | Larinus cynarae |
Animalia | Insecta | Coleoptera | Lethrus apterus |
Animalia | Insecta | Coleoptera | Lucanus cervus |
Animalia | Insecta | Coleoptera | Meligethes aeneus |
Animalia | Insecta | Coleoptera | Monochamus galloprovincialis |
Animalia | Insecta | Coleoptera | Pissodes |
Animalia | Insecta | Coleoptera | Prostephanus truncatus |
Animalia | Insecta | Coleoptera | Psylliodes chrysocephala |
Animalia | Insecta | Coleoptera | Pterostichus melanarius |
Animalia | Insecta | Coleoptera | Delia radicum |
Animalia | Insecta | Diptera | Episyrphus balteatus |
Animalia | Insecta | Diptera | Phlebotomus |
Animalia | Insecta | Diptera | Sphaerophoria scripta |
Animalia | Insecta | Diptera | Acyrthosiphon pisum |
Animalia | Insecta | Hemiptera | Acyrthosiphon svalbardicum |
Animalia | Insecta | Hemiptera | Aphis gossypii |
Animalia | Insecta | Hemiptera | Bemisia tabaci |
Animalia | Insecta | Hemiptera | Cacopsylla pruni |
Animalia | Insecta | Hemiptera | Cacopsylla pyri |
Animalia | Insecta | Hemiptera | Cimex pipistrelli |
Animalia | Insecta | Hemiptera | Dysaphis plantaginea |
Animalia | Insecta | Hemiptera | Heliococcus bohemicus |
Animalia | Insecta | Hemiptera | Leptoglossus occidentalis |
Animalia | Insecta | Hemiptera | Lygaeus eguestris |
Animalia | Insecta | Hemiptera | Macrolophus |
Animalia | Insecta | Hemiptera | Mysus ascalonicus |
Animalia | Insecta | Hemiptera | Orthops |
Animalia | Insecta | Hemiptera | Parthenolecanium corni |
Animalia | Insecta | Hemiptera | Phenacoccus aceris |
Animalia | Insecta | Hemiptera | Phenacoccus sp Marsannay |
Animalia | Insecta | Hemiptera | Phloeomyzus passerinii |
Animalia | Insecta | Hemiptera | Planococcus citri |
Animalia | Insecta | Hemiptera | Pseudococcus comstocki |
Animalia | Insecta | Hemiptera | Scaphoideus titanus |
Animalia | Insecta | Hemiptera | Acromyrmex octospinosus |
Animalia | Insecta | Hymenoptera | Anthophora plumipes |
Animalia | Insecta | Hymenoptera | Aphidius ervi |
Animalia | Insecta | Hymenoptera | Ascogaster quadridentata |
Animalia | Insecta | Hymenoptera | Baryscapus servadeii |
Animalia | Insecta | Hymenoptera | Blastophaga psenes |
Animalia | Insecta | Hymenoptera | Cataglyphis hispanica |
Animalia | Insecta | Hymenoptera | Cataglyphis niger |
Animalia | Insecta | Hymenoptera | Diaeretiella rapae |
Animalia | Insecta | Hymenoptera | Habrobracon hebetor |
Animalia | Insecta | Hymenoptera | Hyposoter didymator |
Animalia | Insecta | Hymenoptera | Lasius niger |
Animalia | Insecta | Hymenoptera | Macrocentrus cingulum |
Animalia | Insecta | Hymenoptera | Mastrus |
Animalia | Insecta | Hymenoptera | Megastigmus aculeatus |
Animalia | Insecta | Hymenoptera | Odontomachus hastatus |
Animalia | Insecta | Hymenoptera | Perilampus tristis |
Animalia | Insecta | Hymenoptera | Peristenus digoneutis |
Animalia | Insecta | Hymenoptera | Pristomerus vulnerator |
Animalia | Insecta | Hymenoptera | Pseudaphycus flavidulus |
Animalia | Insecta | Hymenoptera | Tapinoma |
Animalia | Insecta | Hymenoptera | Tapinoma minutum |
Animalia | Insecta | Hymenoptera | Tersilochus heterocerus |
Animalia | Insecta | Hymenoptera | Tetraponera aethiops |
Animalia | Insecta | Hymenoptera | Trichogramma |
Animalia | Insecta | Hymenoptera | Trichogramma chilonis |
Animalia | Insecta | Hymenoptera | Trichogramma evanescens |
Animalia | Insecta | Hymenoptera | Trichomma enecator |
