GenoScreen vous propose de caractériser plus précisément vos microorganismes (caractérisation de la sous-espèce ou de la souche) à l’aide de méthodes de biologie moléculaire standardisées et validées de type MLST ou MLVA (dont MIRU-VNTR)

MultiLocus Sequencing Typing (MLST)

Le typage par séquençage MLST (MultiLocus Sequencing Typing) est la technique de référence pour discriminer différentes souches. Cette méthode est basée sur le séquençage de « gènes de ménage » (house-keeping genes) codant pour des protéines essentielles de la bactérie. Ces séquences ont la particularité de présenter un polymorphisme stable dans le temps et suffisant pour distinguer des souches entre elles.

Cette méthode permet la caractérisation d’un microorganisme dont le genre (ou l’espèce) est connue, pour identifier l’espèce (ou la sous-espèce) grâce au séquençage de 7 gènes de ménage.

Le MLST par GenoScreen

L’offre de service MLST de GenoScreen est une offre complète réalisée à partir d’ADN extrait ou de thermolysat. Elle intègre la réalisation des PCRs, le séquençage sur séquenceur capillaire, l’analyse des séquences et l’assignation de la souche.

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Règne / KingdomClasse / ClassOrdre / OrderEspèce / Species
AnimaliaMyxozoaMultivalvulidaKudoa septempunctata
AnimaliaRhabditophoraPlagiorchiidaClonorchis sinensis
BacteriaActinobacteriaActinomycetalesCorynebacterium diphtheriae
BacteriaActinobacteriaActinomycetalesCutibacterium acnes
BacteriaActinobacteriaActinomycetalesMycobacterium abscessus complex
BacteriaActinobacteriaActinomycetalesMycobacterium spp.
BacteriaActinobacteriaActinomycetalesRhodococcus equi
BacteriaActinobacteriaActinomycetalesStreptomyces spp.
BacteriaAlpha ProteobacteriaRhizobialesBartonella bacilliformis
BacteriaAlpha ProteobacteriaRhizobialesBartonella henselae
BacteriaAlpha ProteobacteriaRhizobialesBartonella washoensis
BacteriaAlpha ProteobacteriaRhizobialesBrucella spp.
BacteriaAlpha ProteobacteriaRhizobialesCandidatus Liberibacter solanacearum
BacteriaAlpha ProteobacteriaRhizobialesSinorhizobium spp.
BacteriaAlpha ProteobacteriaRickettsialesAnaplasma phagocytophilum
BacteriaAlpha ProteobacteriaRickettsialesOrientia tsutsugamushi
BacteriaAlpha ProteobacteriaRickettsialesWolbachia spp.
BacteriaBacilliBacillalesBacillus cereus
BacteriaBacilliBacillalesBacillus licheniformis
BacteriaBacilliBacillalesBacillus subtilis
BacteriaBacilliBacillalesMacrococcus canis
BacteriaBacilliBacillalesMacrococcus caseolyticus
BacteriaBacilliBacillalesPaenibacillus larvae
BacteriaBacilliBacillalesStaphylococcus aureus
BacteriaBacilliBacillalesStaphylococcus epidermidis
BacteriaBacilliBacillalesStaphylococcus haemolyticus
BacteriaBacilliBacillalesStaphylococcus hominis
BacteriaBacilliBacillalesStaphylococcus pseudintermedius
BacteriaBacilliLactobacillalesCarnobacterium maltaromaticum
BacteriaBacilliLactobacillalesEnterococcus faecalis
BacteriaBacilliLactobacillalesEnterococcus faecium
BacteriaBacilliLactobacillalesLactobacillus salivarius
BacteriaBacilliLactobacillalesMelissococcus plutonius
BacteriaBacilliLactobacillalesPediococcus pentosaceus
BacteriaBacilliLactobacillalesStreptococcus agalactiae
BacteriaBacilliLactobacillalesStreptococcus anginosus
BacteriaBacilliLactobacillalesStreptococcus bovis complex
BacteriaBacilliLactobacillalesStreptococcus canis
BacteriaBacilliLactobacillalesStreptococcus dysgalactiae
BacteriaBacilliLactobacillalesStreptococcus equinus complex
BacteriaBacilliLactobacillalesStreptococcus faecalis
BacteriaBacilliLactobacillalesStreptococcus gallolyticus
BacteriaBacilliLactobacillalesStreptococcus gordonii
BacteriaBacilliLactobacillalesStreptococcus mitis
BacteriaBacilliLactobacillalesStreptococcus mutans
BacteriaBacilliLactobacillalesStreptococcus oralis
BacteriaBacilliLactobacillalesStreptococcus pneumoniae
BacteriaBacilliLactobacillalesStreptococcus pyogenes
BacteriaBacilliLactobacillalesStreptococcus salivarius
BacteriaBacilliLactobacillalesStreptococcus suis
BacteriaBacilliLactobacillalesStreptococcus thermophilus
BacteriaBacilliLactobacillalesStreptococcus uberis
BacteriaBacilliLactobacillalesStreptococcus viridans
BacteriaBacilliLactobacillalesStreptococcus zooepidemicus
BacteriaBacteroidetesPorphyromonadaceaePorphyromonas gingivalis
BacteriaBeta ProteobacteriaBurkholderialesAchromobacter
BacteriaBeta ProteobacteriaBurkholderialesBordetella spp.
BacteriaBeta ProteobacteriaBurkholderialesBurkholderia cepacia complex
BacteriaBeta ProteobacteriaBurkholderialesBurkholderia pseudomallei
BacteriaBeta ProteobacteriaBurkholderialesTaylorella spp.
BacteriaBeta ProteobacteriaNeisserialesNeisseria spp.
BacteriaChlamydiaeChlamydialesChlamydiales spp.
BacteriaClostridiaClostridialesClostridioides difficile
BacteriaClostridiaClostridialesClostridium botulinum
