L’un des grands défis de la génomique est de pouvoir lier le phénotype avec l’information génétique disponible. La détection de mutations et la comparaison de génomes complets permet de dépasser le stade de l’observation génomique, pour donner un sens aux données de séquençage, pour faire progresser vos recherches.

Applications

L’analyse comparée des génomes et la détection de mutations sont mobilisées pour repérer les gènes et les mutations d’intérêt, par rapport à un phénotype moléculaire ou cellulaire : antibiorésistance, action enzymatique, etc.

Ces deux approches permettent, par exemple, de mettre en place de nouveaux critères de sélection génomique pour l’agriculture, de repérer des cibles thérapeutiques, de sélectionner des souches spécifiques, de découvrir de nouveaux biomarqueurs, etc.

L’offre genoscreen

La détection de mutations (SNP ou INDEL) est réalisée par comparaison de séquences proches (ex : génomes/transcriptomes de deux organismes appartenant à la même espèce) afin de repérer des mutations d'intérêt.

Cette comparaison passe par un mapping des séquences obtenues sur une séquence de référence. La portion de génome de référence couverte doit alors être similaire pour les deux séquences comparées.

L’avantage GenoScreen

  • Traitement spécifique des informations de séquençage, pour améliorer qualité et lisibilité.
  • Une annotation détaillée des gènes et séquences d’intérêt
  • Algorithmes précis d’analyses des alignements sur les séquences de référence
  • Capacité à comparer des génomes complets
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