L'information génomique au service de la santé de l'Homme et de son environnement
Produits
Deeplex® HelP est un test de diagnostic sans culture, pour le typage, la prédiction de la virulence et de la résistance aux antibiotiques d'Helicobacter pylori. Cette solution, basée sur la tNGS et développée par GenoScreen, est conçue pour prévenir les maladies associées aux infections à H. pylori telles que les gastrites, les ulcères gastroduodénaux et le cancer.
En savoir plus sur Deeplex® HelP
Disponible en kit ou en service, Deeplex® HelP est une solution complète qui permet une caractérisation précise de l'infection à Helicobacter pylori et permet aux cliniciens de mieux adapter le traitement des patients atteints.
Protocole Deeplex® HelP
- Extraction de l'ADN à partir d'un échantillon clinique ou d’une culture (Etape non incluse dans le kit).
- Une seule PCR multiplex est réalisée afin d’amplifier des régions de:
- 8 gènes connus pour être associés à la résistance de 6 antibiotiques
- 7 gènes pour le typage d’H. pylori
- 2 gènes codant les facteurs de virulence CagA et VacA
- Nettoyage des produits PCR, puis préparation des librairies de séquençage.
- Analyse des données de séquençage via un pipeline automatisé dédié.
Allez au-delà de la simple détection pour une prise en charge rapide et efficace des patients souffrant d'une infection à H. pylori.
Deeplex® Myc-Lep est une solution innovante, sans culture bactérienne nécessaire, pour prédire la résistance aux antibiotiques de la lèpre. Directement utilisable à partir d’ADN extrait de biopsies ou de frottis cutanés, cette méthode utilise une technologie de séquençage de nouvelle génération ciblée, haut débit, pour prédire, simultanément, l'(hétéro)résistance de Mycobacterium leprae aux trois anti-lépreux utilisés et pour typer les souches à des fins de surveillance épidémiologique.
En savoir plus sur Deeplex® Myc-Lep
Disponible en kit ou en service, Deeplex® Myc-Lep est une solution complète qui facilite la prise en charge des patients atteints de la lèpre et permet d’assurer le contrôle et le suivi des souches de M. leprae résistantes aux antibiotiques.
Protocole Deeplex® Myc-Lep
- Extraction de l'ADN à partir d'un échantillon clinique (Etape non incluse dans le kit)
- Une seule PCR multiplex est réalisée afin d'amplifier:
- 7 gènes de M. leprae associés à la résistance aux antibiotiques
- 1 gène d'identification des mycobactéries (hsp65)
- 18 SNP canoniques
- 11 marqueurs VNTR
- Nettoyage des produits PCR, puis préparation des bibliothèques pour le séquençage
- Analyse des données de séquençage à l'aide d’un pipeline automatisé.
Sur demande, le test Deeplex® Myc-Lep peut également être proposé en service. GenoScreen prend en charge toutes les étapes, de l'extraction de l'ADN (en option), à la communication, complète et détaillée, des résultats obtenus.
Obtenez, rapidement, des résultats faciles à interpréter pour une prise en charge efficace des patients infectés par la lèpre.
La solution de typage Brucella MLVA-16, développée par GenoScreen, permet aux autorités sanitaires de surveiller et de contrôler efficacement les cas de brucellose chez les animaux et les humains, ainsi que les infections à Ochrobactrum.
Les méthodes conventionnelles de diagnostic peinent à distinguer entre elles, les souches de Brucella et d'Ochrobactrum, en raison de leur étroite parenté, ce qui conduit à une gestion inefficace des maladies qui leur sont associées1.
Les espèces de Brucella ne sont pas connues pour survivre longtemps dans des environnements ouverts, elles présentent divers tropismes en fonction de l’hôte et des niveaux variables de pathogénicité. Certaines sont responsables de la brucellose, une maladie potentiellement mortelle chez l'homme et l'animal. En revanche, les espèces d'Ochrobactrum sont couramment présentes dans l'environnement, sont moins pathogènes et nécessitent une approche thérapeutique différente pour une éradication réussie1.
La solution de typage Brucella MLVA-16 constitue un outil précieux pour identifier et distinguer avec précision les espèces des genres Brucella et Ochrobactrum. Ce test permet de suivre et de gérer efficacement les infections causées par ces organismes.
Principe de la solution Brucella MLVA-16
La solution de typage Brucella MLVA-16 mesure la longueur de 16 loci génétiques avec un nombre variable de répétitions en tandem (VNTR) pour effectuer une analyse VNTR de loci multiples (MLVA) et attribuer à chaque résultat un code numérique MLVA spécifique aux espèces/souches de Brucella ou d'Ochrobactrum2.