Animalia | Insecta | Hymenoptera | Trissolcus halyomorphae |
Animalia | Insecta | Hymenoptera | Wasmannia auropunctata |
Animalia | Insecta | Hymenoptera | Brenthis ino |
Animalia | Insecta | Lepidoptera | Cameraria ohridella |
Animalia | Insecta | Lepidoptera | Cydalima perspectalis |
Animalia | Insecta | Lepidoptera | Cydia molesta |
Animalia | Insecta | Lepidoptera | Cydia pomonella |
Animalia | Insecta | Lepidoptera | Heliocheilus albipunctella |
Animalia | Insecta | Lepidoptera | Ostrinia nubilalis |
Animalia | Insecta | Lepidoptera | Ostrinia scapulalis |
Animalia | Insecta | Lepidoptera | Parnassius apollo |
Animalia | Insecta | Lepidoptera | Polyommatus icarus |
Animalia | Insecta | Lepidoptera | Sesamia nonagrioides |
Animalia | Insecta | Lepidoptera | Spodoptera frugiperda |
Animalia | Insecta | Lepidoptera | Tuta absoluta |
Animalia | Insecta | Lepidoptera | Mantis religiosa |
Animalia | Insecta | Mantodea | Agnotecous |
Animalia | Insecta | Orthoptera | Caelifera |
Animalia | Insecta | Orthoptera | Chorthippus binotatus |
Animalia | Insecta | Orthoptera | Ephippiger ephippiger |
Animalia | Insecta | Orthoptera | Omocestus femoralis |
Animalia | Insecta | Orthoptera | Pholidoptera transsylvanica |
Animalia | Insecta | Orthoptera | Bacillus |
Animalia | Insecta | Phasmida | Myrsidea nesomimi |
Animalia | Insecta | Phthiraptera | Polyplax serrata |
Animalia | Insecta | Phthiraptera | Stylopys melittae |
Animalia | Insecta | Strepsiptera | Gammarus |
Animalia | Malacostraca | Amphipoda | Niphargus kochianus |
Animalia | Malacostraca | Amphipoda | Astacus leptodactylus |
Animalia | Malacostraca | Decapoda | Hemigrapsus sanguineus |
Animalia | Malacostraca | Decapoda | Hemigrapsus takonoi |
Animalia | Malacostraca | Decapoda | Macrobrachium faustinum |
Animalia | Malacostraca | Decapoda | Pachygrapsus marmoratus |
Animalia | Malacostraca | Decapoda | Panulirus guttatus |
Animalia | Malacostraca | Decapoda | Armadillidium nasatum |
Animalia | Malacostraca | Isopoda | Armadillidium vulgare |
Animalia | Malacostraca | Isopoda | Jaera albifrons |
Animalia | Malacostraca | Isopoda | Porcellio dilatatus |
Animalia | Malacostraca | Isopoda | Porcellionides pruinosus |
Animalia | Malacostraca | Isopoda | Martes foina |
Animalia | Mammalia | Carnivora | Mungos |
Animalia | Mammalia | Carnivora | Urva auropunctata |
Animalia | Mammalia | Carnivora | Tursiops truncatus |
Animalia | Mammalia | Cetacea | Balaenoptera physalus |
Animalia | Mammalia | Cetartiodactyla | Hippotragus niger |
Animalia | Mammalia | Cetartiodactyla | Anoura geoffroyi |
Animalia | Mammalia | Chiroptera | Mormopterus francoismoutoui |
Animalia | Mammalia | Chiroptera | Pteronotus parnelii |
Animalia | Mammalia | Chiroptera | Lepus capensis |
Animalia | Mammalia | Lagomorpha | Lepus europaeus |
Animalia | Mammalia | Lagomorpha | Elephantulus myurus |
Animalia | Mammalia | Macroscelidea | Rhynchocyon petersi |
Animalia | Mammalia | Macroscelidea | Mandrillus sphinx |
Animalia | Mammalia | Primates | Microcebus |
Animalia | Mammalia | Primates | Elephas lounesensis |
Animalia | Mammalia | Proboscidea | Acomys cilicicus |
Animalia | Mammalia | Rodentia | Bandicota savilei |
Animalia | Mammalia | Rodentia | Eliomys |
Animalia | Mammalia | Rodentia | Georychus capensis |
Animalia | Mammalia | Rodentia | Gerbilliscus leucogaster |
