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GenoScreen vous propose de caractériser plus précisément vos microorganismes (caractérisation de la sous-espèce ou de la souche) à l’aide de méthodes de biologie moléculaire standardisées et validées de type MLST (MultiLocus Sequencing Typing) ou MLVA (Multiple Loci VNTR Analysis).

L'analyse peut être réalisée sur la base d’un schéma de typage personnalisé selon vos besoins.

GenoScreen est le leader mondial pour le génotypage des souches du complexe Mycobacterium tuberculosis, agent responsable de la tuberculose, au travers de ses solutions MIRU-VNTR, disponibles en kit et en services.

GenoScreen propose également le séquençage de génome complet (WGS) et l'approche complémentaire par spoligotypage pour une caractérisation plus précise de vos microorganismes.

 

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GenosScreen vous offre un service rapide d’identification de vos microorganismes par séquençage d’ADN et comparaison aux bases de données internationales.

Pour une identification à l'espèce, les régions de l’ADN ribosomique interrogées sont adaptées à votre micro-organisme. En complément, d’autres cibles génomiques (rpoB, gyrB, …) peuvent être utilisées pour affiner cette identification et l’adapter à votre demande (par exemple, discrimination au sein d’un groupe d’espèces partageant la même séquence d’ADN ribosomique).

GenoScreen propose également le séquençage de génome complet (WGS) pour une caractérisation plus précise de vos microorganismes.

 

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L’offre GenoScreen

GenoScreen propose des analyses pouvant porter sur le génome entier, afin de repérer des associations inconnues génotype-phénotype ou sur des variations génétiques déjà connues.

Cette technique repose sur la variation d’une seule paire de nucléotide à une position donnée. Les SNP sont des outils permettant d'identifier des génotypes (reconnaître des personnes, par exemple), à partir d'échantillons de matière organique, ou permettant de contribuer à la construction d'arbres généalogiques d'êtres vivants ou d'espèces.

Selon le nombre de SNP étudié et le nombre d’échantillons, GenoScreen développe des approches complémentaires et adaptés à chaque objectif (Taqman/KASPar, Fluidigm, SANGER) :

  • NGS, pour les études pan-génome, (étude de populations ou d’associations, sélection génomique)
  • Fluidigm Biomark, NGS et microarrays pour les génotypages d’un gène (régions candidates)
  • PCR en temps réel, séquençage Sanger pour l’analyse des SNP individuels spécifiques (pharmacogénétique, diagnostics)

Dans le cas de découverte de nouveaux SNP, GenoScreen propose des approches RAD-Seq. Cette technologie réduit la complexité des analyses et interroger une fraction (0,1 à 10%) d'un génome sélectionné pour découvrir de nouveaux marqueurs génétiques et/ou génotyper.

L'analyse des données de séquences haut débit permettent d'identifier une grande quantité de variants génétiques (comme les SNPs).

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Cette technologie de génotypage s’appuie sur le repérage des microsatellites sur le génome et leurs polymorphismes.

L’offre GenoScreen

Avec GenoSat®, GenoScreen propose une solution standardisée, simple et modulable pour la production de banques par séquençage haut débit, le développement de marqueurs d’intérêt et le génotypage de microsatellites.

GenoScreen vous propose le produit GenoSat® pack vous permettant à la fois de trouver les régions microsatellites, de sélectionner et de valider les couples d’amorces amplifiant une région répétée, de valider si cette région est polymorphe sur quelques individus et d’étudier ces régions polymorphes sur l’ensemble d’une population.

Notre technique, standardisée pour tout type d’espèce eucaryote, a déjà été utilisée sur plus de 500 espèces différentes dans le cadre d’études phylogéniques, d’analyses de biodiversité ou de programmes de conservation.

Notre approche se distingue par une efficience record. À partir d’1 µg d’ADN génomique, GenoSat® permet d’obtenir un minimum de 100 couples d’amorces validés bioinformatiquement, encadrant des motifs microsatellites, le tout dans un délai record de 2 mois.

Les offres Geno Sat®

Nous pouvons aussi réaliser chacune des sous-étapes (validation biologique / étude de polymorphisme / mise au point de multiplexes / génotypage de populations avec ou sans analyse) à la demande.