- La solution de typage Brucella MLVA-16 est disponible sous forme de service et de kit.
- Le kit contient 4 mélanges PCR avec des amorces marquées au fluorochrome, chacune amplifiant 4 VNTR (16 VNTR au total) à partir d'un extrait d'ADN purifié. Un contrôle positif est inclus dans le kit pour garantir la qualité des résultats obtenus.
- Le profil MLVA peut être comparé à une base de données permettant l'identification et le suivi des souches.
- La taille des fragments est convertie de manière bio-informatique en une succession du nombres de répétitions pour chaque VNTR, définissant un code numérique MLVA spécifique aux espèces/souches de Brucella ou d'Ochrobactrum.
- Les produits PCR migrent sur un séquenceur capillaire pour la détermination de la taille des fragments.
La brucellose, un défi « One health »
La brucellose (ou fièvre de Malte) est l'une des maladies animales transmissibles à l'homme les plus répandues (zoonose) et la première cause de contamination dans les laboratoires. La bactérie est transmise à l'homme par contact direct avec des animaux infectés, par ingestion de produits animaux contaminés ou par inhalation d'aérosols3.
La brucellose animale a un énorme impact, affectant tous les mammifères, avec des conséquences notables chez les bovins, les ovins et les caprins. Dans le secteur agricole, la maladie entraîne souvent des problèmes tels que des avortements, la stérilité, une réduction de la production de lait, ce qui se traduit par une baisse de la productivité et des pertes économiques importantes pour les éleveurs4.
La brucellose humaine, quant à elle, constitue un réel problème de santé publique. Elle se manifeste par des symptômes grippaux sévères et durables qui peuvent, dans certains cas, évoluer vers des formes chroniques. Ces formes peuvent entraîner diverses complications, notamment des problèmes articulaires, des affections cardiaques, des symptômes neurologiques, etc.3 En 2023, l'incidence de la brucellose humaine est aujourd'hui estimée à plus de 1,6 - 2,1 millions de cas par an5.
Contrairement aux pays à revenu élevé où des politiques efficaces de "test et abattage" ont presque éliminé la brucellose dans les troupeaux infectés, les pays à revenu faible et moyen continuent à se débattre avec le fardeau de cette maladie. En outre, les migrations mondiales croissantes des hommes et des animaux, ainsi que les interactions plus fréquentes entre eux, ont augmenté le risque d'infections par Brucella. Ce risque comprend désormais l'émergence de souches pathogènes nouvellement découvertes qui peuvent échapper aux programmes de surveillance existants, ce qui constitue une menace mondiale pour les efforts d'endiguement de la maladie3.
Références:
- Moreno, Edgardo et al. (2023). “If You're Not Confused, You're Not Paying Attention: Ochrobactrum Is Not Brucella.” Journal of clinical microbiology 61(8). https://doi.org/10.1128/jcm.00438-23
- Al Dahouk, Sascha et al. (2007). “Evaluation of Brucella MLVA typing for human brucellosis.” Journal of microbiological methods 69(1) 137-45. https://doi.org/10.1016/j.mimet.2006.12.015
- https://www.who.int/news-room/fact-sheets/detail/brucellosis
- https://www.woah.org/en/disease/brucellosis/
- Laine, C. G., Johnson, V. E., Scott, H. M., & Arenas-Gamboa, A. M. (2023). Global Estimate of Human Brucellosis Incidence. Emerging infectious diseases, 29(9), 1789–1797. https://doi.org/10.3201/eid2909.230052
La solution de typage MIRU-VNTR de GenoScreen est utilisée par de nombreux centres de soins, CNR et équipes de recherche à travers le monde, sous forme de kits ou de prestation de service.
MIRU-VNTR, une référence mondiale
Le typage MIRU-VNTR
L’analyse MIRU-VNTR (Mycobacterial Identification Repetitiv Unit-VNTR) est un schéma d’analyse MLVA (Multiple Loci VNTR Analysis) spécifique à Mycobacterium tuberculosis. Il permet de génotyper la souche en dénombrant les copies de VNTR présentes dans 24 loci identifiés. Les loci VNTR ciblés sont amplifiés par PCR avec un jeu d’amorces spécifiques des régions flanquantes de chaque locus. Les fragments ainsi obtenus sont étudiés par électrophorèse capillaire. Cette méthode est la référence mondiale de typage de Mycobacterium tuberculosis, adoptée par les CDC américains et européens et les centres de référence de plus de 30 pays.
