Le séquençage haut débit du transcriptome (RNA-seq) a révolutionné les analyses quantitatives et qualitatives des organismes procaryotes et eucaryotes.
Il permet notamment de réaliser des analyses d’expression différentielle :
- Mesure de l’abondance relative de transcrits
- Identification des gènes exprimés de manière différentielle parmi différents groupes (tissus, traitements…)
Les applications
Le séquençage du transcriptome permet une analyse complète et objective des ARN messagers :
- Expression différentielle : étude de variations d’expression de plusieurs transcriptomes
- Annotation du transcriptome par comparaison avec une banque de référence
- Recherche de l’ensemble des séquences spécifiques au transcriptome étudié
- Analyse de SNP
L’offre GenoScreen
Deux méthodes sont utilisées pour enrichir la fraction d’ARN d’intérêt (ARNm) avant la synthèse d’ADNc et la préparation de librairies :
- À partir d’ARN total eucaryote : Capture des ARNm par leur queue polyA
- À partir d’ARN total procaryote ou eucaryote : Déplétion des ARNr grâce à leur capture par des sondes complémentaires. Enrichissement des échantillons en ARNm.
Les librairies RNAseq sont principalement séquencées sur Illumina® HiSeq® 4000.
L’avantage GenoScreen
- Équipe scientifique dédiée par projet.
- Assistance à l’élaboration du plan expérimental et de la stratégie de séquençage
- Extraction, quantification, purification, contrôle qualité des ARN
- Assistance à la prise en main des données et à l’interprétation des résultats
- Analyse de l’expression différentielle sans génome de référence