Séquençage Sanger

Activité historique de GenoScreen depuis 2001, le séquençage Sanger est utilisé dans tous les domaines et pour une multitude d’applications. Il s’agit de la technique de référence pour séquencer l’ADN de façon précise et robuste. Nous proposons sur notre plateforme dédiée du séquençage de routine et en complément des prestations à façon avec divers niveaux d’intervention et d’analyse.

Notre plateforme de séquençage Sanger

Equipée de séquenceurs capillaires ABI 3730XL, notre plateforme répond à vos besoins ponctuels et réguliers de séquençage à partir de tubes, barrettes ou plaques 96 puits contenant vos produits PCR ou vecteurs.

Découvrir nos prestations en Sanger

Barcoding moléculaire

Le barcoding moléculaire est une technique permettant d'identifier et de caractériser génétiquement un échantillon en ciblant un gène ubiquitaire, souvent mitochondrial ou chloroplastique.

Applications :

• Identification d'une espèce à partir d'un échantillon isolé (microorganisme, espèce animale ou végétale)
• Comparaison de plusieurs échantillons d'une même espèce ou d'espèces proches

Services proposés par GenoScreen

• Extraction d’ADN à partir de tout type de matrice (en option)
• Amplification PCR, séquençage et assignation des échantillons sur les bases de données (NCBI, BOLD…)
• Construction d'arbres phylogénétiques
• Typage MLST et le séquençage de génome complet (WGS) pour une caractérisation précise des microorganismes ou des espèces
• Solutions pour des matrices complexes via le metabarcoding

Découvrir nos prestations en Barcoding moléculaire

Prestations complémentaires en Sanger

Découvrir nos prestations complémentaires en Sanger

Prestations complémentaires en Sanger

Primer walking

Cette méthode de séquençage est particulièrement indiquée pour :

 

 

Principe

L’utilisation de plusieurs amorces permet d’obtenir des séquences chevauchantes aboutissant à la reconstitution du produit complet. Pour le séquençage d’un insert, une amorce universelle est utilisée pour obtenir un fragment de la séquence du vecteur et le début de l’insert.

 

Le design d’une amorce spécifique peut ensuite être réalisé sur la séquence obtenue et permettre d’obtenir la suite. Si la séquence d’intérêt est connue, l’ensemble des réactions de séquençage peut être réalisée simultanément. Cette prestation peut être réalisée en simple ou double sens.

 

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Détection de mutations

Le séquençage Sanger peut être utilisé pour vérifier :

Principe

Cette application est notamment utilisée couramment pour le contrôle de TILLING (Targeting Induced Local Lesions in Genomes) sur les plantes, ou pour la vérification de mutations sur des gènes d’intérêt.

Nous pouvons designer des amorces spécifiques pour cibler une mutation et la vérifier par comparaison à une séquence de référence fournie.

Si plusieurs mutations/positions sont à vérifier sur une même zone du génome, nous pouvons également éditer un rapport de variance détaillé par rapport à un gène de référence.

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Le séquençage Long read – Un allié de taille pour améliorer la précision de vos analyses génomiques

Le séquençage long read, aussi appelé Single Molecule Sequencing (SMS), est le cœur du séquençage de 3^ème génération. Porté par les technologies Oxford Nanopore Technologies (ONT) et Pacific Biosciences (PacBio) le long read permet le séquençage de longs fragments d’ADN ou d’ARN (théoriquement infini) alors que les technologies short-reads limitaient la lecture à des fragments de taille maximale de 600pb.

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Dans quels contextes pratiquer un séquençage long read ?

En 2022, GenoScreen a été certifié prestataire de services par Oxford Nanopore Technologies. Cette reconnaissance vient compléter notre expertise déjà établie sur la technologie PacBio. Grâce à la maîtrise de ces deux approches de séquençage long, nous sommes en mesure de répondre de manière encore plus précise à vos besoins en génomique et en métagénomique.

Les applications détaillées du séquençage long-read

 

Biodiversité microbienne

Explorer la biodiversité microbienne avec le séquençage long-read

Chez GenoScreen, notre expertise repose sur l'étude minutieuse des communautés microbiennes par approche métagénomiques. Nous vous proposons une approche novatrice en utilisant le séquençage pleine longueur du gène 16S avec notre approche métagénomique Hi-Res. Cette méthodologie permet une identification taxonomique plus précise, avec la capacité de distinguer les bactéries non seulement jusqu'à l'espèce, mais parfois même jusqu'à la souche pour une résolution sans précédent.
Découvrez comment notre technologie avancée peut vous ouvrir de nouvelles perspectives dans l'exploration microbienne.