La solution MIRU-VNTR de GenoScreen est devenue la référence mondiale de la méthode MIRU-VNTR (tests réalisés par le RIVM 3, 4). Elle se décline en une gamme de kits exclusifs adaptés à chaque étape de l’analyse MIRU (Calibration, validation et typage). Cette solution complète est optimisée pour produire les meilleurs résultats possible avec une approche standardisée, tout en assurant une très haute reproductibilité.
En savoir plus sur nos kits MIRU-VNTR
MIRU-VNTR Hypervariable, un schéma adapté aux souches de la lignée Beijing
Les souches de M. tuberculosis identifiées comme appartenant à la lignée dite « Beijing » ne peuvent pas être discriminées en utilisant les 24 loci standards. Les sous-lignées composant cette famille sont identifiées grâce à l’analyse MIRU d’un set de 4 loci VNTR hypervariables supplémentaires 1, 2.
La solution MIRU-VNTR de GenoScreen se décline aussi en une gamme dédiée à cette analyse ciblée complémentaire. Les kits MIRU-VNTR Hypervariable (calibration, validation et typage) permettent de réaliser ce typage spécifique, tout en bénéficiant de la même qualité de résultats et de reproductibilité que notre solution MIRU-VNTR.
En savoir plus sur nos kits MIRU-VNTR Hypervariable
L’expertise de GenoScreen
Grâce à un savoir-faire technologique de pointe, GenoScreen est aujourd’hui leader mondial pour le génotypage et le traçage des souches du complexe Mycobacterium tuberculosis, agent responsable de la tuberculose.
Sous forme de kits ou de prestations de services, nos solutions s’adaptent à toutes les problématiques :
- Recherche : structure de la population des souches, évolution, comparaison des propriétés de virulence,
- Santé publique : contrôle de la tuberculose et surveillance épidémiologique,
- Essais cliniques : distinction entre rechute et infection exogène en cas d'échec de traitement,
- Gestion clinique : détection de contamination croisée, discrimination de souches proches (complexité clonale).
La gamme MIRU, une offre complète
Nous proposons des kits et des formations pour l'implémentation et l'usage de la méthode MIRU-VNTR sur séquenceurs Applied Biosystems®.
| MIRU-VNTR | Kit de calibration | 1 calibration de séquenceur capillaire Applied Biosystems® et du logiciel GeneMapper® |
|---|---|---|
| Kit de validation | 1 validation des paramétrages du séquenceur capillaire Applied Biosystems® et du logiciel GeneMapper® | |
| Kit de typage 24 marqueurs conformément au standard international. | 100 réactions (PCR + migration sur séquenceur capillaire Applied Biosystems®) | |
| MIRU-VNTR hypervariable | Kit de calibration | 1 calibration de séquenceur capillaire Applied Biosystems® et du logiciel GeneMapper® |
| Kit de validation | 1 validation des paramétrages du séquenceur capillaire Applied Biosystems® et du logiciel GeneMapper® | |
| Kit de typage de seconde ligne (4 marqueurs) adapté aux souches de la lignée Beijing | 50 réactions (PCR + migration sur séquenceur capillaire Applied Biosystems®) | |
| Typage MIRU-VNTR en service | Schéma standard ou personnalisé selon vos attentes | À partir d’ADN extrait (50 ng) ou 50 µL de thermolysat, sur séquenceur capillaire Applied Biosystems® |
Kit de calibration
La calibration du logiciel d’analyse et du séquenceur capillaire est une étape préliminaire indispensable à l’utilisation du kit MIRU-VNTR de GenoScreen. Nous recommandons une calibration de chaque séquenceur et lors de chaque changement de capillaires.
Le kit de calibration MIRU-VNTR contient : 14 ADN de référence, 1 témoin positif (BCG), 6 master mixes (pour les 24 loci VNTR), et une échelle allélique (ladder).
Il permet de réaliser la calibration d’un séquenceur capillaire Applied Biosystems® 3730, 3500, 3100 ou 3130.
Le kit de validation
Le kit de validation permet de vérifier la bonne calibration du séquenceur et du logiciel dans le temps. Il entre dans le cadre du contrôle qualité des appareils.
Le kit de validation MIRU-VNTR contient : 14 ADN de référence, 1 témoin positif (BCG) et 6 master mixes (pour les 24 loci VNTR).
Il permet de valider la calibration d’un séquenceur capillaire Applied Biosystems® 3730, 3500, 3100 ou 3130.