BacteriaClostridiaClostridialesClostridium septicum
BacteriaEpsilon ProteobacteriaCampylobacteralesArcobacter spp.
BacteriaEpsilon ProteobacteriaCampylobacteralesCampylobacter spp.
BacteriaEpsilon ProteobacteriaCampylobacteralesHelicobacter cinaedi
BacteriaEpsilon ProteobacteriaCampylobacteralesHelicobacter pylori
BacteriaEpsilon ProteobacteriaCampylobacteralesHelicobacter suis
BacteriaFlavobacteriaFlavobacterialesFlavobacterium psychrophilum
BacteriaFlavobacteriaFlavobacterialesOrnithobacterium rhinotracheale
BacteriaFlavobacteriaFlavobacterialesRiemerella anatipestifer
BacteriaFlavobacteriaFlavobacterialesTenacibaculum spp.
BacteriaGamma ProteobacteriaAeromonadalesAeromonas spp.
BacteriaGamma ProteobacteriaCardiobacterialesDichelobacter nodosus
BacteriaGamma ProteobacteriaEnterobacterialesCitrobacter freundii
BacteriaGamma ProteobacteriaEnterobacterialesCronobacter spp.
BacteriaGamma ProteobacteriaEnterobacterialesEdwardsiella spp.
BacteriaGamma ProteobacteriaEnterobacterialesEnterobacter cloacae
BacteriaGamma ProteobacteriaEnterobacterialesEscherichia spp.
BacteriaGamma ProteobacteriaEnterobacterialesKlebsiella aerogenes
BacteriaGamma ProteobacteriaEnterobacterialesklebsiella michiganensis
BacteriaGamma ProteobacteriaEnterobacterialesKlebsiella oxytoca
BacteriaGamma ProteobacteriaEnterobacterialesSalmonella spp.
BacteriaGamma ProteobacteriaEnterobacterialesYersinia pseudotuberculosis
BacteriaGamma ProteobacteriaEnterobacterialesYersinia ruckeri
BacteriaGamma ProteobacteriaEnterobacterialesYersinia spp.
BacteriaGamma ProteobacteriaPasteurellalesGallibacterium anatis
BacteriaGamma ProteobacteriaPasteurellalesHaemophilus influenzae
BacteriaGamma ProteobacteriaPasteurellalesHaemophilus parasuis
BacteriaGamma ProteobacteriaPasteurellalesMannheimia haemolytica
BacteriaGamma ProteobacteriaPasteurellalesPasteurella multocida
BacteriaGamma ProteobacteriaPseudomonadalesAcinetobacter baumannii
BacteriaGamma ProteobacteriaPseudomonadalesMoraxella catarrhalis
BacteriaGamma ProteobacteriaPseudomonadalesPseudomonas aeruginosa
BacteriaGamma ProteobacteriaPseudomonadalesPseudomonas fluorescens
BacteriaGamma ProteobacteriaPseudomonadalesPseudomonas putida
BacteriaGamma ProteobacteriaThiotrichalesPiscirickettsia salmonis
BacteriaGamma ProteobacteriaVibrionalesPhotobacterium damselae
BacteriaGamma ProteobacteriaVibrionalesVibrio cholerae
BacteriaGamma ProteobacteriaVibrionalesVibrio parahaemolyticus
BacteriaGamma ProteobacteriaVibrionalesVibrio spp.
BacteriaGamma ProteobacteriaVibrionalesVibrio tapetis
BacteriaGamma ProteobacteriaVibrionalesVibrio vulnificus
BacteriaGamma ProteobacteriaXanthomonadalesStenotrophomonas maltophilia
BacteriaGamma ProteobacteriaXanthomonadalesXylella fastidiosa
BacteriaMollicutesMycoplasmatalesMycoplasma agalactiae
BacteriaMollicutesMycoplasmatalesMycoplasma bovis
BacteriaMollicutesMycoplasmatalesMycoplasma flocculare
BacteriaMollicutesMycoplasmatalesMycoplasma hominis
BacteriaMollicutesMycoplasmatalesMycoplasma hyopneumoniae
BacteriaMollicutesMycoplasmatalesMycoplasma hyorhinis
BacteriaMollicutesMycoplasmatalesMycoplasma iowae
BacteriaMollicutesMycoplasmatalesMycoplasma pneumoniae
BacteriaMollicutesMycoplasmatalesMycoplasma synoviae
BacteriaMollicutesMycoplasmatalesUreaplasma spp.
BacteriaSpirochaetesBrachyspiralesBrachyspira spp.
BacteriaSpirochaetesLeptospiralesLeptospira spp.
BacteriaSpirochaetesSpirochaetalesBorrelia spp.
BacteriaSpirochaetesSpirochaetalesTreponema pallidum subsp. pallidum
ChromistaOomycotaSaprolegnialesSaprolegnia parasitica
ExcavataParabasaliaTrichomonadidaTrichomonas vaginalis
FungiBlastocystaeBlastocystidaBlastocystis sp.
FungiEurotiomycetesEurotialesAspergillus fumigatus
FungiSaccharomycetesSaccharomycetalesCandida albicans
FungiSaccharomycetesSaccharomycetalesCandida glabrata
FungiSaccharomycetesSaccharomycetalesCandida krusei

Multiple Loci VNTR Analysis (MLVA)

Le MLVA (Multiple Loci VNTR Analysis) est une méthode d’analyse génétique du polymorphisme des motifs VNTR (Variable Number of Tandem Repeats) basée sur leur dénombrement. Lors d’une première étape, chaque locus VNTR ciblé est amplifié par PCR avec des amorces spécifiques des régions flanquantes. Les fragments obtenus sont ensuite séparés en fonction de leur taille par électrophorèse sur séquenceur capillaire. Le génotypage de chaque locus et la compilation des résultats obtenus pour chaque échantillon permet d’assigner à la souche un code numérique spécifique à une sous-espèce.  

La méthode MLVA permet la caractérisation d’un microorganisme dont l’espèce est connue, pour identifier, a minima, la sous-espèce grâce au typage d’allèles et comparaison aux banques de données MLVA. Cette méthode ne nécessite pas d’étape de séquençage ADN et est plus discriminante que la méthode MLST. Elle permet ainsi de différencier des sous-espèces proches (espèces clonales).