Animalia | Mammalia | Rodentia | Micromys minutus |
Animalia | Mammalia | Rodentia | Mus spretus |
Animalia | Mammalia | Rodentia | Nannospalax montanosyrmiensis |
Animalia | Mammalia | Rodentia | Otomys |
Animalia | Mammalia | Rodentia | Rattus exulans |
Animalia | Mammalia | Rodentia | Rattus tanezumi |
Animalia | Mammalia | Rodentia | Rhabdomys |
Animalia | Mammalia | Rodentia | Sicista subtilis |
Animalia | Mammalia | Rodentia | Ophiocoma dentata |
Animalia | Ophiuroidea | Ophiurida | Acanthodactylus aureus |
Animalia | Reptilia | Squamata | Agama boulengeri |
Animalia | Reptilia | Squamata | Anguis |
Animalia | Reptilia | Squamata | Archaeolacerta |
Animalia | Reptilia | Squamata | Bothrops marmoratus |
Animalia | Reptilia | Squamata | Bothrops matogrossensis |
Animalia | Reptilia | Squamata | Bothrops pauloensis |
Animalia | Reptilia | Squamata | Podarcis siculus |
Animalia | Reptilia | Squamata | Podarcis tiliguerta |
Animalia | Reptilia | Squamata | Chelydra serpentina |
Animalia | Reptilia | Testudines | Testudo hermanni |
Animalia | Reptilia | Testudines | Bursaphelenchus xylophilus |
Animalia | Secernentea | Aphelenchida | Aspiculuris |
Animalia | Secernentea | Oxyurida | Steinernema affine |
Animalia | Secernentea | Rhabditida | Ashworthius sidemi |
Animalia | Secernentea | Strongylida | Spiculopteragia spiculoptera |
Animalia | Secernentea | Strongylida | Heterodera schachtii |
Animalia | Secernentea | Tylenchida | Meloidogyne chitwoodi |
Animalia | Secernentea | Tylenchida | Meloidogyne fallax |
Animalia | Secernentea | Tylenchida | Fascioloides |
Animalia | Trematoda | Echinostomida | Diplostomum baeri |
Animalia | Trematoda | Strigeidida | Alexandrium catenella |
Chromista | Dinophyceae | Gonyaulacales | Alexandrium tamarense |
Chromista | Dinophyceae | Gonyaulacales | Bremia lactucae |
Chromista | Peronosporea | Peronosporales | Phytophthora alni subsp multiformis |
Chromista | Peronosporea | Peronosporales | Phytophthora alni subsp uniformis |
Chromista | Peronosporea | Peronosporales | Phytophthora megakarya |
Chromista | Peronosporea | Peronosporales | Phytophthora palmivora |
Chromista | Peronosporea | Peronosporales | Plasmopara halstedii |
Chromista | Peronosporea | Peronosporales | Plasmopara viticola |
Chromista | Peronosporea | Peronosporales | Sargassium |
Chromista | Phaeophyceae | Fucales | Sargassum muticum |
Chromista | Phaeophyceae | Fucales | Sargassum polycystum |
Chromista | Phaeophyceae | Fucales | Agaricus subrufescens |
Fungi | Agaricomycetes | Agaricales | Amanita caesarea |
Fungi | Agaricomycetes | Agaricales | Diplodia pinea |
Fungi | Dothideomycetes | Botryosphaeriales | Microcyclus ulei |
Fungi | Dothideomycetes | Botryosphaeriales | Mycosphaerella pinodes |
Fungi | Dothideomycetes | Capnodiales | Ampelomyces quisqualis |
Fungi | Dothideomycetes | Pleosporales | Chaetothyriale CTeY2 |
Fungi | Eurotiomycetes | Chaetothyriales | Chaetothyriale Pet3S2a |
Fungi | Eurotiomycetes | Chaetothyriales | Erysiphe alphitoides |
Fungi | Leotiomycetes | Erysiphales | Erysiphe necator |
Fungi | Leotiomycetes | Erysiphales | Chalara fraxinea |
Fungi | Leotiomycetes | Helotiales | Lamproderma |
Fungi | Myxomycetes | Stemonitales | Aphanomyces euteiches |
Fungi | Oomycetes | Saprolegniales | Morchella conica |
Fungi | Pezizomycetes | Pezizales | Metschnikowia gruessii |