Nous vous proposons la définition des conditions optimales d'analyse des microsatellites :

  • Mise au point et optimisation de PCR multiplexées ou pool de différents produits PCR avant migration
  • Migration des échantillons sur séquenceur capillaire et analyse des profils obtenus

Tableau Geno Sat®

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Le barcoding moléculaire (DNA barcoding) est une technique de taxonomie moléculaire permettant de caractériser génétiquement un échantillon à partir d’un gène du génome mitochondrial (COI, 16S…).

Les applications

Cette application permet de classer des individus d’espèces inconnues ou d’identifier un échantillon par comparaison à une base de données.

Le barcoding permet notamment :

  • D’analyser des échantillons
  • D’identifier des espèces végétales ou animales (taxonomie)
  • D’analyser et de comparer la biodiversité dans des échantillons complexes (metabarcoding)

L’offre GenoScreen

GenoScreen propose une prestation complète de barcoding moléculaire :

  • Extraction à partir de nombreuses matrices conservées dans l’éthanol, le propylène, le glycol…
  • Amplification d’une région de génome mitochondrial ou chloroplastique adaptée à l’espèce étudiée (COI, 16S, Cytb, rbcL, matk)
  • Séquençage
  • Assemblage des séquences obtenues et alignement sur une séquence de référence ou sur la base de données NCBI

Dans le cas d’échantillons purs et uniques GenoScreen propose aussi un service de séquençage avec la technologie SANGER.

Dans le cas ou votre matrice initiale est complexe (assemblage de populations bactériennes par exemple), GenoScreen développe des solutions de metabarcoding par séquençage d’amplicons en NGS, pour obtenir des screenings d’échantillons : faune du sol, flore intestinale, récifs coralliens, etc.

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L’identification et le génotypage sont essentiels à la découverte de variations génétiques, notamment dans le cadre de l’étude des populations et des pathologies.

Ces analyses sont précieuses dans de nombreuses problématiques scientifiques :

  • Traçabilité alimentaire
  • Recherche et validation de biomarqueurs (dépistage et diagnostics, génomique fonctionnelle, modèles de prédiction du trait)
  • Étude de la diversité génétique et l'évolution (phylogénie, etc.)
  • Identification d'individus (criminels, corps) ou de liens entre individus (test de paternité).
  • Sélection génomique (agriculture, élevage)
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Vous cherchez à déterminer l’identité d’une variation génétique à une position spécifique ou sur l’ensemble d’un génome, pour un individu ou pour toute une population, GenoScreen vous accompagne et s’engage à trouver avec vous la meilleure solution pour mener à bien votre projet.

Le génotypage Microsatellites SSR (simple sequence repeats)

Sur le génome, il existe des séquences constituées d'unités répétées de 1 à 4 nucléotides appelées microsatellites. Les plus courants sont (A)n, (TC)n, (TAT)n et (GATA)n, les valeurs de n pouvant aller de quelques unités à plusieurs dizaines. On parle de séquences répétées en tandem ou SSR (Simple Sequence Repeats). L'intérêt de ces microsatellites réside dans leur polymorphisme. Celui-ci repose sur la variation du nombre d'unités de répétition, constituant le microsatellite.

Le génotypage de SNP (Single Nucleotide Polymorphisms)

Cette technique repose sur la variation d’une seule paire de nucléotide à une position donnée. Les SNP sont des outils permettant d'identifier des génotypes (reconnaître des personnes, par exemple), à partir d'échantillons de matière organique, ou permettant de contribuer à la construction d'arbres généalogiques d'êtres vivants ou d'espèces.

Selon le nombre de SNP étudié et le nombre d’échantillons, nous pouvons vous proposer plusieurs approches (Taqman/KASPar, Fluidigm, SANGER)

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Agenda

  • le 18 décembre 2018

    4ème Campus Adebiotech, Romainville-Grand Paris

    Retrouvez nous au 4ème Campus Adebiotech, le 18 décembre 2018 à la Biocitech Romainville-Grand Paris. En savoir plus

  • Du 27 au 30 novembre 2018

    Pollutec 2018, Lyon, France

    Retrouvez nous à Pollutec Lyon, le 28 novembre 2018 pour la conclusion du projet BioDISSPOL, cofinancé par l'ADEME. En savoir plus

  • Du 04 au 05 décembre 2018

    Biofit, Lille, France

    Venez nous rencontrer les 4 et 5 décembre 2018 à la 7ème édition du salon BioFIT qui se tiendra à Lille Grand Palais. En savoir plus.

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