Le MLVA par GenoScreen

L’offre de service MLVA de GenoScreen est une offre complète réalisée à partir d’ADN extrait ou de thermolysat. Elle intègre la réalisation des PCRs, l’électrophorèse sur séquenceur capillaire, l’analyse des données obtenues et l’assignation de la souche.

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Règne / KingdomClasse / ClassOrdre / OrderEspèce / Species
BacteriaActinobacteriaActinomycetalesMycobacterium tuberculosis
BacteriaActinobacteriaActinomycetalesMycobacterium bovis
BacteriaActinobacteriaActinomycetalesMycobacterium avium
BacteriaGamma ProteobacteriaThiotrichalesFrancisella tularensis

L'analyse peut être réalisée sur la base d’un schéma de typage personnalisé selon vos besoins, en lien avec les données disponibles pour votre espèce.

MIRU-VNTR : la solution MLVA pour le typage de Mycobacterium tuberculosis

La solution MIRU-VNTR développée par nos équipes est utilisée par de nombreux centres de soins et équipes de recherche sous forme de kit ou de prestation de service. GenoScreen est le leader mondial pour le génotypage des souches du complexe Mycobacterium tuberculosis, agent responsable de la tuberculose

Découvrez nos solutions MIRU-VNTR

L’offre GenoScreen

GenoScreen propose des analyses pouvant porter sur le génome entier, afin de repérer des associations inconnues génotype-phénotype ou sur des variations génétiques déjà connues.

Cette technique repose sur la variation d’une seule paire de nucléotide à une position donnée. Les SNP sont des outils permettant d'identifier des génotypes (reconnaître des personnes, par exemple), à partir d'échantillons de matière organique, ou permettant de contribuer à la construction d'arbres généalogiques d'êtres vivants ou d'espèces.

Selon le nombre de SNP étudié et le nombre d’échantillons, GenoScreen développe des approches complémentaires et adaptés à chaque objectif (Taqman/KASPar, Fluidigm, SANGER) :

  • NGS, pour les études pan-génome, (étude de populations ou d’associations, sélection génomique)
  • Fluidigm Biomark, NGS et microarrays pour les génotypages d’un gène (régions candidates)
  • PCR en temps réel, séquençage Sanger pour l’analyse des SNP individuels spécifiques (pharmacogénétique, diagnostics)

Dans le cas de découverte de nouveaux SNP, GenoScreen propose des approches RAD-Seq. Cette technologie réduit la complexité des analyses et interroger une fraction (0,1 à 10%) d'un génome sélectionné pour découvrir de nouveaux marqueurs génétiques et/ou génotypiques.

L'analyse des données de séquences haut débit permettent d'identifier une grande quantité de variants génétiques (comme les SNPs).

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Ce type de génotypage s’appuie sur le polymorphisme des microsatellites présents dans le génome.

L’offre GenoScreen

Geno Sat® est une solution standardisée pour tout type d’espèce eucaryote, simple et modulable pour :

  • la production de banques de microsatellites par séquençage haut débit,
  • le développement de marqueurs polymorphes d’intérêt
  • le génotypage de populations

Depuis 2009, notre solution a déjà été utilisée sur plus de 500 espèces différentes dans le cadre d’études phylogéniques, d’analyses de biodiversité ou de programmes de conservation.

 

Geno Sat®

À partir d’1 µg d’ADN génomique, et en s’appuyant sur la technologie de séquençage haut débit Illumina MiSeq, GenoSat® permet d’obtenir dans un délai de 2 mois des couples d’amorces validés bioinformatiquement encadrant les microsatellites identifiés pour vos espèces.

 

Geno Sat® pack

Cette solution modulable vous permet à la fois de valider biologiquement un lot de couples d’amorces (après validation in silico), et d’étudier le polymorphisme des couples amplifiés avec succès.

 

Geno Sat® pack +

La solution Geno Sat® pack + est notre offre la plus complète permettant l’optimisation de multiplexes et/ou le génotypage de larges populations à partir des marqueurs microsatellites polymorphes d’intérêt.

 

Geno Sat® à la carte

Nous pouvons aussi réaliser chacune des sous-étapes (validation biologique / étude de polymorphisme / mise au point de multiplexes / génotypage de populations avec ou sans analyse) à la demande, y compris à partir de marqueurs déjà publiés.

Génotypage de microsatellites par GenoScreen

 

