Le séquençage ciblé permet l’analyse spécifique de gènes ciblés ou de régions de gènes sur un grand nombre d’échantillons en parallèle.
Grâce au séquençage NGS sur les plateformes MiSeq®, NextSeq500® ou Hiseq®, de multiples gènes peuvent être évalués avec un volume de données plus limité, plus facile à gérer et à analyser que le séquençage d’un génome entier.
Les applications
Le séquençage ou reséquençage ciblé permet d’atteindre des objectifs très spécifiques :
- Ciblage de régions génomiques d'intérêt
- Couverture complète de régions codantes avec un volume limité de données d’analyse génomique
- Analyse des gènes microbiens
L’offre GenoScreen
Séquençage d’amplicons
Des régions cibles sont amplifiées par PCR à partir d’amorces spécifiques initialement définies. Les amplicons obtenus sont ensuite séquencés par NGS après ajout des adaptateurs de séquençage. Les approches de multiplexage permettent de séquencer en parallèle plusieurs amplicons issus de différents échantillons.
La solution Metabiote
Metabiote® est une solution innovante, optimisée et standardisée, développée par GenoScreen et dédiée à l’analyse métagénomique ciblée de communautés microbiennes. Elle comprend :
- Une méthodologie de préparation des librairies limitant les biais entre échantillons
- Des cibles diversifiées
• Cibles bactériennes : ADNr 16S
• Cibles fongiques : ADNr 18S, ITS1 et/ou ITS2 - Un pipeline bioinformatique d'analyse des données, optimisé et automatisé, pour une meilleure précision de vos analyses et pour faciliter les comparaisons et les analyses statistiques.
Séquençage d’exomes
Ce séquençage est essentiellement utilisé pour :
- La recherche de mutations sur des gènes impliqués dans des voies de régulation
- La recherche de mutations (SNP, Indels) associées à une maladie (cancer, facteur de coagulation...)
Le protocole utilisé pour le séquençage d’exomes est le Système NimbleGen SeqCap EZ (Roche).
Séquençage personnalisé
À partir d’un design à façon de sondes, vos régions d’intérêt sont enrichies avant séquençage afin de simplifier l’analyse des données. Ce protocole peut être mis en oeuvre pour tout type d’organisme dont le génome est référencé dans les bases de données.
L’avantage GenoScreen
- Équipe scientifique dédiée par projet.
- Assistance complète à l’élaboration du plan expérimental et au montage du projet
- Assistance à la prise en main des données et à l’interprétation des résultats