Le kit de typage 24 loci
Les kits de typages MIRU-VNTR contiennent les réactifs nécessaires pour réaliser le typage MIRU sur 24 loci VNTR, conformément au standard international. Ce kit permet une analyse avec une faible quantité d’ADN et assure un haut taux de reproductibilité des résultats.
Le kit contient : un témoin positif (BCG) et les 6 master mixes permettant l’amplification des 24 loci VNTR ciblés.
Il permet de réaliser 100 tests sur un séquenceur capillaire Applied Biosystems® 3730, 3500, 3100 ou 3130 préalablement calibré.
Liste des loci VNTR ciblés par le typage MIRU-VNTR 24-loci
| Loci | Alias | Loci | Alias | Loci | Alias | Loci | Alias |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 154 | MIRU02 | 1644 | MIRU16 | 2401 | Mtub30 | 3171 | Mtub34 |
| 424 | Mtub04 | 1955 | Mtub21 | 2461 | ETRB | 3192 | Mtub34 |
| 577 | ETRC | 2059 | MIRU20 | 2531 | MIRU23 | 3690 | Mtub39 |
| 580 | MIRU04 | 2163b | QUB11b | 2687 | MIRU24 | 4052 | QUB26 |
| 802 | MIRU40 | 2165 | ETRA | 2996 | MIRU26 | 4156 | QUB4156 |
| 960 | MIRU10 | 2347 | Mtub29 | 3007 | MIRU27 | 4348 | MIRU39 |
Kit de calibration Hypervariable
La calibration du logiciel d’analyse et du séquenceur capillaire est une étape préliminaire indispensable à l’utilisation du kit MIRU-VNTR Hypervariable de GenoScreen. Nous recommandons une calibration de chaque séquenceur et lors de chaque changement de capillaires.
Le kit de calibration MIRU-VNTR Hypervariable contient : 6 ADN de référence, 1 témoin positif (BCG), 1 master mix (pour les 4 loci), et une échelle allélique (ladder).
Il permet de réaliser la calibration d’un séquenceur capillaire Applied Biosystems® 3730, 3500, 3100 ou 3130.
Le kit de validation Hypervariable
Le kit de validation permet de vérifier la bonne calibration du séquenceur et du logiciel dans le temps. Il entre dans le cadre du contrôle qualité des appareils.
Le kit de validation MIRU-VNTR Hypervariable contient : 6 ADN de référence, 1 témoin positif (BCG), et 1 master mix (pour les 4 loci).
Il permet de valider la calibration d’un séquenceur capillaire Applied Biosystems® 3730, 3500, 3100 ou 3130.
Le kit de typage hypervariable
Le kit de typage MIRU-VNTR hypervariable contient les réactifs nécessaires pour réaliser le typage MIRU sur les 4 loci VNTR additionnels permettant la différenciation des sous-lignées Beijing entre elles. Ce kit permet une analyse avec une faible quantité d’ADN et assure un haut taux de reproductibilité des résultats.
Le kit contient : un témoin positif (BCG) et le master mix permettant l’amplification des 4 loci VNTR ciblés.
Il permet de réaliser 50 tests sur un séquenceur capillaire Applied Biosystems® 3730, 3500, 3100 ou 3130 préalablement calibré.
Liste des loci VNTR ciblés par le typage MIRU-VNTR Hypervariable 3, 4 :
| Loci | 1982 | 3820 | 3232 | 4120 |
|---|
Prestations de services
Nous réalisons aussi des analyses MIRU-VNTR standard et personnalisées sous forme de prestations de services. Nous réalisons ainsi des analyses MIRU sur 9, 12, 15 ou 24 marqueurs VNTR standards et/ou sur les 4 loci dédiés à la lignée Beijing.
Réalisée à partir de 50 ng d’ADN extrait (5 µL à 10 ng/µL) ou de 50 µL de thermolysat, notre prise en charge inclut :
- La réalisation de la/des PCRs (suivant les marqueurs),
- La migration des produits de PCR sur séquenceur capillaire,
- L’analyse des données sur GeneMapper®,
- L’assignation des lignées correspondantes à l’aide de la base de données MIRU-VNTRplus.
Nos formations
GenoScreen a développé un parcours de formation complet autour de la méthode MIRU-VNTR. De la méthodologie à l’analyse des résultats, en passant par l’utilisation des kits et la calibration des séquenceurs, ces formations vous permettront d’implémenter et/ou de réaliser facilement l’analyse MIRU-VNTR en routine dans votre laboratoire.