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Règne / KingdomClasse / ClassOrdre / OrderEspèce / Species
AnimaliaActinopterygiiAcipenseriformesAcipenser gueldenstaedtii
AnimaliaActinopterygiiAcipenseriformesAcipenser ruthenus
AnimaliaActinopterygiiAcipenseriformesAcipenser stellatus
AnimaliaActinopterygiiAcipenseriformesHuso huso
AnimaliaActinopterygiiAnguilliformesGymnothorax chilospilus
AnimaliaActinopterygiiBatrachoidiformesHalobatrachus didactylus
AnimaliaActinopterygiiCharaciformesBrycon insignis
AnimaliaActinopterygiiClupeiformesEngraulis
AnimaliaActinopterygiiCypriniformesBarbus barbus
AnimaliaActinopterygiiCypriniformesChondrostoma nasus
AnimaliaActinopterygiiCypriniformesChondrostoma toxostoma
AnimaliaActinopterygiiCypriniformesGobio gobio
AnimaliaActinopterygiiCyprinodontiformesAphyosemion bualanum
AnimaliaActinopterygiiCyprinodontiformesChromaphyosemion splendopleure
AnimaliaActinopterygiiPerciformesApogon
AnimaliaActinopterygiiPerciformesBathygobius soporator
AnimaliaActinopterygiiPerciformesCoptodon guineensis
AnimaliaActinopterygiiPerciformesDissostichus eleginoides
AnimaliaActinopterygiiPerciformesEpinephelus marginatus
AnimaliaActinopterygiiPerciformesSalaria fluviatilis
AnimaliaActinopterygiiPerciformesSiganus argenteus
AnimaliaActinopterygiiPerciformesSparisoma viride
AnimaliaActinopterygiiPerciformesSparus aurata
AnimaliaActinopterygiiPerciformesThunnus alalunga
AnimaliaActinopterygiiPerciformesTilapia
AnimaliaActinopterygiiPerciformesTilapia guineensis
AnimaliaActinopterygiiPerciformesTrachurus trecae
AnimaliaActinopterygiiPleuronectiformesPlatichthys
AnimaliaActinopterygiiScorpaeniformesScorpaena porcus
AnimaliaAmphibiaAnuraAgalychnis lemur
AnimaliaAmphibiaAnuraBombina variegata
AnimaliaAmphibiaAnuraBufo bufo
AnimaliaAmphibiaAnuraBufo calamita
AnimaliaAmphibiaAnuraCraugastor crassidigitus
AnimaliaAmphibiaAnuraCraugastor fitzingeri
AnimaliaAmphibiaAnuraDendrobates tinctorius
AnimaliaAmphibiaAnuraHyalinobatrachium valerioi
AnimaliaAmphibiaAnuraXenopus laevis
AnimaliaAmphibiaCaudataNeurergus kaiseri
AnimaliaAmphibiaUrodelaSalamandra lanzai
AnimaliaAmphibiaUrodelaTriturus marmoratus
AnimaliaArachnidaIxodidaDermacentor reticulatus
AnimaliaArachnidaIxodidaHyalomma aegyptium
AnimaliaArachnidaScorpionesOpistophthalmus pallipes
AnimaliaArachnidaTrombidiformesPanonychus ulmi
AnimaliaAscidiaceaPhlebobranchiaCiona intestinalis type A
AnimaliaAscidiaceaPhlebobranchiaCiona intestinalis Type B
AnimaliaAscidiaceaStolidobranchiaBotrylloides digense
AnimaliaAscidiaceaStolidobranchiaPyura herdmani
AnimaliaAscidiaceaStolidobranchiaPyura praeputalis
AnimaliaAscidiaceaStolidobranchiaPyura stolonifera
AnimaliaAvesAccipitriformesCircus pygargus
AnimaliaAvesCharadriiformesLarus
AnimaliaAvesColumbiformesColumba malherbii
AnimaliaAvesFalconiformesPandion haliaetus
AnimaliaAvesPasseriformesEstrilda astrild
AnimaliaAvesPasseriformesLaniarius atrococcineus
AnimaliaAvesProcellariiformesOceanodroma monteiroi
AnimaliaBivalviaCardiidaDonax vittatus
AnimaliaBivalviaCardiidaMonodacna colorata
AnimaliaBivalviaPectinoidaPecten maximus
AnimaliaBivalviaUnionoidaAnodonta woodiana
AnimaliaBivalviaUnionoidaUnio crassus
AnimaliaBivalviaVeneroidaCorbicula fluminea
AnimaliaBivalviaVeneroidaDonacilla cornea
AnimaliaBranchiopodaAnostracaArtemia franciscana
AnimaliaBranchiopodaAnostracaArtemia parthenogenetica
AnimaliaBranchiopodaAnostracaArtemia urmiana
AnimaliaCephalaspidomorphiPetromyzontiformesLampetra planeri
AnimaliaCephalopodaSepiidaSepia officinalis
AnimaliaCestodaCaryophillideaCaryophyllaeus
AnimaliaCestodaPseudophyllideaDiphyllobothrium dentriticum
AnimaliaCestodaPseudophyllideaDiphyllobothrium latum
AnimaliaCestodaPseudophyllideaCarcharhinus leucas
AnimaliaChondrichthyesCarcharhiniformesGaleocerdo cuvier
AnimaliaChondrichthyesCarcharhiniformesCarcharodon carcharias
AnimaliaChondrichthyesLamniformesAmblyraja sp.
AnimaliaChondrichthyesRajiformesBathyraja meridionalis
AnimaliaChondrichthyesRajiformesSquatina squatina
AnimaliaChondrichthyesSquatiniformesAporrectodea giardi
AnimaliaClitellataOpisthoporaAporrectodea icterica
AnimaliaClitellataOpisthoporaLumbricus castaneus
AnimaliaClitellataOpisthoporaLumbricus rubellus
AnimaliaClitellataOpisthoporaLumbricus terrestris
AnimaliaClitellataOpisthoporaCryptopygus antarcticus
AnimaliaEntognathaCollembolaIsotomurus maculatus
AnimaliaEntognathaCollembolaTullbergia bisetosa
AnimaliaEntognathaCollembolaBiomphalaria prona
AnimaliaGastropodaBasommatophoraBiomphalaria schrami
AnimaliaGastropodaBasommatophoraDrepanotrema aeruginosum
AnimaliaGastropodaHygrophilaIndoplanorbis exustus
AnimaliaGastropodaHygrophilaLymnaea cubensis
AnimaliaGastropodaHygrophilaLymnea natalensis
AnimaliaGastropodaHygrophilaLittorina saxatilis
AnimaliaGastropodaLittorinimorphaCyclope neritea
AnimaliaGastropodaNeogastropodaCepaea hortensis
AnimaliaGastropodaStylommatophoraTyrrhenaria ceratina
AnimaliaGastropodaStylommatophoraGibbula pennanti
AnimaliaGastropodaVetigastropodaActinopyga echinites
AnimaliaHolothuroideaAspidochirotidaActinopyga equinites
AnimaliaHolothuroideaAspidochirotidaHydra oligactis
AnimaliaHydrozoaAnthoathecataeMillepora platyphylla
AnimaliaHydrozoaAnthoathecataeLytocarpia brevirostris