Fungi | Saccharomycetes | Saccharomycetales | Colletotrichum kahawae |
Fungi | Sordariomycetes | Glomerellales | Beauveria |
Fungi | Sordariomycetes | Hypocreales | Fusarium xylarioides |
Fungi | Sordariomycetes | Hypocreales | Microdochium dimerum |
Fungi | Sordariomycetes | Xylariales | Amphibolis antarctica |
Plantae | Equisetopsida | Alismatales | Cymodocea rotundata |
Plantae | Equisetopsida | Alismatales | Elodea nuttallii |
Plantae | Equisetopsida | Alismatales | Halodule uninervis |
Plantae | Equisetopsida | Alismatales | Halodule wrightii |
Plantae | Equisetopsida | Alismatales | Halophila ovalis |
Plantae | Equisetopsida | Alismatales | Posidonia sinusoa |
Plantae | Equisetopsida | Alismatales | Ruppia maritima |
Plantae | Equisetopsida | Alismatales | Ruppia tuberosa |
Plantae | Equisetopsida | Alismatales | Syringodium filiforme |
Plantae | Equisetopsida | Alismatales | Syringodium isoetifolium |
Plantae | Equisetopsida | Alismatales | Thalassia hemprichii |
Plantae | Equisetopsida | Alismatales | Thalassia testudinum |
Plantae | Equisetopsida | Alismatales | Tofieldia |
Plantae | Equisetopsida | Alismatales | Zostera muelleri |
Plantae | Equisetopsida | Alismatales | Crithmum maritimum |
Plantae | Equisetopsida | Apiales | Daucus carota |
Plantae | Equisetopsida | Apiales | Eryngium viviparum |
Plantae | Equisetopsida | Apiales | Heracleum persicum |
Plantae | Equisetopsida | Apiales | Kelussia odoratissima |
Plantae | Equisetopsida | Apiales | Oenanthe aquatica |
Plantae | Equisetopsida | Apiales | Chamaerops humilis |
Plantae | Equisetopsida | Arecales | Allium cepa |
Plantae | Equisetopsida | Asparagales | Cephalanthera damasonium |
Plantae | Equisetopsida | Asparagales | Gladiolus palustris Gaudin |
Plantae | Equisetopsida | Asparagales | Iris chamaeiris |
Plantae | Equisetopsida | Asparagales | Nerine humilis |
Plantae | Equisetopsida | Asparagales | Ophrys |
Plantae | Equisetopsida | Asparagales | Ambrosia artemisiifolia |
Plantae | Equisetopsida | Asterales | Ambrosia trifida |
Plantae | Equisetopsida | Asterales | Campanula glomerata |
Plantae | Equisetopsida | Asterales | Filago carpetana/gaditana |
Plantae | Equisetopsida | Asterales | Leibnitzia anandria |
Plantae | Equisetopsida | Asterales | Sonchus fragilis |
Plantae | Equisetopsida | Asterales | Taraxacum kok-saghyz |
Plantae | Equisetopsida | Asterales | Capsella bursa-pastoris |
Plantae | Equisetopsida | Brassicales | Subularia aquatica |
Plantae | Equisetopsida | Brassicales | Bryum pseudotriquetrum |
Plantae | Equisetopsida | Bryales | Armeria maritima |
Plantae | Equisetopsida | Caryophyllales | Atriplex tatarica |
Plantae | Equisetopsida | Caryophyllales | Dianthus deltoides |
Plantae | Equisetopsida | Caryophyllales | Drosera |
Plantae | Equisetopsida | Caryophyllales | Lyallia kerguelensis |
Plantae | Equisetopsida | Caryophyllales | Minuartia |
Plantae | Equisetopsida | Caryophyllales | Rumex alpinus |
Plantae | Equisetopsida | Caryophyllales | Silene dioica |
Plantae | Equisetopsida | Caryophyllales | Silene nutans |
Plantae | Equisetopsida | Caryophyllales | Silene vulgaris |
Plantae | Equisetopsida | Caryophyllales | Juniperus |
Plantae | Equisetopsida | Cupressales | Juniperus oxycedrus |
Plantae | Equisetopsida | Cupressales | Juniperus phoenicea |
Plantae | Equisetopsida | Cupressales | Juniperus thurifera |