Parcours de formation MIRU-VNTR :
- Aspects théoriques : principe de la méthode de typage MIRU-VNTR,
- Aspects pratiques : formation à l'utilisation des kits MIRU-VNTR,
- Implémentation : formation à la calibration des séquenceurs Applied Biosystems®,
- Importation & analyse de données : formation à l'utilisation du logiciel GeneMapper®,
- Exploitation des données : formation à l'utilisation de l’outil d’analyse MIRU-VNTRplus.
Découvrez notre offre de formations.
Références
1 Allix-Béguec C, Wahl C, Hanekom M, Nikolayevskyy V, Drobniewski F, Maeda S, Campos-Herrero I, Mokrousov I, Niemann S, Kontsevaya I, Rastogi N, Samper S, Sng LH, Warren RM, Supply P. Proposal of a consensus set of hypervariable mycobacterial interspersed repetitive-unit-variable-number tandem-repeat loci for subtyping of Mycobacterium tuberculosis Beijing isolates. J Clin Microbiol. 2014 Jan;52(1):164-72.
2 Trovato A, Tafaj S, Battaglia S, Alagna R, Bardhi D, Kapisyzi P, Bala S, Haldeda M, Borroni E, Hafizi H, Cirillo DM. Implementation of a Consensus Set of Hypervariable Mycobacterial Interspersed Repetitive-Unit-Variable-Number Tandem-Repeat Loci in Mycobacterium tuberculosis. Molecular Epidemiology. J Clin Microbiol. 2016 Feb;54(2):478-82.
3 de Beer JL, Kremer K, Ködmön C, Supply P, van Soolingen D; Global Network for the Molecular Surveillance of Tuberculosis 2009. First worldwide proficiency study on variable-number tandem-repeat typing of Mycobacterium tuberculosis complex strains. J Clin Microbiol., 2012 Mar;50(3):662-9
4 de Beer JL, Ködmön C, van Ingen J, Supply P, van Soolingen D; Global Network for Molecular Surveillance of Tuberculosis 2010. Second worldwide proficiency study on variable number of tandem repeats typing of Mycobacterium tuberculosis complex. Int J Tuberc Lung Dis., 2014 May;18(5):594-600
Deeplex® Myc-TB constitue un test tout-en-un permettant l’identification à l’espèce des mycobactéries, le génotypage et la prédiction de la résistance aux antibiotiques pour les souches du complexe Mycobacterium tuberculosis. Premier outil à exploiter la technologie de séquençage en profondeur de l’ADN pour la détection et l’analyse d’antibiorésistances, Deeplex® Myc-TB détecte les mutations de résistance aux antituberculeux.
En savoir plus sur Deeplex® Myc-TB
Une caractérisation rapide et précise
Basé sur le séquençage de nouvelle génération (NGS), Deeplex® Myc-TB se compose d’un kit moléculaire d’amplification ciblée, utilisable directement sur échantillons cliniques, sans étape de culture, en moins de 48 heures.
Deeplex® Myc-TB fournit aussi des informations de typage des souches incriminées, utiles pour la surveillance épidémiologique et permet également l’identification d’autres pathogènes bactériens du même genre.
Deeplex® Myc-TB intègre aussi une application web simple d’emploi, hébergée sur une solution Cloud sécurisée pour l’analyse et l’interprétation rapide des résultats.
GenoScreen commercialise également d’autres kits et services en exclusivité mondiale, permettant d’identifier et de typer les souches de la tuberculose par une méthode standardisée internationalement et appelée MIRU-VNTR. Ces solutions servent à la surveillance épidémiologique et la détection d’épisodes épidémiques de tuberculose ou d’autres évènements. Elles sont complétées par des services d’analyse de génomes réalisés à haute précision.
- Directement applicable sur les échantillons cliniques
- Prédiction simultanée de l’antibiorésistance à 15 antituberculeux
- Détection de l’hétéro-résistance du MTBC jusqu’à 3%
- Spoligotypage et genotypage du MTBC
- Identification de plus de 100 espèces mycobactérienne (NTM)
- Rapidité du protocole d’analyse (moins de 48h)
- Large possibilité de multiplexage jusqu’à 384 échantillons
Téléchargez la note technique (ENG):
Deeplex® est une marque enregistrée aux Etats-Unis (numéro 4980234) et dans d’autres pays.
Le design de la visualisation des résultats sur l’application web Deeplex® est enregistré aux Etats-Unis (numéro 890,770) et dans d’autres pays.
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