AnimaliaHydrozoaLeptothecataMacrorhynchia phoenicea
AnimaliaHydrozoaLeptothecataConstrictotermes cavifrons
AnimaliaInsectaBlattodeaEmbiratermes neotenicus
AnimaliaInsectaBlattodeaInquilinitermes inquilinus
AnimaliaInsectaBlattodeaIsoptera
AnimaliaInsectaBlattodeaKalotermes flavicollis
AnimaliaInsectaBlattodeaLauraesilpha
AnimaliaInsectaBlattodeaReticulitermes grassei/banyulensis
AnimaliaInsectaBlattodeaSilvestritermes minutus
AnimaliaInsectaBlattodeaAbax parallelepipedus
AnimaliaInsectaColeopteraAleochara bilineata
AnimaliaInsectaColeopteraAleochara bipustulata
AnimaliaInsectaColeopteraAphaenops cerberus
AnimaliaInsectaColeopteraCeutorhynchus assimilis
AnimaliaInsectaColeopteraCoccinella septempunctata
AnimaliaInsectaColeopteraCurculio glandium
AnimaliaInsectaColeopteraDendroctonus micans
AnimaliaInsectaColeopteraDiabrotica virgifera
AnimaliaInsectaColeopteraHippodamia undecimnotata
AnimaliaInsectaColeopteraLarinus cynarae
AnimaliaInsectaColeopteraLethrus apterus
AnimaliaInsectaColeopteraLucanus cervus
AnimaliaInsectaColeopteraMeligethes aeneus
AnimaliaInsectaColeopteraMonochamus galloprovincialis
AnimaliaInsectaColeopteraPissodes
AnimaliaInsectaColeopteraProstephanus truncatus
AnimaliaInsectaColeopteraPsylliodes chrysocephala
AnimaliaInsectaColeopteraPterostichus melanarius
AnimaliaInsectaColeopteraDelia radicum
AnimaliaInsectaDipteraEpisyrphus balteatus
AnimaliaInsectaDipteraPhlebotomus
AnimaliaInsectaDipteraSphaerophoria scripta
AnimaliaInsectaDipteraAcyrthosiphon pisum
AnimaliaInsectaHemipteraAcyrthosiphon svalbardicum
AnimaliaInsectaHemipteraAphis gossypii
AnimaliaInsectaHemipteraBemisia tabaci
AnimaliaInsectaHemipteraCacopsylla pruni
AnimaliaInsectaHemipteraCacopsylla pyri
AnimaliaInsectaHemipteraCimex pipistrelli
AnimaliaInsectaHemipteraDysaphis plantaginea
AnimaliaInsectaHemipteraHeliococcus bohemicus
AnimaliaInsectaHemipteraLeptoglossus occidentalis
AnimaliaInsectaHemipteraLygaeus eguestris
AnimaliaInsectaHemipteraMacrolophus
AnimaliaInsectaHemipteraMysus ascalonicus
AnimaliaInsectaHemipteraOrthops
AnimaliaInsectaHemipteraParthenolecanium corni
AnimaliaInsectaHemipteraPhenacoccus aceris
AnimaliaInsectaHemipteraPhenacoccus sp Marsannay
AnimaliaInsectaHemipteraPhloeomyzus passerinii
AnimaliaInsectaHemipteraPlanococcus citri
AnimaliaInsectaHemipteraPseudococcus comstocki
AnimaliaInsectaHemipteraScaphoideus titanus
AnimaliaInsectaHemipteraAcromyrmex octospinosus
AnimaliaInsectaHymenopteraAnthophora plumipes
AnimaliaInsectaHymenopteraAphidius ervi
AnimaliaInsectaHymenopteraAscogaster quadridentata
AnimaliaInsectaHymenopteraBaryscapus servadeii
AnimaliaInsectaHymenopteraBlastophaga psenes
AnimaliaInsectaHymenopteraCataglyphis hispanica
AnimaliaInsectaHymenopteraCataglyphis niger
AnimaliaInsectaHymenopteraDiaeretiella rapae
AnimaliaInsectaHymenopteraHabrobracon hebetor
AnimaliaInsectaHymenopteraHyposoter didymator
AnimaliaInsectaHymenopteraLasius niger
AnimaliaInsectaHymenopteraMacrocentrus cingulum
AnimaliaInsectaHymenopteraMastrus
AnimaliaInsectaHymenopteraMegastigmus aculeatus
AnimaliaInsectaHymenopteraOdontomachus hastatus
AnimaliaInsectaHymenopteraPerilampus tristis
AnimaliaInsectaHymenopteraPeristenus digoneutis
AnimaliaInsectaHymenopteraPristomerus vulnerator
AnimaliaInsectaHymenopteraPseudaphycus flavidulus
AnimaliaInsectaHymenopteraTapinoma
AnimaliaInsectaHymenopteraTapinoma minutum
AnimaliaInsectaHymenopteraTersilochus heterocerus
AnimaliaInsectaHymenopteraTetraponera aethiops
AnimaliaInsectaHymenopteraTrichogramma
AnimaliaInsectaHymenopteraTrichogramma chilonis
AnimaliaInsectaHymenopteraTrichogramma evanescens
AnimaliaInsectaHymenopteraTrichomma enecator
AnimaliaInsectaHymenopteraTrissolcus halyomorphae
AnimaliaInsectaHymenopteraWasmannia auropunctata
AnimaliaInsectaHymenopteraBrenthis ino
AnimaliaInsectaLepidopteraCameraria ohridella
AnimaliaInsectaLepidopteraCydalima perspectalis
AnimaliaInsectaLepidopteraCydia molesta
AnimaliaInsectaLepidopteraCydia pomonella
AnimaliaInsectaLepidopteraHeliocheilus albipunctella
AnimaliaInsectaLepidopteraOstrinia nubilalis
AnimaliaInsectaLepidopteraOstrinia scapulalis
AnimaliaInsectaLepidopteraParnassius apollo
AnimaliaInsectaLepidopteraPolyommatus icarus
AnimaliaInsectaLepidopteraSesamia nonagrioides
AnimaliaInsectaLepidopteraSpodoptera frugiperda
AnimaliaInsectaLepidopteraTuta absoluta
AnimaliaInsectaLepidopteraMantis religiosa
AnimaliaInsectaMantodeaAgnotecous
AnimaliaInsectaOrthopteraCaelifera
AnimaliaInsectaOrthopteraChorthippus binotatus
AnimaliaInsectaOrthopteraEphippiger ephippiger
AnimaliaInsectaOrthopteraOmocestus femoralis
AnimaliaInsectaOrthopteraPholidoptera transsylvanica
AnimaliaInsectaOrthopteraBacillus
AnimaliaInsectaPhasmidaMyrsidea nesomimi
AnimaliaInsectaPhthirapteraPolyplax serrata
AnimaliaInsectaPhthirapteraStylopys melittae
AnimaliaInsectaStrepsipteraGammarus
AnimaliaMalacostracaAmphipodaNiphargus kochianus
AnimaliaMalacostracaAmphipodaAstacus leptodactylus
AnimaliaMalacostracaDecapodaHemigrapsus sanguineus
AnimaliaMalacostracaDecapodaHemigrapsus takonoi
AnimaliaMalacostracaDecapodaMacrobrachium faustinum
AnimaliaMalacostracaDecapodaPachygrapsus marmoratus
AnimaliaMalacostracaDecapodaPanulirus guttatus