Plantae | Equisetopsida | Cupressales | Thuja occidentalis |
Plantae | Equisetopsida | Cupressales | Dicranum frutescens |
Plantae | Equisetopsida | Dicranales | Lonicera implexa |
Plantae | Equisetopsida | Dipsacales | Valeriana microphylla |
Plantae | Equisetopsida | Dipsacales | Ephedra fragilis |
Plantae | Equisetopsida | Ephedrales | Androsace septentrionalis |
Plantae | Equisetopsida | Ericales | Cariniana pyriformis |
Plantae | Equisetopsida | Ericales | Diospyros crassifolia |
Plantae | Equisetopsida | Ericales | Primula vulgaris |
Plantae | Equisetopsida | Ericales | Rhododendron ferrugineum |
Plantae | Equisetopsida | Ericales | Acacia gerrardii |
Plantae | Equisetopsida | Fabales | Acacia harpophylla |
Plantae | Equisetopsida | Fabales | Acacia puece |
Plantae | Equisetopsida | Fabales | Anthyllis vulneraria |
Plantae | Equisetopsida | Fabales | Lupinus polyphyllus |
Plantae | Equisetopsida | Fabales | Oxytropis almaatensis |
Plantae | Equisetopsida | Fabales | Vicia |
Plantae | Equisetopsida | Fabales | Vicia ervilia |
Plantae | Equisetopsida | Fabales | Alnus glutinosa |
Plantae | Equisetopsida | Flagales | Gentianella bohemica |
Plantae | Equisetopsida | Gentianales | Nauclea diderrichii |
Plantae | Equisetopsida | Gentianales | Vincetoxicum hirundinaria |
Plantae | Equisetopsida | Gentianales | Erodium cicutarium |
Plantae | Equisetopsida | Geraniales | Geranium robertianum |
Plantae | Equisetopsida | Geraniales | Antirrhinum majus |
Plantae | Equisetopsida | Lamiales | Hemimeris |
Plantae | Equisetopsida | Lamiales | Lamium amplexicaule |
Plantae | Equisetopsida | Lamiales | Ligustrum |
Plantae | Equisetopsida | Lamiales | Linaria |
Plantae | Equisetopsida | Lamiales | Linaria accitensis/aeruginea |
Plantae | Equisetopsida | Lamiales | Littorella |
Plantae | Equisetopsida | Lamiales | Lycopus europaeus |
Plantae | Equisetopsida | Lamiales | Ocimum basilicum |
Plantae | Equisetopsida | Lamiales | Odontites viscosus |
Plantae | Equisetopsida | Lamiales | Orobanche ramosa type C |
Plantae | Equisetopsida | Lamiales | Orobanche ramosa type T |
Plantae | Equisetopsida | Lamiales | Satureja |
Plantae | Equisetopsida | Lamiales | Thymus vulgaris |
Plantae | Equisetopsida | Lamiales | Barteria fistulosa |
Plantae | Equisetopsida | Malpighiales | Irvingia gabonensis |
Plantae | Equisetopsida | Malpighiales | Linum |
Plantae | Equisetopsida | Malpighiales | Mercurialis annua |
Plantae | Equisetopsida | Malpighiales | Viola arvensis |
Plantae | Equisetopsida | Malpighiales | Viola calaminaria |
Plantae | Equisetopsida | Malpighiales | Viola cazorlensis |
Plantae | Equisetopsida | Malpighiales | Viola tricolor ssp curtisii |
Plantae | Equisetopsida | Malpighiales | Helianthemum |
Plantae | Equisetopsida | Malvales | Helianthemum squamatum |
Plantae | Equisetopsida | Malvales | Tilia mexicana |
Plantae | Equisetopsida | Malvales | Epilobium hirsutum |
Plantae | Equisetopsida | Myrtales | Laguncularia racemosa |
Plantae | Equisetopsida | Myrtales | Oxalis pes-caprae |
Plantae | Equisetopsida | Oxalidales | Abies alba |
Plantae | Equisetopsida | Pinales | Cedrus atlantica |
Plantae | Equisetopsida | Pinales | Larix decidua |
Plantae | Equisetopsida | Pinales | Pinus nigra |
Plantae | Equisetopsida | Pinales | Pseudotsuga menziesii |
Plantae | Equisetopsida | Pinales | Alopecurus myosuroides |