Caractérisation de génomes

Le séquençage long-read pour mieux caractériser les génomes

Le séquençage du génome entier (WGS) offre la possibilité de séquencer de longs fragments d'ADN de manière isolée en long-read ou en combinaison avec des lectures courtes (short-reads). En long-read, il devient un outil puissant pour la détection de variations structurelles et la génération d'assemblages continus. Pour la circularité pour les bactéries ou de l'échelle chromosomique pour les petits eucaryotes, le séquençage long-read apporte une précision et une résolution accrues. En short-read, le séquençage long-read permet d’atteindre des sommets de précision. Cette combinaison de lectures courtes et longues permet d'obtenir des assemblages de novo complets et très précis, qui trouvent des applications variées, notamment dans la génération de génomes de référence.

Contrôle qualité renforcé

Le contrôle de qualité renforcé avec le séquençage de plasmides

Dans le domaine de la biologie moléculaire, les plasmides jouent un rôle central, allant de la production de protéines à l'ingénierie des génomes et à la thérapie génique. Assurer l'intégrité des plasmides est primordial, et c'est là que le séquençage long-read entre en jeu. Contrairement aux méthodes traditionnelles de séquençage Sanger, qui ne vérifient qu'une partie restreinte du plasmide, le séquençage long-read permet une analyse complète et simultanée du backbone et des inserts. Il est donc possible de valider à la fois la structure du plasmide, la bonne insertion ainsi que la séquence de l’insert. Chez GenoScreen, nous vous offrons la possibilité de renforcer votre contrôle de qualité grâce à la technologie de pointe d'Oxford Nanopore Technologies.

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Pricing

L'expérience GenoScreen en quelques mots...

Du montage de votre projet au rendu des résultats

Méthodes et solutions adaptées à vos projets

Etudes micro-organismes depuis plus de 20 ans

Support au-delà du rendu des résultats

"matériels et méthodes" explicitées

Barcoding moléculaire

Le barcoding moléculaire (DNA barcoding) est une technique de taxonomie moléculaire permettant d’identifier et de caractériser génétiquement un échantillon à partir d’un gène ubiquitaire, appartenant généralement au génome mitochondrial ou chloroplastique (COI, 16S…).

Les applications du barcoding moléculaire

Le barcoding permet notamment :

• D’identifier une espèce à partir d’un échantillon isolé
• De comparer plusieurs échantillons d’une même espèce ou d’espèces proches (phylogénie)

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L’identification par le barcoding moléculaire

GenoScreen propose une prestation complète de barcoding moléculaire et peut prendre en charge vos échantillons dès l’extraction d’ADN.

• Identification de microorganismes isolés
• Identification d’espèces animales ou végétales

Dans le cas ou votre matrice initiale est complexe (assemblage de populations bactériennes par exemple), GenoScreen développe des solutions de metabarcoding par séquençage d’amplicons en NGS, pour obtenir des screenings d’échantillons : faune du sol, flore intestinale, récifs coralliens, etc.

 

Identification de microorganismes isolés

GenoScreen vous offre un service rapide d’identification de vos microorganismes par séquençage d’ADN et comparaison aux bases de données internationales (NCBI ou autre). Pour une identification à l'espèce, les régions de l’ADN ribosomique interrogées sont adaptées à votre micro-organisme. En complément, d’autres cibles génomiques (rpoB, gyrB, panC…) peuvent être utilisées pour affiner cette identification et l’adapter à votre demande (par exemple, discrimination au sein d’un groupe d’espèces partageant la même séquence d’ADN ribosomique).

Services d'identification

Identifications

bactérienne

fongique

levure

microalgue

Contactez-nous pour en savoir plus

Workflow appliqué aux microorganismes isolés

Extraction de vos échantillons

à partir de colonies isolées

Amplification PCR sur la cible génomique adaptée

16S, 18S, 28S, ITS, ...

Séquençage forward/
reverse

Nettoyage et assemblage

en consensus, puis comparaison

Assignation

Notre offre

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Réalisation sur :
- Gélose (boîtes de Petri)
- Culot de culture en milieu liquide
- Carte FTA ou autre matrice

A partir d’ADN extrait ou de thermolysat. Nous réaliserons la comparaison de vos séquences nettoyée et assemblée avec la base de données internationale NCBI.

Une fois l’assignation réalisée, vous recevrez :
- Séquences brutes et chromatogrammes (.seq/.ab1)
- Séquences consesus (.txt/.FA)
- Rapport d'analyse avec pourcentages d'homologie et assignation par échantillon

Solutions complémentaires

En complément de l’identification, nous sommes également en mesure de réaliser des arbres phylogénétiques selon vos besoins (comparaison des échantillons entre eux ou au sein d’un panel de séquences de référence).

Selon votre problématique, nous pouvons également vous proposer d’autres cibles plus spécifiques d’un genre en particulier, notamment pour les espèces trop proches génétiquement sur la cible par défaut (exemple sur le genre Bacillus avec la cible panC).