AnimaliaMalacostracaDecapodaArmadillidium nasatum
AnimaliaMalacostracaIsopodaArmadillidium vulgare
AnimaliaMalacostracaIsopodaJaera albifrons
AnimaliaMalacostracaIsopodaPorcellio dilatatus
AnimaliaMalacostracaIsopodaPorcellionides pruinosus
AnimaliaMalacostracaIsopodaMartes foina
AnimaliaMammaliaCarnivoraMungos
AnimaliaMammaliaCarnivoraUrva auropunctata
AnimaliaMammaliaCarnivoraTursiops truncatus
AnimaliaMammaliaCetaceaBalaenoptera physalus
AnimaliaMammaliaCetartiodactylaHippotragus niger
AnimaliaMammaliaCetartiodactylaAnoura geoffroyi
AnimaliaMammaliaChiropteraMormopterus francoismoutoui
AnimaliaMammaliaChiropteraPteronotus parnelii
AnimaliaMammaliaChiropteraLepus capensis
AnimaliaMammaliaLagomorphaLepus europaeus
AnimaliaMammaliaLagomorphaElephantulus myurus
AnimaliaMammaliaMacroscelideaRhynchocyon petersi
AnimaliaMammaliaMacroscelideaMandrillus sphinx
AnimaliaMammaliaPrimatesMicrocebus
AnimaliaMammaliaPrimatesElephas lounesensis
AnimaliaMammaliaProboscideaAcomys cilicicus
AnimaliaMammaliaRodentiaBandicota savilei
AnimaliaMammaliaRodentiaEliomys
AnimaliaMammaliaRodentiaGeorychus capensis
AnimaliaMammaliaRodentiaGerbilliscus leucogaster
AnimaliaMammaliaRodentiaMicromys minutus
AnimaliaMammaliaRodentiaMus spretus
AnimaliaMammaliaRodentiaNannospalax montanosyrmiensis
AnimaliaMammaliaRodentiaOtomys
AnimaliaMammaliaRodentiaRattus exulans
AnimaliaMammaliaRodentiaRattus tanezumi
AnimaliaMammaliaRodentiaRhabdomys
AnimaliaMammaliaRodentiaSicista subtilis
AnimaliaMammaliaRodentiaOphiocoma dentata
AnimaliaOphiuroideaOphiuridaAcanthodactylus aureus
AnimaliaReptiliaSquamataAgama boulengeri
AnimaliaReptiliaSquamataAnguis
AnimaliaReptiliaSquamataArchaeolacerta
AnimaliaReptiliaSquamataBothrops marmoratus
AnimaliaReptiliaSquamataBothrops matogrossensis
AnimaliaReptiliaSquamataBothrops pauloensis
AnimaliaReptiliaSquamataPodarcis siculus
AnimaliaReptiliaSquamataPodarcis tiliguerta
AnimaliaReptiliaSquamataChelydra serpentina
AnimaliaReptiliaTestudinesTestudo hermanni
AnimaliaReptiliaTestudinesBursaphelenchus xylophilus
AnimaliaSecernenteaAphelenchidaAspiculuris
AnimaliaSecernenteaOxyuridaSteinernema affine
AnimaliaSecernenteaRhabditidaAshworthius sidemi
AnimaliaSecernenteaStrongylidaSpiculopteragia spiculoptera
AnimaliaSecernenteaStrongylidaHeterodera schachtii
AnimaliaSecernenteaTylenchidaMeloidogyne chitwoodi
AnimaliaSecernenteaTylenchidaMeloidogyne fallax
AnimaliaSecernenteaTylenchidaFascioloides
AnimaliaTrematodaEchinostomidaDiplostomum baeri
AnimaliaTrematodaStrigeididaAlexandrium catenella
ChromistaDinophyceaeGonyaulacalesAlexandrium tamarense
ChromistaDinophyceaeGonyaulacalesBremia lactucae
ChromistaPeronosporeaPeronosporalesPhytophthora alni subsp multiformis
ChromistaPeronosporeaPeronosporalesPhytophthora alni subsp uniformis
ChromistaPeronosporeaPeronosporalesPhytophthora megakarya
ChromistaPeronosporeaPeronosporalesPhytophthora palmivora
ChromistaPeronosporeaPeronosporalesPlasmopara halstedii
ChromistaPeronosporeaPeronosporalesPlasmopara viticola
ChromistaPeronosporeaPeronosporalesSargassium
ChromistaPhaeophyceaeFucalesSargassum muticum
ChromistaPhaeophyceaeFucalesSargassum polycystum
ChromistaPhaeophyceaeFucalesAgaricus subrufescens
FungiAgaricomycetesAgaricalesAmanita caesarea
FungiAgaricomycetesAgaricalesDiplodia pinea
FungiDothideomycetesBotryosphaerialesMicrocyclus ulei
FungiDothideomycetesBotryosphaerialesMycosphaerella pinodes
FungiDothideomycetesCapnodialesAmpelomyces quisqualis
FungiDothideomycetesPleosporalesChaetothyriale CTeY2
FungiEurotiomycetesChaetothyrialesChaetothyriale Pet3S2a
FungiEurotiomycetesChaetothyrialesErysiphe alphitoides
FungiLeotiomycetesErysiphalesErysiphe necator
FungiLeotiomycetesErysiphalesChalara fraxinea
FungiLeotiomycetesHelotialesLamproderma
FungiMyxomycetesStemonitalesAphanomyces euteiches
FungiOomycetesSaprolegnialesMorchella conica
FungiPezizomycetesPezizalesMetschnikowia gruessii
FungiSaccharomycetesSaccharomycetalesColletotrichum kahawae
FungiSordariomycetesGlomerellalesBeauveria
FungiSordariomycetesHypocrealesFusarium xylarioides
FungiSordariomycetesHypocrealesMicrodochium dimerum
FungiSordariomycetesXylarialesAmphibolis antarctica
PlantaeEquisetopsidaAlismatalesCymodocea rotundata
PlantaeEquisetopsidaAlismatalesElodea nuttallii
PlantaeEquisetopsidaAlismatalesHalodule uninervis
PlantaeEquisetopsidaAlismatalesHalodule wrightii
PlantaeEquisetopsidaAlismatalesHalophila ovalis
PlantaeEquisetopsidaAlismatalesPosidonia sinusoa
PlantaeEquisetopsidaAlismatalesRuppia maritima
PlantaeEquisetopsidaAlismatalesRuppia tuberosa
PlantaeEquisetopsidaAlismatalesSyringodium filiforme
PlantaeEquisetopsidaAlismatalesSyringodium isoetifolium
PlantaeEquisetopsidaAlismatalesThalassia hemprichii
PlantaeEquisetopsidaAlismatalesThalassia testudinum
PlantaeEquisetopsidaAlismatalesTofieldia
PlantaeEquisetopsidaAlismatalesZostera muelleri
PlantaeEquisetopsidaAlismatalesCrithmum maritimum
PlantaeEquisetopsidaApialesDaucus carota
PlantaeEquisetopsidaApialesEryngium viviparum
PlantaeEquisetopsidaApialesHeracleum persicum
PlantaeEquisetopsidaApialesKelussia odoratissima
PlantaeEquisetopsidaApialesOenanthe aquatica
PlantaeEquisetopsidaApialesChamaerops humilis
PlantaeEquisetopsidaArecalesAllium cepa