Plantae | Equisetopsida | Poales | Festuca eskia |
Plantae | Equisetopsida | Poales | Spartina |
Plantae | Equisetopsida | Poales | Oligotichum hercynicum |
Plantae | Equisetopsida | Polytrichales | Leucadendron coniferum |
Plantae | Equisetopsida | Proteales | Helleborus foetidus |
Plantae | Equisetopsida | Ranunculales | Papaver rhoeas |
Plantae | Equisetopsida | Ranunculales | Ficus capensis |
Plantae | Equisetopsida | Rosales | Ficus carica |
Plantae | Equisetopsida | Rosales | Ficus nitida |
Plantae | Equisetopsida | Rosales | Ficus reflexa |
Plantae | Equisetopsida | Rosales | Ficus vogelli |
Plantae | Equisetopsida | Rosales | Pariaetaria judaica |
Plantae | Equisetopsida | Rosales | Santiria |
Plantae | Equisetopsida | Sapindales | Solanum elaeagnifolium |
Plantae | Equisetopsida | Solanales | Welwitschia mirabilis |
Plantae | Equisetopsida | Welwitschiales | Maranta |
Plantae | Equisetopsida | Zingiberales | Musa bukensis |
Plantae | Equisetopsida | Zingiberales | Vandenboschia speciosa |
Plantae | Filicopsida | Hymenophyllales | Noccaea caerulescens |
Plantae | Magnoliopsida | Capparales | Lysimachia arvensis |
Plantae | Magnoliopsida | Primulales | Tubifera ferruginosa |
Protozoa | Myxogastrea | Liceida | Trichia varia |
Protozoa | Myxogastrea | Trichiida | Plasmodiophora brassicae |
Protozoa | Phytomyxea | Plasmodiophorida | Acipenser gueldenstaedtii |
Identification et génotypage
L’identification et le génotypage sont essentiels à la découverte de variations génétiques, notamment dans le cadre de l’étude des populations et des pathologies.
Ces analyses sont précieuses dans de nombreuses problématiques scientifiques :
- Traçabilité alimentaire
- Recherche et validation de biomarqueurs (dépistage et diagnostics, génomique fonctionnelle, modèles de prédiction du trait)
- Étude de la diversité génétique et l'évolution (phylogénie, etc.)
- Identification d'individus (criminels, corps) ou de liens entre individus (test de paternité).
- Sélection génomique (agriculture, élevage)
Génotypage
Vous cherchez à déterminer l’identité d’une variation génétique à une position spécifique ou sur l’ensemble d’un génome, pour un individu ou pour toute une population, GenoScreen vous accompagne et s’engage à trouver avec vous la meilleure solution pour mener à bien votre projet.
Le génotypage Microsatellites SSR (simple sequence repeats)
Sur le génome, il existe des séquences constituées d'unités répétées de 1 à 4 nucléotides appelées microsatellites. Les plus courants sont (A)n, (TC)n, (TAT)n et (GATA)n, les valeurs de n pouvant aller de quelques unités à plusieurs dizaines. On parle de séquences répétées en tandem ou SSR (Simple Sequence Repeats). L'intérêt de ces microsatellites réside dans leur polymorphisme. Celui-ci repose sur la variation du nombre d'unités de répétition, constituant le microsatellite.
Le génotypage de SNP (Single Nucleotide Polymorphisms)
Cette technique repose sur la variation d’une seule paire de nucléotide à une position donnée. Les SNP sont des outils permettant d'identifier des génotypes (reconnaître des personnes, par exemple), à partir d'échantillons de matière organique, ou permettant de contribuer à la construction d'arbres généalogiques d'êtres vivants ou d'espèces.
Selon le nombre de SNP étudié et le nombre d’échantillons, nous pouvons vous proposer plusieurs approches (Taqman/KASPar, Fluidigm, SANGER)