GenoScreen propose également :

Typage MLST

pour les souches dont l'espèce est connue et dont un schéma de typage est disponible

Séquençage de génome complet (WGS)

16S, 18S, 28S, ITS, ...
pour une caractérisation plus précise de vos microorganismes

Intéressé par nos solutions pour votre projet ?

Contactez-nous en décrivant votre projet !

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Identification d’espèces animales ou végétales

GenoScreen vous offre un service rapide d’identification d’espèces par séquençage d’ADN et comparaison aux bases de données internationales (NCBI et/ou BOLD).

Pour une identification à l'espèce, nous utilisons des gènes cibles du génome mitochondrial ou chloroplastique (COI, 16S, CYTB, rbcL, matK…). Nous disposons de couples d’amorces universels mais pouvons également nous adapter à votre projet, en utilisant des amorces plus spécifiques d’un genre ou d’une famille selon la bibliographie. D’autres gènes cibles peuvent être utilisés pour affiner une identification ou réaliser une étude phylogénétique plus complète.

En complément de l’identification, nous sommes également en mesure de réaliser des arbres phylogénétiques selon vos besoins (comparaison des échantillons entre eux ou au sein d’un panel de séquences de référence).

Matrices d’étude animale et végétale

Insectes entiers ou pattes / têtes

ADN extrait

Poils/plumes

Sang

Feuilles séchées ou fraîches

Tissus (muscle, organe, nageoire)

Ecouvillons / cartes FTA

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Workflow appliqué aux animaux et végétaux

Notre offre

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L’amplification PCR sur les différentes cibles (6S, 18S, 28S, ITS, …) peut être réalisée à partir d’ADN extrait.

Nous réaliserons la comparaison de vos séquences nettoyée et assemblée avec la base de données internationale NCBI (ou Bold).

Une fois l’assignation réalisée, vous recevrez :
- Séquences brutes et chromatogrammes (.seq/.ab1)
- Séquences consesus (.txt/.FA)
- Rapport d'analyse avec pourcentages d'homologie et assignation par échantillon

Solutions complémentaires

En complément de l’identification, nous sommes également en mesure de réaliser des arbres phylogénétiques selon vos besoins (comparaison des échantillons entre eux ou au sein d’un panel de séquences de référence).

GenoScreen propose également le séquençage de génome complet (WGS) pour une caractérisation plus précise de votre espèce.

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Séquençage

GenoScreen est l’un des acteurs majeurs proposant des services de séquençage et d’analyse génomique au niveau national et international. Son expertise repose sur la combinaison d’une expérience unique en analyses génomiques, l’utilisation de technologies de pointe, le développement et la mise à disposition d’outils exclusifs en bioinformatique et de services de recherche et développement. GenoScreen vous propose une palette très large de services de séquençage, des techniques les plus classiques au plus avancées.

Sanger

Les services de séquençage Sanger GenoScreen s’adaptent à tout type de projets : ampleurs, délais et fréquences de réalisation, pour une lecture comprise entre 100 et 1200 pb.

NGS

GenoScreen propose une gamme complète de services de séquençage nouvelle génération (next-generation sequencing, NGS) en s’appuyant sur les dernières technologies (Illumina, PacBio…). 

• Séquençage de génome complet
• Métagénomique
• Séquençage ciblé/amplicon
• Librairies prêtes à être séquencées “ready-to-load”

NGS - Toute la puissance de la génomique au service des sciences de la vie

Depuis 2008, GenoScreen propose une gamme complète de services de séquençage nouvelle génération (next-generation sequencing, NGS) pour les génomes, métagénomes et transcriptomes.

GenoScreen dispose d’un plateau technologique de pointe et vous propose d’accéder aux dernières technologies (Illumina, PacBio…).

L’offre GenoScreen

• Séquençage de génomes complets (WGS)
  Les nouvelles technologies de séquençage disponibles chez GenoScreen offrent l’opportunité d’analyser l’intégralité de la structure primaire du génome d’un organisme isolé qu’il soit eucaryote, procaryote ou viral. L’analyse des données obtenues permet de caractériser et décrire précisément tout type d’organisme et répond ainsi à une très large diversité de problématiques de recherche.
• Métagénomique
  Les approches moléculaires de métagénomique permettent d’analyser une communauté d’organismes dans sa globalité et d’étudier une niche écologique complexe de façon exhaustive : une approche puissante et innovante, pour caractériser les gènes et donc les fonctions biologiques qui existent dans le milieu et portées par ces microbiomes.
• Séquençage ciblé
  Le séquençage ciblé permet l’analyse spécifique de gènes ciblés ou de régions de gènes sur un grand nombre d’échantillons en parallèle.
  Grâce au séquençage NGS sur les plateformes MiSeq^®, NextSeq500^® ou Hiseq^®, de multiples gènes peuvent être évalués avec un volume de données plus limité, plus facile à gérer et à analyser que le séquençage d’un génome entier.
  