PlantaeEquisetopsidaAsparagalesCephalanthera damasonium
PlantaeEquisetopsidaAsparagalesGladiolus palustris Gaudin
PlantaeEquisetopsidaAsparagalesIris chamaeiris
PlantaeEquisetopsidaAsparagalesNerine humilis
PlantaeEquisetopsidaAsparagalesOphrys
PlantaeEquisetopsidaAsparagalesAmbrosia artemisiifolia
PlantaeEquisetopsidaAsteralesAmbrosia trifida
PlantaeEquisetopsidaAsteralesCampanula glomerata
PlantaeEquisetopsidaAsteralesFilago carpetana/gaditana
PlantaeEquisetopsidaAsteralesLeibnitzia anandria
PlantaeEquisetopsidaAsteralesSonchus fragilis
PlantaeEquisetopsidaAsteralesTaraxacum kok-saghyz
PlantaeEquisetopsidaAsteralesCapsella bursa-pastoris
PlantaeEquisetopsidaBrassicalesSubularia aquatica
PlantaeEquisetopsidaBrassicalesBryum pseudotriquetrum
PlantaeEquisetopsidaBryalesArmeria maritima
PlantaeEquisetopsidaCaryophyllalesAtriplex tatarica
PlantaeEquisetopsidaCaryophyllalesDianthus deltoides
PlantaeEquisetopsidaCaryophyllalesDrosera
PlantaeEquisetopsidaCaryophyllalesLyallia kerguelensis
PlantaeEquisetopsidaCaryophyllalesMinuartia
PlantaeEquisetopsidaCaryophyllalesRumex alpinus
PlantaeEquisetopsidaCaryophyllalesSilene dioica
PlantaeEquisetopsidaCaryophyllalesSilene nutans
PlantaeEquisetopsidaCaryophyllalesSilene vulgaris
PlantaeEquisetopsidaCaryophyllalesJuniperus
PlantaeEquisetopsidaCupressalesJuniperus oxycedrus
PlantaeEquisetopsidaCupressalesJuniperus phoenicea
PlantaeEquisetopsidaCupressalesJuniperus thurifera
PlantaeEquisetopsidaCupressalesThuja occidentalis
PlantaeEquisetopsidaCupressalesDicranum frutescens
PlantaeEquisetopsidaDicranalesLonicera implexa
PlantaeEquisetopsidaDipsacalesValeriana microphylla
PlantaeEquisetopsidaDipsacalesEphedra fragilis
PlantaeEquisetopsidaEphedralesAndrosace septentrionalis
PlantaeEquisetopsidaEricalesCariniana pyriformis
PlantaeEquisetopsidaEricalesDiospyros crassifolia
PlantaeEquisetopsidaEricalesPrimula vulgaris
PlantaeEquisetopsidaEricalesRhododendron ferrugineum
PlantaeEquisetopsidaEricalesAcacia gerrardii
PlantaeEquisetopsidaFabalesAcacia harpophylla
PlantaeEquisetopsidaFabalesAcacia puece
PlantaeEquisetopsidaFabalesAnthyllis vulneraria
PlantaeEquisetopsidaFabalesLupinus polyphyllus
PlantaeEquisetopsidaFabalesOxytropis almaatensis
PlantaeEquisetopsidaFabalesVicia
PlantaeEquisetopsidaFabalesVicia ervilia
PlantaeEquisetopsidaFabalesAlnus glutinosa
PlantaeEquisetopsidaFlagalesGentianella bohemica
PlantaeEquisetopsidaGentianalesNauclea diderrichii
PlantaeEquisetopsidaGentianalesVincetoxicum hirundinaria
PlantaeEquisetopsidaGentianalesErodium cicutarium
PlantaeEquisetopsidaGeranialesGeranium robertianum
PlantaeEquisetopsidaGeranialesAntirrhinum majus
PlantaeEquisetopsidaLamialesHemimeris
PlantaeEquisetopsidaLamialesLamium amplexicaule
PlantaeEquisetopsidaLamialesLigustrum
PlantaeEquisetopsidaLamialesLinaria
PlantaeEquisetopsidaLamialesLinaria accitensis/aeruginea
PlantaeEquisetopsidaLamialesLittorella
PlantaeEquisetopsidaLamialesLycopus europaeus
PlantaeEquisetopsidaLamialesOcimum basilicum
PlantaeEquisetopsidaLamialesOdontites viscosus
PlantaeEquisetopsidaLamialesOrobanche ramosa type C
PlantaeEquisetopsidaLamialesOrobanche ramosa type T
PlantaeEquisetopsidaLamialesSatureja
PlantaeEquisetopsidaLamialesThymus vulgaris
PlantaeEquisetopsidaLamialesBarteria fistulosa
PlantaeEquisetopsidaMalpighialesIrvingia gabonensis
PlantaeEquisetopsidaMalpighialesLinum
PlantaeEquisetopsidaMalpighialesMercurialis annua
PlantaeEquisetopsidaMalpighialesViola arvensis
PlantaeEquisetopsidaMalpighialesViola calaminaria
PlantaeEquisetopsidaMalpighialesViola cazorlensis
PlantaeEquisetopsidaMalpighialesViola tricolor ssp curtisii
PlantaeEquisetopsidaMalpighialesHelianthemum
PlantaeEquisetopsidaMalvalesHelianthemum squamatum
PlantaeEquisetopsidaMalvalesTilia mexicana
PlantaeEquisetopsidaMalvalesEpilobium hirsutum
PlantaeEquisetopsidaMyrtalesLaguncularia racemosa
PlantaeEquisetopsidaMyrtalesOxalis pes-caprae
PlantaeEquisetopsidaOxalidalesAbies alba
PlantaeEquisetopsidaPinalesCedrus atlantica
PlantaeEquisetopsidaPinalesLarix decidua
PlantaeEquisetopsidaPinalesPinus nigra
PlantaeEquisetopsidaPinalesPseudotsuga menziesii
PlantaeEquisetopsidaPinalesAlopecurus myosuroides
PlantaeEquisetopsidaPoalesFestuca eskia
PlantaeEquisetopsidaPoalesSpartina
PlantaeEquisetopsidaPoalesOligotichum hercynicum
PlantaeEquisetopsidaPolytrichalesLeucadendron coniferum
PlantaeEquisetopsidaProtealesHelleborus foetidus
PlantaeEquisetopsidaRanunculalesPapaver rhoeas
PlantaeEquisetopsidaRanunculalesFicus capensis
PlantaeEquisetopsidaRosalesFicus carica
PlantaeEquisetopsidaRosalesFicus nitida
PlantaeEquisetopsidaRosalesFicus reflexa
PlantaeEquisetopsidaRosalesFicus vogelli
PlantaeEquisetopsidaRosalesPariaetaria judaica
PlantaeEquisetopsidaRosalesSantiria
PlantaeEquisetopsidaSapindalesSolanum elaeagnifolium
PlantaeEquisetopsidaSolanalesWelwitschia mirabilis
PlantaeEquisetopsidaWelwitschialesMaranta
PlantaeEquisetopsidaZingiberalesMusa bukensis
PlantaeEquisetopsidaZingiberalesVandenboschia speciosa
PlantaeFilicopsidaHymenophyllalesNoccaea caerulescens
PlantaeMagnoliopsidaCapparalesLysimachia arvensis
PlantaeMagnoliopsidaPrimulalesTubifera ferruginosa
ProtozoaMyxogastreaLiceidaTrichia varia
ProtozoaMyxogastreaTrichiidaPlasmodiophora brassicae

