Les approches moléculaires de métagénomique permettent d’analyser une communauté d’organismes dans sa globalité et d’étudier une niche écologique complexe de façon exhaustive : une approche puissante et innovante, pour caractériser les gènes et donc les fonctions biologiques qui existent dans le milieu et portées par ces microbiomes.

Au contraire de l’approche dite ciblée ou de profilage, qui interroge une région courte et spécifique de gènes ribosomaux, la métagénomique globale est basée sur le séquençage total de l’ADN extrait d’un échantillon par approche dite de shotgun.

La métagénomique requiert une grande couverture de séquençage par échantillon, ce qui limite l’étude de grandes cohortes. Mais elle apporte des résultats précieux en complément d’études de profilage sur un sous-groupe représentatif.

La métagénomique offre de nombreux avantages :

  • Suppression des biais induits par des approches PCR
  • Analyse et séquençage direct de microorganismes sans étapes de culture
  • Accès aux capacités fonctionnelles d’un écosystème complet

Les applications

La métagénomique permet d’analyser exhaustivement la composition taxonomique d’une communauté d’organismes. Elle apporte des informations précises sur sa diversité ainsi que sur ses spécificités génétiques.

Grâce à cet accès direct au patrimoine génétique des communautés microbiennes, la métagénomique permet d’identifier également de nouvelles enzymes ou biocatalyseurs, pour des applications pharmaceutiques, agricoles, industrielles ou environnementales.

Métagénomique et santé humaine

La métagénomique est très adaptée aux problématiques de diagnostic, d’évaluation de l’antibiorésistance, de détection des virus, etc.

Elle apporte des solutions précises en cancérologie, gastro-entérologie, dermatologie, urologie ou pneumologie.

Métagénomique et environnement

Grâce à une analyse très fine des communautés microbiennes présentes dans l’environnement naturel, la métagénomique peut être mobilisée pour l’analyse de la qualité de l’eau, le développement de biocarburants, de produits agrochimiques, la remédiation des sols ou la mise au point de nouvelles pratiques de culture ou d’élevage.

L’offre GenoScreen

GenoScreen a développé des méthodologies d’analyse métagénomique standardisées répondant aux divers contextes de vos projets. Avec ces approches de basse, moyenne et haute couverture de séquençage, associées à des préparations de librairie avec ou sans étape de PCR, nous vous proposons la solution qui répondra à vos contraintes.

GenoScreen vous garantit la qualité des données produites et une analyse fine des résultats avec son logiciel WHORMSS®.

Les avantages GenoScreen

  • Équipe scientifique experte dédiée à votre projet
  • Assistance à l’élaboration du plan expérimental et de la stratégie de séquençage
  • Une capacité massive de séquençage de métagénomes complets
  • Des outils d’analyse bioinformatique exclusifs
  • Une expertise scientifique de pointe pour l’exploitation des données, notamment en microbiologie
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