• Transcriptomique
  Le séquençage haut débit du transcriptome (RNA-seq) a révolutionné les analyses quantitatives et qualitatives des organismes procaryotes et eucaryotes. Il permet notamment de réaliser des analyses d’expression différentielle.
  
• Ready to load
  Pour gagner en coût et en réactivité, GenoScreen propose des services de séquençage “Ready to Load”, pour une large gamme de librairies : un véritable accélérateur de recherche et l’occasion de profiter d’un plateau technique de dernière génération et d’une expertise de pointe à des conditions très avantageuses.
  

Les avantages GenoScreen

• Une gamme complète de services NGS
• Expertise et conseil pour le design de chaque analyse
• Expertise unique en microbiologie
• Données de très haute qualité
• Outils exclusifs d’analyse bioinformatique : assemblage, annotations, détection de SNP, etc.
• Délais de livraison courts et garantis

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Séquençage Sanger - La solution génomique bas débit

Le séquençage Sanger est une solution éprouvée d'analyse des bases nucléotidiques, pour des fragments compris entre 100 et 1 200 pb. Notre plateforme dédiée s'adapte à vos besoins, quels que soient votre nombre d'échantillons et votre fréquence d'utilisation.

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Les applications du séquençage Sanger

Malgré l'émergence de technologies de nouvelles générations (NGS), le séquençage Sanger reste une méthode de référence dans de nombreux domaines grâce à sa rapidité, sa fiabilité et sa précision.

Les offres GenoScreen

Flexible et disponible, notre équipe réalise le séquençage depuis la préparation de vos échantillons jusqu'à l'analyse de vos données. Retrouvez nos documentations ci-dessous vous permettant de découvrir nos offres mais également de préparer votre formulaire de demande de séquençage.

Guide d'usage

 

Formulaire (avec purification)

Formulaire (sans purification)

 

La gamme Premium

Les offres Premium correspondent à une analyse complète et personnalisée des échantillons :

• Adaptation du protocole aux séquences riches en GC ou AT
• Fourniture d’amorces universelles
• Lecture des séquences jusqu’à 1200 pb
• Envoi des résultats sous 24 à 48 heures

La gamme Premium vous donne accès à notre hotline, par téléphone et par mail : un soutien scientifique expert pour l’analyse des profils de séquence.

Workflow ajustable à vos besoins

Features

Purification et dosage

Réactions de séquençage

Purification et migration sur séquenceur capillaire

Livrables avec différents niveaux d'analyse

SAV, retraitement éventuel avec protocole optimisé

Pricing

One-Shot

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Purification gratuite

Livrables

.seq / .ab1

Rapport d'activité mensuel (y compris les crédits restants)

One-Shot Plus

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Livrables

One-Shot
+

Relecture semi-automatique des séquences et corrections avec les annotations IUPAC

Optimized

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Livrables

One-Shot Plus
+

Annotations manuelles IUPAC

Retraitement avec un protocole optimisé (sur demande)

One-Shot

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Purification gratuite

Livrables

.seq / .ab1

Rapport mensuel d'activité (incluant les crédits restants)

One-Shot Plus

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Livrables

One-Shot
+

Relecture des séquences et corrections avec annotations IUPAC semi-automatisée

Optimized

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Livrables

One-Shot Plus
+

Annotations IUPAC manuelle

Rapport QC (Quality control) relecture manuelle et commentée de chaque séquence avec score qualité

Retraitement avec protocole optimisé (sur demande)

Nos offres sont toutes ouvertes à différents formats d'échantillons :

• tubes
• barettes
• plaques, complètes ou non

Retrouvez dans nos offres One-Shot Plus et Optimized un complément d'informations avec :

• Une optimisation du signal,
• Une réduction du bruit de fond éventuel
• L’assignation des bases indéterminées
• Un protocole spécifique pour la détection de mutations

Les analyses complémentaires

Pour aller plus loin, GenoScreen propose de nombreuses services complémentaires au séquençage :

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La gamme Economique

Toute la qualité et la réactivité GenoScreen à prix serrés !

A partir de votre mélange produit PCR + amorce ou même de la réaction de séquençage réalisée par vos soins, nous prenons en charge vos échantillons à un stade plus avancé pour un tarif optimisé.

Les avantages GenoScreen

• Offre de séquençage flexible, qui s’adapte à vos besoins

• Suivi personnalisé de vos projets avec accès direct à notre équipe technique

• Système de commande simple

• Facturation mensuelle ou compte prépayé

• Transport gratuit de vos échantillons par un opérateur agréé par GenoScreen

• Protection optimisée des échantillons en Genobox