L’identification et le génotypage sont essentiels à la découverte de variations génétiques, notamment dans le cadre de l’étude des populations et des pathologies.

Ces analyses sont précieuses dans de nombreuses problématiques scientifiques :

  • Traçabilité alimentaire
  • Recherche et validation de biomarqueurs (dépistage et diagnostics, génomique fonctionnelle, modèles de prédiction du trait)
  • Étude de la diversité génétique et l'évolution (phylogénie, etc.)
  • Identification d'individus (criminels, corps) ou de liens entre individus (test de paternité).
  • Sélection génomique (agriculture, élevage)
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Vous cherchez à déterminer l’identité d’une variation génétique à une position spécifique ou sur l’ensemble d’un génome, pour un individu ou pour toute une population, GenoScreen vous accompagne et s’engage à trouver avec vous la meilleure solution pour mener à bien votre projet.

Le génotypage Microsatellites SSR (simple sequence repeats)

Sur le génome, il existe des séquences constituées d'unités répétées de 1 à 4 nucléotides appelées microsatellites. Les plus courants sont (A)n, (TC)n, (TAT)n et (GATA)n, les valeurs de n pouvant aller de quelques unités à plusieurs dizaines. On parle de séquences répétées en tandem ou SSR (Simple Sequence Repeats). L'intérêt de ces microsatellites réside dans leur polymorphisme. Celui-ci repose sur la variation du nombre d'unités de répétition, constituant le microsatellite.

Le génotypage de SNP (Single Nucleotide Polymorphisms)

Cette technique repose sur la variation d’une seule paire de nucléotide à une position donnée. Les SNP sont des outils permettant d'identifier des génotypes (reconnaître des personnes, par exemple), à partir d'échantillons de matière organique, ou permettant de contribuer à la construction d'arbres généalogiques d'êtres vivants ou d'espèces.

Selon le nombre de SNP étudié et le nombre d’échantillons, nous pouvons vous proposer plusieurs approches (Taqman/KASPar, Fluidigm, SANGER)

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